許顯純怕了，他怕汪文言的詛咒，於是，他找到了一個解決方法：殺死汪文言。
死後對質還在其次，如果讓他活著對質，下一步計畫將無法進行。
天啟五年（1625）四月，汪文言被害於獄中，他始終沒有屈服。
同月，魏忠賢的第二步計畫開始，楊漣、左光斗、魏大中等東林黨人被逮捕，他們的罪名是受賄，而行賄者是已經處決的熊廷弼。
受賄的證據自然是汪文言的那份所謂口供，在這份無恥的文書中，楊漣被認定受賄兩萬兩，左光斗等人也人人有份。
審訊開始了，作為最主要的對象，楊漣被首先提審。
許顯純拿出了那份偽造的證詞，問：
「熊廷弼是如何行賄的？」
楊漣答：
「遼陽失陷前，我就曾上書彈劾此人，他戰敗後，我怎會幫他出獄？文書尚在可以對質。」
許顯純無語。
很明顯，許錦衣衛背地耍陰招有水平，當面胡扯還差點，既然無法在沉默中發言，只能在沉默中變態：
「用刑！」
下面是楊漣的反應：
「用什麼刑？有死而已！」
許顯純想讓他死，但他必須找到死的理由。
拷打如期進行，拷打規律是每五天一次，打到不能打為止，楊漣的下頜脫落，牙齒打掉，卻依舊無一字供詞。
於是許顯純用上了鋼刷，幾次下來，楊漣體無完膚，史料有云：「皮肉碎裂如絲」。
然「罵不絕口」，死不低頭。
在一次嚴酷的拷打後，楊漣回到監房，寫下了《告岳武穆疏》。
在這封文書中，楊漣沒有無助的報怨，也沒有憤怒的咒罵，他說：
「此行定知不測，自受已是甘心。」
他說：
「漣一身一家其何足道，而國家大體大勢所傷實多。」
昏暗的牢房中，慘無人道的迫害，無法形容的痛苦，死亡邊緣的掙扎，卻沒有仇恨，沒有憤懣。
只有坦然，從容，以天下為己任。
在無數次的嘗試失敗後，許顯純終於認識到，要讓這個人低頭認罪，是絕不可能的。
栽贓不管用的時候，暗殺就上場了。
魏忠賢很清楚，楊漣是極為可怕的對手，是絕對不能放走的。無論如何，必須將他殺死，且不可走漏風聲。
許顯純接到了指令，他信心十足地表示，楊漣將死在他的監獄裡，悄無聲息，他的冤屈和酷刑將永無人知曉。
事實確實如此，朝廷內外只知道楊漣有經濟問題，被弄進去了，所謂拷打、折磨，聞所未聞。
對於這一點，楊漣自己也很清楚，他可以死，但不想死得不明不白。
所以，在暗無天日的監房中，楊漣用被打得幾近殘廢的手，顫抖地寫下了兩千字的絕筆遺書。在遺書中，他寫下了事情的真相，以及自己坎坷的一生。
遺書寫完了，卻沒用，因為送不出去。
為保證楊漣死得不清不楚，許顯純加派人手，經常檢查楊漣的牢房，如無意外，這封絕筆最終會落入許顯純手中，成為灶台的燃料。
於是，楊漣將這封絕筆交給了同批入獄的東林黨人顧大章。
顧大章接受了，但他也沒辦法，因為他是東林重犯，如果楊漣被殺，他必難逃一死。且此封絕筆太過重要，如若窩藏必是重犯，推來推去，誰都不敢收。
更麻煩的是，看守查獄的時候，發現了這封絕筆，顧大章已別無選擇。
他面對監獄的看守，坦然告訴他所有的一切，然後從容等待結局。
短暫的沉寂後，他看見那位看守面無表情地收起絕筆，平靜地告訴他：這封絕筆，絕不會落到魏忠賢的手中。
這封絕筆開始被藏在牢中關帝像的後面，此後被埋在牢房的牆角下，楊漣被殺後，那位看守將其取出，並最終公告於天下。
無論何時何地，正義終究是存在的。
天啟五年（1625）七月，許顯純開始了謀殺。
不能留下證據，所以不能刀砍，不能劍刺，不能有明顯的皮外傷。
於是許顯純用銅錘砸楊漣的胸膛，幾乎砸斷了他的所有肋骨。
然而楊漣沒有死。
他隨即用上了監獄裡最著名的殺人技巧——布袋壓身。
所謂布袋壓身，是監獄裡殺人的不二法門，專門用來處理那些不好殺，卻又不能不殺的犯人。具體操作程序是：找到一隻布袋，裡面裝滿土，晚上趁犯人睡覺時壓在他身上。按照清代桐城派著名學者方苞的說法（當年曾經蹲過黑牢），基本上是晚上壓住，天亮就死，品質有保障。
然而楊漣還是沒死，每晚在他身上壓布袋，就當是蓋被子，白天拍土又站起來。
口供問不出來倒也罷了，居然連人都干不掉，許顯純快瘋了。
於是這個瘋狂的人，使用了喪心病狂的手段。
他派人把鐵釘釘入了楊漣的耳朵。
具體的操作方法，我不知道。我只知道，這不是人能幹出來的事情。
鐵釘入耳的楊漣依然沒有死，但例外不會再發生了，毫無人性的折磨、耳內的鐵釘已經重創了楊漣，他的神智開始模糊。
楊漣知道，自己活不了多久了，於是他咬破手指，對這個世界，寫下了最後的血書。
此時的楊漣已處於瀕死狀態，他沒有力氣將血書交給顧大章，在那個寂靜無聲的黑夜裡，憑藉著頑強的意志，他拖著傷殘的身體，用顫抖的雙手，將血書藏在了枕頭裡。
結束吧，楊漣微笑著，等待著最後的結局。
許顯純來了，用人間的言語來形容他的卑劣與無恥，已經力不從心了。
看著眼前這個有著頑強信念，和堅韌生命力的人，許顯純真的害怕了，敲碎他全身的肋骨，他沒有死，用土袋壓，他沒有死，用釘子釘進耳朵，也沒有死。
無比恐懼的許顯純決定，使用最後，也是最殘忍的一招。
天啟五年（1625）七月二十四日夜。
許顯純把一根大鐵釘，釘入了楊漣的頭頂。
這一次，奇蹟沒有再次出現，楊漣當場死亡，年五十四。
偉大的殉道者，就此走完了他光輝的一生！
楊漣希望，他的血書能夠在他死後清理遺物時，被親屬發現。
然而這註定是個破滅的夢想，因為這一點，魏忠賢也想到了。
為消滅證據，他下令對楊漣的所有遺物進行仔細檢查，絕不能遺漏。
很明顯，楊漣藏得不好，在檢查中，一位看守輕易地發現了這封血書。
他十分高興，打算把血書拿去請賞。
但當他看完這封血跡斑斑的遺言後，便改變了主意。
他藏起了血書，把它帶回了家，他的妻子知道後，非常恐慌，讓他交出去。
牢頭並不理會，只是緊握著那份血書，一邊痛哭，一邊重複著這樣一句話：
「我要留著它，將來，它會贖清我的罪過。」
三年後，當真相大白時，他拿出了這份血書，並昭示天下。
如下：
仁義一生，死於詔獄，難言不得死所，何憾於天，何怨於人？唯我身副憲臣，曾受顧命，孔子云：託孤寄命，臨大節而不可奪。持此一念終可見先帝於在天，對二祖十宗於皇天后土，天下萬世矣！
大笑大笑還大笑，刀砍東風，於我何有哉！
他不知道自己還能活多久，不知道死後何人知曉，不知道能否平反，也不知道這份血書能否被人看見。
毫無指望，只有徹底的孤獨和無助。
這就是陰森恐怖的牢房裡，肋骨盡碎的楊漣，在最為絕望的時刻，寫下的文字，每一個字，都閃爍著希望和光芒。
拷打、折磨，毫無人性的酷刑，制服了他的身體，卻沒有征服他的意志。無論何時，他都堅持著自己的信念，那個他寫在絕筆中的信念，那個崇高、光輝、唯一的信念：
漣即身無完骨，屍供蛆蟻，原所甘心。
但願國家強固，聖德剛明，海內長享太平之福。
此痴愚念頭，至死不改。
有人曾質問我，遍讀史書如你，所見皆為帝王將相之家譜，有何意義？
千年之下，可有一人，不求家財萬貫，不求出將入相，不求青史留名，唯以天下、以國家、以百姓為任，甘受屈辱，甘受折磨，視死如歸？
我答：曾有一人，不求錢財，不求富貴，不求青史留名，有慨然雄渾之氣，萬刃加身不改之志。
楊漣，千年之下，終究不朽！
楊漣死的那天。左光斗也死了。
身為都察院高級長官，左光斗也是許顯純拷打的重點對象，楊漣挨過的酷刑，左光斗一樣都沒少。
而他的態度，也和楊漣一樣，絕不退讓，絕不屈服。