在為"真的有這樣一個成品"而興奮的時候，李寧公司總算邁出了第一步。
不過，當時李寧公司對這個新鮮事物知之不多，風險高，擔心大。但是，論證調研已經花去整整一年時間，不上已經不行了。1999年，公司終於簽下了SAP的R/3軟體3.1I版本及AFS 2.0D版。
經過一年半的摸索，事情看似順利地邁出了第二步，但問題很快來臨。1999年4月，公司將財務模塊（FI財務會計和CO管理會計）順利上線之後，當初簽下的原計畫1998年年底推出的AFS 2.0D版本卻尚處在試驗階段，遲遲沒有正式發布。SAP建議李寧公司選用它的通用版，但是經過項目組的再三論證，認為通用版與公司的後勤管理無法很好地匹配。此時SAP傳來消息：放棄推出2.0D版，等待1999年年底新版本2.5的推出。在超出1999年6月全面上線原計畫快半年之久的時候，新版本的推出仍沒有音訊。
但是，項目小組已經因為論證和等待喪失了很多時間，進退兩難。此時，李寧公司領導層推進ERP的決心解決了這一困難。文章繼續描述道："在高層和時間的壓力下，他們只好選擇了退而求其次的辦法：實施AFS的1.0D版。這一選擇保住了公司最為核心的部分：服裝行業的管理經驗和管理思想。
這個準備並不充分的決定引來了很多後續問題，比如2000年年初，由於與原計畫脫節，財務系統只得重新再來，但也許是努力的結果，也許幸運，前期準備工作的到位使全面實施最終成為可能，新系統順利上線。
自此，李寧公司的ERP項目歷時近兩年，經過了種種波折終於上馬。李寧公司成為國內第一家採用SAP的R/3系統，並附加AFS服裝與鞋業解決方案的服裝企業。
"第一"，自然意味著要承擔不可測的風險，這其中包括人的風險、程序正確性的風險，以及貫徹執行上的風險。管理人為性和系統工作規範性的衝突是最突出的一點。
李寧公司採取制度先行的方法來解決這一矛盾。由ERP項目經理主持，公司中高層領導參與並簽字，項目組制定了幾十頁的規章制度，其中包括考核制度、獎勵制度等11項內容，並且專門召開啟動大會來貫徹實行。
讓郭建新感到慶幸的是，"公司的高層領導這方面做得非常好。比如項目推進組開會的時候，公司的管理層幾乎都到了。關鍵是高層早已認識到，ERP的實施是一個管理的項目，而不是IT項目"。
但是，ERP實施起來並不順利，問題很多，人員的適應就是個大問題。基層人員發現工作量甚至有了成倍的增加，以前一個訂單只需輸入基本信息，現在卻要增加很多信息，這些變化讓有些部門難以適應。於是，本來不善言辭的郭建新開始在各個部門遊說，不斷號召大家學習討論。
拋開所有的困難不談，只看一個細節就能窺見當時實施ERP的困難以及艱辛。信息化部門有一條會議制度是，參會人員如果遲到，必須以60倍於遲到的時間站著聽會，這是公司歷來少有的"按秒計算"，而郭建新就較真地執行過。郭建新自己也承認，"這看上去似乎有點可笑"，但這種不得不為的嚴苛是保證項目實施的極端辦法之一。郭建新認為："項目進程有時候是以秒來計算的，任何一點怠慢都可能導致系統的缺陷，使最初的目標難以實現。"在多個項目的經驗積累之後，這是郭建新最深的感觸，也是他幾乎不近人情地堅持原則的原因。就在這樣無數次一步步的堅持和規範化操作中，公司的ERP才能得以實施。
當時作為一家輕資產的公司，李寧公司的具體運作流程是：設計開發產品，組織經銷商訂貨會，根據訂貨會訂單組織生產，生產成品入倉，執行期貨訂單銷售發貨。當時李寧公司的新品開發一年有春夏兩季，經銷商在訂貨會上下訂單，一次預訂半年貨物，公司根據每次的訂單來組織隨後半年的產品設計、開發。這種"期貨制"對產品的時間進度和價格要求很高。引入ERP系統之後，整個運作流程中的資金流、物流、信息流等環節得到了優化。而且，ERP系統對回款進行信貸控制後，保證了每月回款資金流的平穩和良性循環，為公司整體的高效運作帶來了很大好處。