元朝建國「北踰陰山，西極流沙，東盡遼左，南越海表」其疆域是很大的。元順帝退出塞外後，仍然在東西廣大地區內有著相當的影響，並企圖借其力量以圖中原。明朝如據有東北和西域，不僅可以削弱故元的勢力，而且可對其收包圍鉗制之效。反之，明朝則處於蒙古勢力的包圍之中，不僅難於制馭蒙古，而且會影響到明政權的鞏固。因此，控制東北和西域，是明初對付故元蒙古勢力的要務。這裡先說朱棣對東北地區的經營。
洪武初，元將納哈出擁兵遼東，東北地區的女直族、高麗族等仍然處於其控制之下。朝鮮，時稱高麗，還保持著與北元的臣屬關係。北元君臣曾多次企圖藉助朝鮮的力量恢複中原。因此，明朝必須控制東北地區，切斷北元與朝鮮的聯繫。嘉靖時兵部右侍郎王之誥說：「遼北拒諸胡，南扼朝鮮，東控夫餘真番之境，負山阻海，地險而要。中國得之則足以制胡，胡得之，亦足以抗中國。故其離合，實關乎中國之盛衰焉。」這段話，準確表述了明朝與北元爭奪東北的重要性。
洪武元年十二月，朱元璋派符寶郎契斯奉璽書賜高麗國王王顓。第二年，再派契斯赴高麗封其王，「凡儀制服用，許從本俗」，「式遵典禮」、「作鎮邊陲」。高麗於洪武二年五月辛丑停元至正年號，洪武三年七月乙未始行洪武年號，奉明朝正朔，納元所降金印。然此時高麗仍首鼠兩端，與北元使節往來不斷。
與此同時，朱元璋一方面不斷遣使招諭東北地區官民歸附，另一方面派兵從山東渡海，向遼東進軍。洪武四年元月遼陽行省平章劉益降。同年，在遼東設立定遼都衛，八年改為遼東都指揮使司，轄二十五衛，一百三十八所、二州一盟。北元大批將領、女直頭目相繼歸附明朝。朱元璋陸續將遼王、寧王、韓王封於廣寧、大寧、開原等地，以扼制遼東。洪武二十年，明軍進攻金山，納哈出降。二十二年，朱元璋在東北西部廣大地區直朵顏、泰寧、福余等三衛，以處納哈出降人，明朝在東北的勢力範圍大大擴展了。二十年十二月明廷咨高麗國王，以鴨綠江為界，「不得復有侵越」。洪武二十五年，高麗更名稱朝鮮，幾經周折，明朝終於和朝鮮建立了友好關係並將其列為「不征之國」以戒子孫。朝鮮和北元的聯繫被切斷了，北元借朝鮮之力恢複中原的希望也落了空。明朝進一步鞏固了在東北的地盤，洪武時期，明朝勢力已達松花江、牡丹江及牙蘭河一帶。
永樂時期，國力強盛，朱棣銳意征服韃靼、瓦剌，又因為明朝政治中心北移，所以更加強了對東北地區的經營。曾以右副都御史巡撫遼東的李承勛說：「國朝建都於燕，親以九鼎之重，扼胡人之吭，而拊其背。遼在侯甸間，與宣大錯峙為三雄鎮，以藩屏京師。天下無事則并力以抗胡，有事精兵數十萬，指麾可集，而天下固以服其強矣。」
遼東地近韃靼，兀良哈三衛時與串通，造成邊患，因而在軍事上仍以防備韃靼的寇掠為重點。僅建文四年八月至永樂元年十二月，遼東都司就連續向朝廷報告軍情：「緣邊胡寇竊發不時」，「近虜寇盤山驛，虜掠人畜」，「虜寇懿德塞三晝夜，破寨柵，官軍與戰不利」。朱棣則不斷下令：「嚴固邊備」，「謹守疆場」。
其次是遣使招撫東北廣大地區的漢人、女直人、韃靼人：
永樂元年五月乙巳，賜東寧衛千戶王得名鈔百七十六錠，彩幣七表裡，紗衣二襲。得名先往朝鮮招撫遼東散漫軍士復業。男婦來歸者萬五百二十五口，故嘉之。
二年八月庚辰，遣使齎敕諭潭州漫散人民曰：昔太祖皇帝設三萬衛，所以安養軍民……爾等不得已流寓潭州……特遣千戶高塔海貼木兒等齎往諭。爾等即同父母妻子復回本處，仍舊居住，毋久■棲在外，徒自苦也。
朱棣十分關心女直的情況，曾親自訊問女直地方的風土山川。永樂元年，朱棣派行人邢樞偕知縣張斌往諭奴兒干，「至吉列迷諸部落招撫之」。永樂二年又派遼東千戶王可仁前往遼東安撫女直之地，擬設建州衛，「給與印信，自相統屬，打圍放牧，各安生業，經商買賣，從便往來」。於是，「東北至奴兒干，涉海有吉列迷諸種部落，東鄰建州、海西、野人女直……永樂初相率來歸。明朝「因其地分設衛所」，「選其酋長授以指揮千百戶等官俾仍舊俗，各統其屬，以時朝貢」。
奴兒干都司的設立是朱棣鞏固開發東北邊疆、控制韃靼的重大措施。「奴兒干都司先名遠三萬戶府，前代無考，元為東征元帥府」。洪武時期擬招撫遠方女直，以路遠未達奴兒干。永樂二年二月癸酉，「忽剌溫等處女直野人頭目把剌答嗒來朝，置奴兒干衛。以把剌答嗒、阿剌孫等四人為指揮同知，古驢等為千戶所鎮撫，賜誥印冠帶襲衣及鈔幣有差」。永樂七年閏四月，奴兒干衛頭目忽剌冬奴等來朝，「復奏其地衝要，宜立元帥府，故置都司。以東寧衛指揮康旺為都指揮同知，千戶王肇舟等為都指揮僉事，統屬其眾。歲貢海青等物，仍設狗站遞運。永樂九年內官亦失哈率兵千餘人，巨艦二十五艘至其地，正式開設奴兒干都司。近人研究奴兒干問題成果甚多，本文不再贅言，惟欲提出兩點：(一)從理論上說奴兒干所統衛所東起庫頁島上的囊哈兒衛，西至鄂嫩河的斡難河衛，南到渾河一帶的建州衛，北達興安嶺的古里河衛。但這些衛所，奴兒干都司並不能實際統屬之。《大明一統志》：「我文皇帝神謀睿算，銷患於未萌，悉分而散之，使之力足以自立，勢足以相抗，各授以官職而不相統屬，各自通貢而不相糾合。是以百年以來無東北之患。」考之《明實錄》，各衛所入朝入貢，均直接地、獨立地與朝廷發生關係，朝廷有所宣諭也直達各該衛所，各衛所不相統屬，亦並不受都司統屬。
(二)女直各衛所多屬羈縻性質，以原有頭目世襲指揮鎮撫，朝廷給誥印，定期朝貢京師，而奴兒干都司卻以流官長之。擔任奴兒干都司都指揮同知的康旺，原為東寧衛指揮，東寧衛屬遼東都司，距黑龍江數千里之遙，必非奴兒干土著。另外，奴兒干都司是擁有軍隊的，至少是少量的軍隊，而且是朝廷控制的官軍。永樂十二年閏九月壬子，朱棣命遼東都司以兵三百往奴兒干都司護印。「先嘗與兵二百，至是，都指揮同知康旺請益，故有是命，且敕旺逾二年遣還」。依文意言之，逾二年所當遣還者，似應為後益之三百兵。至於除護印之外是否還有其他軍隊，不得而知。這一事實說明明朝對奴兒干都司控制的程度，超過了其他羈縻衛所。另外，朝廷命使不斷到奴兒干都司，從永樂到宣德中，僅中官亦失哈就曾到奴兒干之地達七次之多，這些都說明奴兒干曾長期處於明朝的有力控制之下。
東北各衛女直人，常常到內地朝貢或朝覲，為了表示優撫，朝廷要對其給予賞賜，封予官爵。朱棣稱此曰：「捐小費以弭重患，亦不得不然。」
由於經濟上的原因，女直需要與內地進行貿易，或以入貢形式進行，或於邊境開市，永樂三年三月癸卯，朱棣命「就廣寧開原擇水草便處立市」。四年三月甲午，「設遼東開原廣寧馬市二所。初，外夷以馬鬻於邊，命有司善價易之。至是來者眾，故設二市。命千戶答納失里等主之」。這是開設馬市之始。永樂時遼東馬市共有三處，「其一在開原城南關，以待海西女直，其一在城東五里，其一在廣寧城，皆以待朵顏三衛夷人」。市馬有官價，貢物「悉厚直酬之」。不論韃靼或女直，「來朝及互市者，悉聽其便，但禁戢士卒，勿擾之」。談到遼東馬市，宣德皇帝曾說：「朝廷非無馬牛，而與之為市，蓋其服用之物皆賴中國，若絕之，彼必有怨心。皇祖許其互市，亦是懷遠之仁。」女直固然需要內地的服用之物，而他們也給中原送來了土產：馬匹、貂皮、人蔘、材木、魚鮮等等。中原輸出的則有鏵、鏟、耕牛、種子以及米鹽絹布緞匹衣服等。開市的意義遠遠超乎經濟之外。「開市有期，防市有禁，定市有價，抽市則立法，至詳且善矣」，朝廷委專員進行管理。「抽分」是政府的一項收入，但它也標誌著政府有效的管理權和邊民對政府所盡之義務，顯示了朝廷的影響力。
永樂時，大批的女直人紛紛歸附明朝。要求靠近內地居住或到水草豐盛處放牧者，都需得到朝廷的批准。朝廷或為他們擇地築城，或以水草豐盛處許之。有願居京師者，也受到鼓勵，「賜襲衣彩幣及牛羊薪米居宅」。永樂六年四月，朱棣對兵部臣說：
朕即位以來，東北諸胡來朝者多願留居京師。以南方炎熱，特命於開原置快活、自在二城居之。俾部落自相統屬，各安生聚。近聞有思鄉土，及欲省親戚者，爾即以朕意榜示之，有欲去者，令明言於鎮守官員，勿阻之。
既與方便，又不強使居之，來去自由，政策很開明。後來，由於移居者日多，為了便於安撫，置自在、安樂州於二城，州置知州、吏目、同知、判官各一員以管理之。其他如東寧衛、三萬衛、開原、建州、喜溫河衛等，也多有女直人等申請去居住，不僅得到批准，而且「賜鈔，幣襲衣鞍馬，其居室什器薪米牛羊，所在官司給之」。為了便於當地居民的生活和經濟開發