洪武三十一年閏五月辛卯，皇太孫朱允炆根據太祖朱元璋的遺詔即皇帝位。即位詔書寫道：
天降下民，作之君。我皇太祖高皇帝受天明命，統有萬邦，宵衣旰食，弘濟民囏，凡事有益於天下者，無所不用其心。政教休明，規模宏遠。朕以眇躬纂承大統，恭依遺詔，於洪武三十一年閏五月十六日即皇帝位。夙夜祗懼，思所以克相上帝，以無忝皇祖之大命，永惟寬猛之宜，誕布維新之政。其以明年為建文元年，大赦天下。於戲！德惟善政，政在養民，當遵先聖之言，期致雍熙之盛。百弼卿士，體朕至懷。
這就是明朝的第二位皇帝建文帝。
同一天，安葬朱元璋於孝陵。他被謚以高皇帝，廟號稱太祖。守成之主彷彿都是受命於危難的。老皇帝的死像沉重的愁雲，壓在紫禁城上。那些未能醫好朱元璋病的醫官除一個外都被朱允炆殺了。建文帝下詔行三年喪。群臣請求以日易月。建文帝說：「朕非效古人亮陰不言也。朝則麻冕裳，退則齊衰杖絰，食則膻粥。郊社宗廟如常儀。」他讓禮部制定治喪的禮儀。結果決定，京官聞喪的第二天，身著孝服，頭戴烏紗帽，系黑角帶，赴內府聽遺詔。京官一律在本署齋宿，朝晡詣几筵哭。越三日成服，朝晡哭臨，一直到下葬而止。自成服後始二十七天之後服除。命婦要身著孝服去掉首飾從西華門進入宮內哭臨。諸王、世子、王妃、郡主、內使、宮人都要斬衰三年，二十七日服除。同時派行人頒遺詔於天下。在外百官，詔書到日素服、烏紗帽、黑角帶，四拜，聽宣遺詔，然後舉哀再四拜，三日成服，每日設香案哭臨，三日除。另外還要分別遣官到京致祭，祭物由禮部置備。
這時建文帝所倚重的有兩人，一是齊泰，一是黃子澄。
齊泰，溧水人，原名德。在洪武十七年舉應天鄉試第一，第二年成了進士，曾任禮部和兵部的主事。朱元璋以九年無過之臣陪祀，齊德被選中，賜名為泰。洪武二十八年從兵部郎中擢升為左侍郎。朱元璋曾經向他問詢邊將姓名，齊泰曆數無遺。又問各種圖籍，泰則從袖中拿出一本手冊請朱元璋覽閱，手冊所載簡要詳密，朱元璋大為驚奇。朱允炆做皇太孫時，很尊敬齊泰。朱允炆做了皇帝，便讓他與黃子澄同參國政，不久提拔他做了兵部尚書。
黃子澄，名湜，分宜人。洪武十八年癸亥貢入太學，明年京闈鄉試第二，乙丑會試第一，進士及第第三，先任翰林院編修，升為修撰。後兼春坊官，在東宮伴讀。朱允炆即位，提升他做太常寺卿，讓他與齊泰同參軍國重事。
另一名重要的謀臣，便是方孝孺。方孝孺，字希直，一字希古，寧海人。少年從學於宋濂，以明王道致太平為己任。以舉止端莊為朱允炆所重。蜀獻王聘其為世子師。建文帝即位召他為翰林侍講，第二年提拔為侍講學士，凡國家大政，都要向他諮詢。
這些人輔佐朱允炆，頗想有一番作為，企圖對明朝政治有所更張。
朱允炆即位不久，朝廷便連連下詔：下令文臣五品以上及州縣官推薦人才；下令省并州縣，革黜冗員；下令赦死罪、寬刑獄、蠲逋祖，賑災荒；下令天下軍戶單丁者放為民；下令天下直言，並舉山林才德之士。這年底，又下令賜明年田祖之半，釋放黥軍民囚徒還鄉里。新政於是次第展開。
朱元璋在遺詔中稱朱允炆「仁明孝友」，並非虛誇。他自幼聰穎好學，秉性純孝，很得朱元璋喜愛。洪武二十三年朱允炆十四歲，他父親皇太子身上長了個大■子，疼痛起來呼天搶地，十分痛苦。他侍候在身邊，含淚撫摩，晝夜不離。朱元璋看到這個情況，感動地說：「有子孫如此，朕復何憂？」兩年多以後，太子又得了重病，朱允炆侍病曲盡了苦心。不久，太子死了，儘管他十分悲痛，還是事事不逾禮制。居喪期間，允炆搞得形銷骨立。朱元璋很是心疼，安慰他說：「毀不失性，禮也。爾誠純孝，獨不念朕乎？」這時，他已經五天沒吃沒喝了。聽了朱元璋的話才吃了一點粥。他又提出要為太子服喪三年，太祖也不同意。但在三年內，他笑不露齒，不飲酒吃肉，不舉樂，不御內。有人勸他，他說：「服可例除，情須自致。」這時他的三個弟弟都還年幼。他親自撫育他們。白天一塊吃飯，晚上一同睡覺。朱元璋對此十分滿意。有一天他來到了允炆的寢宮，兄弟四人都在，朱元璋便隨口說出兄弟相懷本一身，允炆對道：「祖孫繼世宜同德。」得到了朱元璋大大誇獎。
洪武二十九年九月，朱允炆被立為皇太孫後，朱元璋便常常將軍國大事交給他裁決，一方面由於朱元璋年事已高，政務繁重，同時也想讓他練習政事。原來在太子在處理章奏時，就常常出於仁厚對刑獄多有減省。皇太孫仍然如此，當時朱元璋行嚴酷之政，朱允炆則濟以寬大。他曾經遍考禮經，參考歷朝的刑法志，將洪武名例律改定七十三條。朱元璋十分高興。他說：「吾當亂世，刑不得不重。汝為治世，刑不得不輕。所謂世輕世重也。」朱元璋臨死前不久，因有病常常暴怒，許多人因此遭到遣戮。朱允炆總是和顏悅色地侍候他。吃藥要親自嘗，如廁則親扶起，唾壺溺器都親手提獻。夜裡大家都睡了，朱元璋叫允炆卻呼無不應，應無不起，常常是一夜一夜地不睡覺。這樣，朱元璋的心情也稍稍好些；因此許多獲罪的人得了救。朱允炆的這些品性道德，很得遠近的讚頌。
但是仁厚與柔弱往往相連。朱元璋對此也不是沒有擔心，特別是他有著那麼多強悍的叔父。據說朱允炆生來臚骨稍偏，朱元璋因此常常叫他「半邊月兒」。一天夜晚，明月初升，有如一支銀鉤在雲間穿行，朱元璋正在讀書，恰巧讀到宋太祖詠月的詩。詩有「未離海底千山暗，才到天中萬國明」這樣的句子，很得朱元璋的讚賞。這時太子和朱允炆都在身邊，他想看看他們的才學，便指著天上的新月，讓他們以新月為題賦詩。
太子賦道：
昨夜延陵失釣鉤，何人移上碧雲頭？
雖然不得團圓象，也有清光照九州。
朱允炆賦道：
誰將玉指甲，搯破碧天痕，
影落江湖裡，魚龍不敢吞。
雖然他們才思敏捷，但朱元璋對他們的詩都覺得不滿意，既缺少蓬勃的活力，又沒有帝王氣象，特別是「不得團圓」、「影落江湖」更是不吉利，因而慘然不樂。
相反，燕王的氣質在吟詩作賦上，也反映出與他們的不同。一次，朱元璋出句，讓子孫們屬對。朱元璋說出上聯「風吹馬尾千條線」，朱允炆對道「雨打羊毛一片氈」。對雖工整，但仍是柔弱無力。而朱棣在一旁則對出了「日照龍鱗萬點金」這樣氣概非凡的句子。朱元璋不免為朱允炆暗暗擔心。
然而，這樣一個仁柔的皇帝，面對強藩，為形勢所迫，不得不在一即位就把鞏固自己的地位提到日程上來。大臣們也一再提出這個問題。
首先是朱允炆向黃子澄提起。他說：
「先生憶昔東角門之言乎？」
「不敢忘。」黃子澄回答。
於是黃子澄與齊泰便開始策劃削藩。
這時，戶部侍郎卓敬也提出了削藩的建議。他說：「燕王智慮絕人，雄才大略，酷類先帝。北平形勝地，士馬精強，金元所由興。今宜徙封南昌，萬一有變，亦易控制。夫將萌而未動者，幾也；量時而可為者，勢也。勢非至剛莫能斷，幾非至明莫能察。」建文覽疏大驚，連忙將它裝入袖中，退回後宮。第二天，建文帝召見卓敬，問他這件事，卓敬說：「臣所言天下至計，願陛下察之。」朱允炆以為，削藩乃軍國機密，尚在謀議之中，絕不能為外人道。卓敬雖為戶部侍郎，但未令參與其事。再者，當時燕王雄踞北方，勢力已成，徙封於南昌也並非輕而易舉之事，而且齊黃諸人已有成算，因而沒有採納卓敬的建議。
此外還有高巍等人都提出了對宗藩的不同處理辦法。
高巍，山西遼州人，在洪武時為表彰他的孝行，曾命他以太學生試職為前軍都督府左斷事。曾對施政提過一些好的意見。後因斷事不稱旨處以遣戍，特旨許弟程代役。建文帝即位，高巍請求還鄉。不久遼州知州又應詔向朝廷推舉他，他因此赴吏部尚書言事，提出他的對宗藩處理的方案。他說：
高皇帝分封諸王，比之古制，既皆過當，諸王又率多驕逸不法，逆犯朝制。不削，朝廷綱紀不立，削之，則傷親親之恩。賈誼曰：「欲天下治安，莫如眾建諸侯而少其力。」今盍師其意，勿行晁錯削奪之謀，而效主父偃推恩之策。在北諸王，子弟分封於南；在南，子弟分封於北。如此則藩王之權，不削而自削矣。臣又願益隆親親之禮。歲時伏臘使人■問。賢者下詔褒賞之。驕逸不法者，初犯容之，再犯教之，三犯不改，則告大廟廢處之。豈有不順服者哉！
這的確是個很好的建議。建文帝雖然表示讚揚，但似乎無意施行。大概他過分相信齊黃的「大小強弱勢不同，而順逆之理異也」之類的話了。
雖然他們提出的對付諸王的辦法不盡相同，但有一點是共同的，那就是他們都看到了強藩