溫嶠聽說陶侃要來了，趕緊和庾亮商量第二天的歡迎儀式。這時外邊都傳說庾亮逼反蘇峻，危害朝廷，是國家罪人；又對不住陶侃，與陶侃有私仇。國恨私仇加在一塊兒，陶侃又統兵前來，完全有理由直接砍了庾亮。庾亮聽了，不但不敢去碼頭接陶侃，反而要逃出潯陽。
溫嶠道：「陶侃既然肯發兵來救國家，一定是把和您的私仇扔到一邊去了，決不會找你報仇。你要是離開，反會使你們兩個的矛盾越來越深。放心吧，有我在，他不會把你怎樣。」庾亮這才放棄跑路的想法，但一晚上翻來覆去，沒有睡著。第二天早上醒來，和溫嶠到了碼頭上，見陶侃從船上下來，上前去一個勁地行禮。
陶侃見了冷笑道：」哎喲，我可當不起您這一拜啊。」庾亮羞得滿面通紅，忙說自己以前錯了，不該小心眼，您大人有大量。
陶侃又狠狠道：「你不是修葺石頭城防備老子么？怎麼現在又要我發兵了。」
「那是防備蘇峻，決不是防您啊。」說到這裡，庾亮都快哭了。
溫嶠為兩個人勸解道：「陶公心胸很開闊，不過是和庾相開個玩笑。庾相何必當真。」
經溫嶠勸解，氣氛緩了下來，三個人來到城中，設壇盟誓，共推陶侃為盟主，領兵四萬，順江而下。
會稽內史王舒、吳興太守虞潭等人，也在東南響應起兵；山東的兗州刺史郗鑒則率兵從北向南進擊。陶侃見到三人派來的使者，便命郗鑒為都督揚州八郡諸軍事，王舒為監督浙東諸軍事，虞潭為監督浙西諸軍事。
蘇峻聽說三路人馬向自己殺來，召開軍事會議商量對策。參軍賈寧道：「其他幾路人馬都不足為慮，只有陶侃的西軍很厲害。從前王濬滅吳，王敦逼京，都是因為沒有守住石頭城，將軍可以帶著皇帝固守石頭城。」
蘇峻遂派張健出討三路人馬；派陸曄、匡術留守南京城；自己帶著成帝和百官遷入石頭城。
陶侃帶兵來到石頭城下，見蘇峻已經把守住江岸的關鍵要害，防備十分嚴密，嘆一聲好個蘇峻。在江中的一處沙洲上立下水寨。
蘇峻的軍隊在岸上，但見有陶軍船艦靠近，則用火炬和弩箭攻擊。陶侃的船隻只能遠遠離開。
將士們都力請上岸一戰，溫嶠道：「我軍擅長水戰，而賊兵慣於步戰，不可輕戰，有上岸者死！」
庾亮見淮口並沒有多少兵，認為自己打了許多敗仗，這回該是打一個勝仗露露臉的時候了，便要率軍上岸。督護王彰道：「有軍令：『上岸者死。』您不要讓陶將軍為難啊。」
庾亮道：「那是給眾將士的命令，不是給我的命令。現在淮口也就一二百人，我率千人去攻擊，一定能勝，豈能坐失戰機？」
王彰道：「淮口是要害之地，看上去是一二百人防守，我想不會這麼簡單吧。您要當心有埋伏。」
庾亮嘲笑他：「虧你還是一員戰將，竟然如此膽怯？」
王彰聽他這麼說，也沒什麼話可講了，只好隨庾亮帶了一千人乘船去攻淮口。岸上一百多人很快就被打散，庾亮帶兵衝上岸來，直追了兩里多地，殺得真叫痛快。庾亮仰天大笑：「伏兵何在？」話剛說完，只聽一陣梆子響，前面箭如飛蝗，登時有上百人被射倒。張曜率伏兵衝出。庾亮急忙帶兵後撤，回去再檢點人數，少了兩百多人。因為自己沒本事，兩百多人或死或傷，庾亮作為該事件的主要責任人回來向陶侃投案自首。
陶侃大手一揮：「算啦，算啦。下不為例。」正好陶侃在開軍事會議，便讓庾亮也坐下來學習學習。
大家正在討論是不是該在駐水軍的沙州之外，築好營壘，這樣可以更好地儲備物資，並可攻可守。
部將李根建言：「現在這個沙洲靠東南方向，與敵方太遠，又處下游。不如在西北方向的另一處叫做白石的沙洲築壘。白石地勢險，易守難攻，又離對方比較近。攻可出其不易，守可以一當百。」
陶侃道：「白石距離敵人太近，如果在那裡築壘，敵人一定來騷擾，恐怕不能建成。」
李根道：「我們可在上游，把木料、石料和沙土等所有原料都準備好，等深夜時一齊運上白石，一晚上的工夫就能造成。」
陶侃當即調撥五千兵丁交給李根，李根果然用一夜的工夫就造好營壘。庾亮這回調請守壘，要將功補過。陶侃便給他兩千精兵。
蘇峻早晨睡起來，照例登城巡視，突然見對面立起來一座大碉堡，嚇了一跳。一打聽才知道是陶侃連夜建起來的。
這個地方的戰略位置太重要了，必須拔掉。蘇峻親自帶一萬人去攻，庾亮這一回身先士卒，站在壘上指揮。蘇峻幾次猛攻都被擊退。溫嶠命王愆期率一百艘船，五千名兵去援，卻正好碰上東北風，船被吹得倒退，蘇峻於是派人向王愆期的軍隊射箭，正好箭順東風，射得又遠又狠，王愆期損傷不少，又逆風難行，只好退回營中。
眼看白石壘已成孤軍，陶侃要親自率軍出戰，溫嶠道：「你是主帥，不可輕易冒險，還是我來吧。」
這時大將毛寶運糧回來，正好請命，帶兵去援，一直殺到北岸，與剛剛趕來的許柳、祖渙部隊遇上，雙方混戰，毛寶被流箭射中，那箭貫穿大腿，釘到馬鞍之上。毛寶把侍衛叫來，讓那人踏住馬鞍，雙手拔箭而出，只見鮮血流得滿腿滿靴都是。毛寶隨便包紮一下，仍帶兵前沖。眾士兵見了，一齊奮發向前，許柳與祖渙抵擋不住，大敗而退。
這邊蘇峻見許柳與祖渙敗退，急忙帶兵去救。毛寶見解了白石壘的圍，也不戀戰。雙方各自退兵。第二天，又來爭白石壘。這樣一直打了四五個月，溫嶠軍中的糧草漸漸耗盡，便向陶侃借糧。陶侃見打了好長時間也沒什麼進展，不由埋怨道：「當初你說得好好的，說糧草不是問題，要多少有多少。軍中也不乏擅戰的良將，只要東下，無往而不利。現在，糧草你沒有了，良將我看也沒幾個。我的荊州與北方的胡國、南方的蜀國接壤，隨時都有被進攻的危險。既然你說沒糧草了，那咱們就都回去吧，等下次再來！」
溫嶠道：「現在蘇峻說不定也支持不住了，你要是撤退，豈不是功敗垂成？況且現在天子在蘇峻手裡，正是你我報效朝廷的時候。如果勝了，你就是拯救國家的大功臣。你怎麼能回去呢？再說了，現在是騎虎之勢，你想下來也不容易。如果你退兵，蘇峻坐大，難保下一個對付的不是你。」
陶侃被溫嶠說得十分慚愧，借給溫嶠五萬石米，忽聽石頭城中有擊鼓集合隊伍的聲音。陶侃道：「這蘇峻又來攻白石壘了。」
孔坦道：「蘇峻要攻白石壘，一定要等東北風。這樣他們在上風向，我們水軍難以救援，他們的箭弩也能充分發揮威力。現在沒有風，蘇峻肯定是派兵向東去攻擊郗鑒去了。」
陶侃急派郭默率部去增援郗鑒。果然蘇峻派韓晃去攻郗鑒，多虧郭默增援及時，方守住營壘。但韓晃見連日猛攻不下，便把郗鑒部隊的水源給斷了。郗鑒讓人挖井，挖了兩三天也未見一滴水，壘中的士兵實在是乾渴難忍，只能靠喝尿支持。掘地取水不及供給，郗鑒大驚，再向陶侃求援。
陶侃又要派兵，長史殷羨道：「韓晃、張健都是蘇峻手下最能打的將領，這回韓晃帶兵把郗鑒給圍了，說明帶出去的兵不少。這一定是蘇峻也打得煩了，欲派重兵先迅速解決西路和北路的軍隊，然後合兵一處，轉攻我們。何不趁重兵在外，急攻石頭城？」
陶侃便督率所有軍隊，以白石壘為跳板，急攻石頭城。正巧這幾天不颳風了，蘇峻也借不上風勢，親自帶兵出戰。其手下大將匡孝帶八百鐵騎沖入西軍，西軍前鋒趙胤抵擋不住，向後敗落。蘇峻本來坐在山上，一邊喝著酒一邊觀戰，見匡孝得勝，又喝到興頭上，大聲喊道：「匡孝能破賊，我難道還不如他么？看我的！」乘著醉意帶兵衝下山。
這時陶侃、溫嶠、庾亮各自率軍趕來，匡孝人少不敵，敗下陣來。蘇峻本來帶著上萬兵馬，但酒醉指揮不力，交戰之後也支持不住，只能後撤。蘇峻一直撤到白木陂，跌落馬下。陶侃的部將彭世、李千帶人趕了上來，把蘇峻割了首級獻給陶侃。陶侃便將蘇峻的屍體焚骨揚灰，然後把蘇峻的首級高挑在軍門之上。西軍大振，騰躍爭進。匡孝勉強逃回。
蘇峻死後，他的弟弟蘇逸領軍，閉城自守，不敢出戰。成帝身邊的劉超和鍾雅見蘇峻死了，便謀劃著帶成帝逃出石頭城，不幸泄密，被蘇逸殺死。
包圍郗鑒的韓晃聽說蘇峻死了，急忙撤圍回軍。走到半路的時候，負責防守南京城的陸曄和匡術已經獻城投降了陶侃，陶侃手下大將毛寶進城接手了防務。蘇逸命韓晃不必來石頭城，直接去攻建康。
毛寶兵少，不敢出戰，勉強守住宮城。韓晃命人射火箭入城。登時宮城到處都是大火，毛寶要守城，便分不出兵來救火，城中頓成一片火海。
溫嶠見毛寶那邊就要支持不住，遂把所有的軍隊都開出來，拚命來攻石頭城。蘇逸實在是吃受不住，只好讓韓晃先放棄進攻南京宮城，回