晉明帝論功行賞：以王導為太保、領司徒，加殊禮，封始興郡公；溫嶠為前將軍，封建寧縣公；蘇峻為歷陽內史、冠軍將軍，封邵陵縣公；郗鑒為車騎將軍，都督徐、青、兗三州諸軍事，兗州刺史，出鎮廣陵，封高平縣侯。其餘各有封拜。追贈已故司馬承、甘卓、戴淵、周、郭璞等官爵，各賜謚號。改授荊、江諸州，以分上流之勢：以溫嶠為江州刺史；陶侃為征西大將軍，荊州刺史，都督荊、湘、雍、梁四州諸軍事；以王舒為會稽內史。又充實自己實力，調換朝廷百官，總算把朝廷安定下來。
王敦叛亂才平定一年，一切剛剛走向正軌，公元325年，農曆閏八月戊子日，晉明帝卻突然暴病身亡，在位僅三年，年僅二十七歲。
太子司馬衍即位，是為晉成帝。改元咸和。當時成帝年僅五歲，他的母親庾太后臨朝聽政。庾太后沒有任何政治才能，便重用她的哥哥，中書令庾亮。
庾亮是個小人，手握重權之後的第一件事就是報復當年不「尊重」自己的人，而第一個人則是司馬宗。
晉明帝在患病的時候，左衛將軍、南頓王司馬宗執掌宮中禁軍，在宮內當值。有一次，庾亮有事要進宮面奏晉明帝，向司馬宗索要進宮的鑰匙，司馬宗道：「皇宮又不是你家，是你隨便出入的地方么？」庾亮覺得受了羞辱，掌權後便將司馬宗貶為驃騎將軍。
司馬宗當初說的話的確是讓人很下不來台，但庾亮把司馬宗降職也報復得太過分了。司馬宗這個人其實和庾亮是半斤八兩，他認為自己受了委屈，竟然和親信卞闡謀劃，準備廢掉庾亮。雖然庾亮無才無德，但畢竟是國家重臣，豈能說廢就廢。司馬宗和庾亮其實是一個脾氣，都把國家大事當做個人恩怨的籌碼。庾亮得知，做得更絕，把司馬宗殺了，並將他這一支宗姓貶為「馬」姓，司馬宗的幾個兒子全被廢為平民。卞闡則逃到了歷陽蘇峻那裡。庾亮便以朝廷的名義命令蘇峻交出卞闡。
因為司馬宗一直執掌宮中禁軍，經常待在宮內，所以晉成帝和他很熟。司馬宗有時還陪著晉成帝玩，晉成帝對他很有好感。有一次晉成帝問庾亮：「平日我經常見到的那個白頭公去哪兒了？」
庾亮隨口答道：「他謀反，已被殺了。」
成帝聽了傷心道：「舅舅說人家謀反，便殺了人家；如果有人說舅舅謀反，又該如何？」
庾亮聽了臉色一變，也不好再說什麼，怏怏而去。
這時蘇峻那邊傳來消息，說卞闡沒來自己這裡，所以不能交人。
庾亮知道蘇峻是不願意交出卞闡，又一次覺得很沒面子，於是便以「蘇峻擁兵自重，藏匿叛黨」為名，要征蘇峻入朝，然後除去蘇峻的兵權。
王導勸他道：「蘇峻對國家有大功，很有威望，又有數萬精兵，武器也很先進。而且這個人猜疑心重，為人險毒。你要是征他入朝，他一定不肯奉詔而來，到時候你該怎麼辦？是打還是不打？不打失去朝廷威信，打了又逼他造反。豈不是兩難？」
庾亮不以為然：「蘇峻狼子野心，終將反叛。就像當年漢景帝削藩，其實不削藩七國遲早也要造反。現在除他兵權，就算是把他逼反了，造成的禍患也不大。如果等他將來羽翼豐滿了，說不定朝廷也沒能力再制服他了！」
尚書令卞壼勸道：「蘇峻屯兵之處距離京城不到一天的路程，如果蘇峻造反，京城一定很危險，您還是好好考慮一下。」蘇峻屯兵於歷陽（今安徽和縣），距離建康相當近，路程只有一百多里地。即使是步兵，早上出發，晚上也就到了。
庾亮不聽仍然下詔征蘇峻入朝，升蘇峻為大司農、加散騎常，也就是給蘇峻個朝中官職，解去他的兵權。
卞壼知道庾亮過於自信，京城兵力根本不是蘇峻的對手，急忙派人去武昌找溫嶠想辦法，溫嶠也寫信勸庾亮，庾亮根本聽不進去。溫嶠見庾亮這麼固執，便說，這麼辦吧，我把我的將軍府從武昌移到潯陽，然後率重兵進入京城，這樣保險一點兒。庾亮大言道：「我擔心的是西邊的陶侃，歷陽的蘇峻又算得了什麼？你不要帶兵越過雷池。」雷池是一個大湖，主體位於望江縣雷池鄉，在望江縣城東南十公里處，緊靠長江北岸，面積一百平方公里，因古雷水自湖北黃梅縣界東流至此，積而成池，故名雷池，亦名大雷池。雷池以西是溫嶠的防地，所以庾亮才有此話。溫嶠聽了只得按兵不進。
蘇峻得了詔命，果然並不入京，寫信給庾亮道：「你要是讓我打仗，指哪兒打哪兒，我絕對聽從你的命令；你讓我入朝作文官，我沒這個本事，不能勝任。」庾亮不理他，再催蘇峻入朝，蘇峻遂又上書道：「當初可是明皇帝拉著我的手，請我帶兵北伐的。現在中原還沒有收復，我哪兒敢回去清閑養老呢？這麼辦吧，你在偏遠的青州界內，隨便找一個荒蕪凋敝的地方，讓我去鎮守，發揮一下我的餘熱可以不？」
庾亮仍然不同意，並整修石頭城的軍事防務，以郭默為後將軍、領屯騎校尉，以其弟庾冰為吳國內史，在全城進行軍事總動員。然後再催逼蘇峻入朝。
蘇峻被逼得實在沒有辦法，打算遵命去京城。手下參軍任讓、阜陵令匡術、大將韓晃、張健、匡孝、管商、弘徽等都勸阻道：「將軍已經深深地得罪了庾亮，現在就是請求調個最窮的地方鎮守庾亮都不允許。你想想庾亮恨你恨到什麼地步？你現在入朝，恐怕生命都有危險，不如擁兵自守，尚可以保命！」蘇峻一聽，又不走了。
這時，庾亮又派人前來催促，並且在信中道：「你一再地拖延不來京城，難道想謀反么？」
蘇峻早就憋著一口氣了，聽了此話，再也忍不住了，罵道：「好，你都說我謀反了，我到朝中還能有活路？以往國家危險的時候，多虧我出了大力氣，才換來今天國家的安定；現在，兔死狗烹，卸磨殺驢，卻要除掉我了。我就是死，臨死前也要把你殺掉！」遂於歷陽起兵，聲討庾亮。
豫州刺史祖約（祖逖的弟弟）也被庾亮穿過小鞋，得知蘇峻造反，也起兵響應，派大哥的兒子祖渙、女婿許柳率兩萬兵前往支援。蘇峻聽說後更堅定了反叛的決心，以韓晃、張健為前鋒，殺向京城。
司徒司馬陶迴向庾亮建議道：「您趕緊截斷阜陵通道，守住江西當利等險要的地方。使他不能襲擊京城的後方。雖然蘇峻兵精，但畢竟我們的軍隊比較多，據險而戰，必可勝他。」
庾亮並沒有聽從，而是嚴陣以待。哪知道蘇峻先佔了姑孰，把那裡的糧食等物資全部奪去，庾亮這才知道打仗並不是兩軍碰一塊兒廝殺就行了，原來還要涉及到各個險關把守，重要城市之間的互相支援，以及後勤供應等方面。於是才開始聽從軍事專家的意見命令左將軍司馬流率兵去守慈湖，派其弟庾翼去守衛石頭城。但已經晚了，司馬流剛趕到慈湖，大營還沒有紮好，大家正在做飯，韓晃突然殺到，司馬流大敗，亂軍中被殺。蘇峻遂與祖渙、許柳等合兵一處，向京城而來。
司馬陶回又建議道：「石頭城有重兵把守，地勢險要，蘇峻決不敢從這個地方過，一定是繞到南邊從小丹陽徒步而來，如果在那裡設下伏兵，一定可勝。」
庾亮道：「小丹陽南道狹險難行，蘇峻一定認為我設有埋伏，怎麼敢從那個地方過來？」又不聽從。其實庾亮埋伏一支軍隊，就算是沒等到蘇峻來，又能給自己造成多大損失呢？戰爭不是遊戲，成敗往往在於一念之間，只要有取勝的可能性都應當重視實行，庾亮隨隨便便就把這個機會放棄了，簡直太愚蠢了。
蘇峻料定庾亮不會在險道設伏，派人把船都開出來，大張旗鼓地向石頭城進發，揚言要進攻石頭城，其實每隻船上只有船夫一人，鼓手一名。而自己親率大軍，趁著夜色，人含枚馬勒口不舉火，摸黑從南道摸到京城之下。
庾亮聽說蘇峻帶兵來到京城，這才又一次後悔。
卞壼、郭默、趙胤帶兵出城與蘇峻交戰，但並不是蘇峻的對手，大敗而回。蘇峻遂率軍進攻青溪柵。青溪柵是南京城在青溪左岸沿河設有的類似籬笆的防禦設施。相當於一道城牆，攻破青溪柵便可入城。
卞壼拚命守在青溪柵，直打到晚上蘇峻也沒有攻下，正好西風颳起，蘇峻命人放火，結果風助火勢，燒入卞壼軍中，蘇峻趁勢攻入，卞壼被困不能衝出，力竭而亡。蘇峻勸卞壼的兩個兒子卞眕和卞盱投降，二人道：「父為忠臣，子為孝子，夫復何恨！」也都力戰而死。
亂兵攻入雲龍門，丹陽尹羊曼、黃門侍郎周導、廬江太守陶瞻全都戰死。庾亮在宣陽門拒守，很快也被亂軍攻破，庾亮只好與庾翼、郭默、趙胤、孔坦等出城，向西投奔潯陽溫嶠。
亂兵入城之後，到處搶劫，只要看到身穿軍服的，一律殺而不受降。看到女子，便扒光衣服強姦，許多女子沒有衣服，只能用茅草蓋住身體，連草都找不到的，便挖土蓋體。南京城內，哀號之聲，不絕於耳。
王導急忙命侍中褚翜抱了小成帝登上太極前殿。王導、光祿大夫陸曄、荀崧、尚書張闓、右衛將軍劉超、侍中鍾雅、