東晉初年，北邊的戰火不絕，打得熱鬧，其實南邊的東晉更不太平，晉元帝和王敦打起來了。
晉元帝司馬睿能夠在江東立足建立東晉，很大程度上依靠琅琊王氏的擁戴，晉元帝也很感激琅琊王氏，對他們委以重用。內政用王導來總攬朝政，外事則以王敦來執掌兵權。王氏的門生子弟被安插在國家的各個重要崗位上，江東因此有「王與馬，共天下」的說法。
王敦既有定國之功，宗族又強盛顯貴，便不免有了驕縱之心，經常喝上兩口酒就敲著酒壺唱曹操的樂府詩：「老驥伏櫪，志在千里。烈士暮年，壯心不已。」時間長了，王敦家的酒壺沒有一個是完好無損的，都讓王敦敲出了疤。
你說王敦唱誰的詩不好，偏要唱曹操的詩。曹操是什麼人物？挾天子以令諸侯，其子廢漢帝而自立。以王敦此時此刻的地位，唱這首歌，晉元帝豈能不疑心？
晉元帝了解到此事之後，便重用尚書令刁協、侍中劉隗，以抑制、削弱王氏的權勢。又將王導升職為司空，前文幾次提過，司空是很有地位的職位，也是一個虛職，是專門用來削弱權臣實權的。王導這個人性格淡泊，不重權利，所以並不怎麼在意。王敦性格則與從弟王導相反，對名利權位看得很重，王導失勢，意味著王氏宗族被削弱，他當然不能坐視不管，於是上書為王導鳴冤叫屈。雖是鳴冤，但言辭之間多有威脅的味道，晉元帝見了有些擔心，便招來刁協、劉隗和譙王司馬承問計。
司馬承道：「王敦這個人擁兵自重，必有異心。得早點除去他，不然的話，終成大禍！」
晉元帝也很有同感：「此人不除，朕連覺都睡不好！」接著又傳來梁州刺史周訪病亡的消息。王敦最怕的就是這個人，元帝聽說周訪死了，更加擔心王敦了。
湘州刺史甘卓被調到梁州刺史接替周訪，湘州刺史的位子就空下了。晉元帝正在想派誰去上任呢，王敦又摻和進來了，一定要讓他的心腹沈充為湘州刺史。晉元帝一想，王敦是江州牧，又兼任著荊州刺史，湘州再讓王敦的心腹抓在手中，東晉總共只有八個州，梁州、交州和廣州是地廣人稀，偏遠窮壤之地，戰略位置也不很重要。剩下的五個比較不錯的州，王敦伸手就要三個。特別是湘州，處在建康的上游地段，又控制著荊、交、廣三州來京的要道，本身也山川險固，易守難攻。這樣的地方，王敦跟我搶著要，什麼居心？
於是晉元帝司馬睿便讓叔父司馬承去做湘州刺史。司馬承說：「我去可以，但不能讓我和王敦打仗。因為湘州剛經過大亂，百業蕭條，人民稀少，農耕不舉。等我在湘州恢複三年以後，您才能動兵。」
晉元帝滿口答應，又按照劉隗的計策，以尚書僕射戴淵為征西大將軍，都督司、兗、豫、並、雍、冀六州諸軍事，鎮守合肥；以劉隗為鎮北大將軍，都督青、徐、幽、平四州諸軍事，鎮守淮陰。名義是備軍北征，實際上是為防王敦準備軍隊。
司馬承去湘州上任，路過武昌，王敦請他吃飯，席間說道：「就憑你，能治理得了湘州么？」
司馬承微微一笑：「鉛刀雖鈍，豈無一割之用？」鉛刀因為發軟，所以只能割一下，然後就變鈍不能用了，但就是這一下也足夠了。這是一句自謙的話，出自東漢時期收納西域的名將班超之口。司馬承引用班超的話，語雖謙卑，其實充滿傲氣。
王敦聽罷大笑，把司馬承送到船上，回去和錢鳳道：「譙王不知道害怕，偏要學班超的豪言壯語，可見是個志大才空之人。」於是聽憑司馬承赴任，並不阻攔。
不久，祖逖病亡，晉元帝以其弟祖約為平西將軍、豫州刺史，繼續率領軍隊進行北伐事業。王敦知道這件事後很是高興，對錢鳳道：「在晉朝中我所忌憚的人，南有周訪，北有祖逖。現在兩個人都病死了，我還有什麼好怕的。」於是以劉隗和刁協為奸臣，自己要清君側的理由發兵，水陸並進，進攻建康。這一年為永昌元年（322）正月。
晉元帝也不甘示弱，當即下詔道：是可忍，孰不可忍？朕當親統六軍以誅大逆，有殺王敦者，封五千戶侯！
當即派人召戴淵和劉隗回來統兵。劉隗回到京城後，馬上勸晉元帝殺掉王導以及所有在京的琅琊王氏。晉元帝對王導還是有感情的，畢竟王導不像他的從兄王敦那樣張狂，對晉元帝也十分恭謹。再加上王導確實為晉元帝立足江東立下大功，晉元帝不忍殺他，猶豫不決。
這時有人已經把劉隗勸帝殺盡京中琅琊王氏的消息告訴了王導，王導一聽嚇得冷汗直出。他立刻把堂弟王邃、王廙、王侃、王舒、王彬等宗族二十餘人都聚到一塊兒，一大早就來到宮外一齊跪下待罪。正巧尚書左僕射周入朝，王導朝他悲哀地喊道：「伯仁啊，我以宗族百口託付給您，希望您能救我們的性命啊！」
周裝作沒有聽見，看也不看王導，徑直走入宮中，見了元帝道：「王導是個忠臣，為了您的江山社稷盡心竭力，幫您立下大業。您要是殺了他，對不住往日王導對晉國之恩啊！而且，如果王導與王敦暗中有勾結的話，他怎麼能留在京城中等著您來殺他呢？請皇上三思！」元帝一想也對，對周的話深有感悟，很是佩服，遂留周一塊兒吃午飯，席間當然少不了喝酒，周直喝得大醉才走出宮來。
王導見了周，跟在後面大喊周的字：「伯仁，伯仁！」周只管醉醺醺地向前走，理都不理王導。王導因此認為周也是建議殺己的大臣之一，遂對周有了怨恨。
這日下午，晉元帝下詔命赦免王導等在京的所有琅琊王氏，並召王導入朝。王導上殿哭著叩頭道：「要說逆臣賊子，哪兒一代也有。可是卻不幸今日竟出在我們這一族！真是慚愧啊。」晉元帝好言安慰，並以王導為前鋒大都督，統率京中諸軍，又命劉隗駐守金城（今江蘇句容北），征虜將軍周札駐守石頭城（今南京西面的清涼山，為南京重要門戶）。
王敦帶兵來到石頭城，周札原是齊王司馬冏手下的參軍，後來投了東晉，對東晉皇帝談不上什麼忠心，所以見王敦兵臨城下，二話不說，立刻開門投降。元帝聽說石頭城已降，急忙命劉隗、戴淵反攻石頭城。劉隗和戴淵連戰連敗，只好退兵。王敦帶兵追趕，王導、周、刁協、虞潭分別帶兵救援，都讓王敦打得大敗。太子司馬紹著急了，召集東宮的禁軍要出城與王敦決戰。中庶子溫嶠拉著太子跨下的馬頭，哭著不讓他出兵，太子不聽，溫嶠乾脆抽劍把馬韁砍斷，太子只好罷兵。
眼看王敦已經攻進城來，刁協、劉隗向元帝請罪。元帝和兩個人大哭一陣，然後道：「不要擔心我，王敦不敢把我怎麼樣。可他說要清君側，要殺你們兩個，你們還不快跑？」兩個人這才哭著離開，帶領家屬出城逃走了。刁協逃到江乘（今江蘇句容北），為手下殺害，拿著首級到王敦那裡報功。劉隗則帶領家屬和隨從數百人逃到後趙。
為什麼晉元帝司馬睿的王師在反叛者王敦的面前會這麼快敗亡呢？直接原因是司馬睿的改革。司馬睿在刁協、劉隗二人的策划下，進行了一系列限制大族勢力、加強皇權的所謂「刻碎之政」。在太興元年（318）一年之內，司馬睿兩次下詔整飭吏治。第一次在三月，詔書一面對清靜為政加以肯定，一面又表示要懲辦不法官吏。第二次下詔在七月。司馬睿的語氣十分嚴厲，除命令各級官吏「祗奉舊憲，正身明法，抑齊豪強，存恤孤獨，隱實戶口，勸課農桑」外，還要求「州牧刺史當互相檢察，不得顧私虧公。長吏有志在奉公而不見進用者，有貪惏穢濁而以財勢自安者，若有不舉，當受故縱蔽善之罪；有而不知，當受塞之責」。他還親自下令處決了桂陽太守程甫、徐州刺史蔡豹等幾個違制的官吏，其中程甫是王敦的親信。
由於東晉政府的絕大部分軍隊都掌握在各地的軍政首領和當地豪強手中，司馬睿迫切地需要擴充能為自己所用的軍隊。他下詔免除豪強手中奴與客的卑賤身份，使他們成為平民，為自己籌得兵源，削弱了士族地主私占人口的權力。
許多望族豪強公開反對晉元帝司馬睿的做法，王導和王敦也對他們表示支持。而晉元帝則拿這批根基很深的人沒有辦法，他沒有一個有效的辦法來除掉這個盤根錯節，勢力深厚的上層士族。
雖然懲治貪官對國家對人民是有好處的，解放奴隸對國家對人民也是有好處的，但司馬睿當時既沒有完全掌握國家權力和建立絕對威信，也沒能夠、沒能力迅速地清洗掉高層官吏，換上得心應手的人。司馬睿的這些措施使許多大族蒙受損失，引起他們普遍的怨憤，因而一大批居於高層的官吏倒向了琅琊王氏家族。以至於在王敦反叛時，所有有勢力的士族都靜觀其變，袖手旁觀，晉元帝完全依靠自己剛剛建立不久的新軍以及新提撥起來的一批年輕軍官和久經沙場的王敦作戰。而王敦手下的大將都是在戰事中歷練出來的，他手下的兵也是打了無數仗的老兵，對付晉元帝當然是小菜一碟。
王敦殺入京城，並不上朝去見晉元帝，而是放縱士卒劫掠財物。商人富戶全都跑得精光，老百姓也關門閉戶，不敢