孫元化初三日一登岸就揮軍直撲登州城下，卻見城門緊閉，城上也闃無人跡。監軍道王征高叫：「孫大人回來了，為何不開城？」
突然城上豎起「李」字大旗，冒出一溜人頭。當中一人道：「孫大人，你是來取俺們人頭的吧？」
孫元化「哎呀」一聲：「不好，城已陷了！」
「李九成，你真是不知好歹！」王征道，「是孫大人移檄各郡縣，不許截殺，才有你活命到今天！還不開城受撫？」
「王監軍，覆水豈能收回？老子不給那小皇帝賣命了，咱就擁孫大人做個皇帝吧，如何？」
孫元化大怒，馬鞭一指：「攻城！」
不等孫元化軍衝到城根下，城上火器齊發，頃刻間馬蹶人撲。元化正要後退，忽聽得四面一片聲叫喊，伏兵四起，卻是不沖不殺，只將元化軍團團圍住。此時城門半開，李九成、孔有德、耿仲明催馬出來，直到孫元化面前，一起下馬，齊齊跪下。
李九成道：「九成向大人告罪了。」說完三人一齊磕下頭去。
孫元化稍一愣：「耿仲明，你也反了？」
「昏君無道，致國疲民弱，大人應順天行事，我等願擁戴大人為王，聽大人調遣，共反朝廷！」
「混賬話！」
「皇帝輪流做，今年到我家，大人怎就做不得皇帝？」孔有德道。
孫元化斜他一眼：「張可大呢？」
耿仲明答：「張總兵自縊了。」
孫元化一瞪眼：「洋人呢？」
「公沙的西勞、魯未略、弗朗亞蘭達、方斯谷、額弘略、恭撒彔、安尼、阿彌額爾、薩琮、安多、兀若望、伯多彔等十二人身亡，十五人重傷。」
「你們……連洋人都殺！」
耿仲明知道孫元化是受過洗禮的天主教徒：「洋人執意炮轟，職力阻不聽，不得不爾。」
孫元化仰天長嘆一聲：「元化受國重恩，豈能降賊！」說完突然拔劍加頸，就要抹脖子。
王征眼疾手快，一把抓住孫元化手腕，耿仲明一步搶上前奪下劍。二人還是稍晚，孫元化脖子已劃開一道兩寸長的口子，鮮血順頸而下，幸未傷及腔脈。
「大人此舉有違教規啊！」王征流涕道。
聽到傳諭早朝在皇極門，京官兒們都緊張起來。今兒個是朔日，按慣例應是大朝，在皇極殿。大朝多是排場，走過場而已，沒多少正經事。改為御門聽政，必是有大事了。
果不其然，崇禎那臉色，青中帶綠：「又出了一個袁崇煥！」把眼掃了一圈，「宣府巡撫沈棨又敢背著朕和金人立約！」又把眼掃回來，「京官兒中不少人與邊臣私交甚厚，公事中也多有往來。你們說說，這些為國守邊的文臣武將中，誰還與金人有約，或者想與金人訂約？」這話誰敢接茬？都噤了聲低了頭。
「朕知道不是沒有，是你們不敢說，熊明遇就替沈棨辯解！哼，沈棨下獄！自今而後，再有人背著朕與建虜有片紙隻字的交通，全家下獄！」崇禎鼻中吁出一股氣，「孔有德又破了黃縣、平度兩城，把新任登萊巡撫謝璉、山東巡撫徐從治圍在萊州城裡，徐從治履任後曾三次上疏。王承恩，讀徐從治近疏。」王承恩撩開鴨嗓念道：
萊城被圍五十日，危如累卵。日夜望援兵，卒不至，知必為撫議誤矣。賊果止兵，或稍退舍，臣等何故不樂撫，實是賊借撫為緩兵計。當賊過青州，大成擁兵三千，剿賊甚易，元化遺書謂『賊可就撫，爾兵勿東』，大成遂止，至賊延蔓！援師不來，臣死當為厲鬼以殺賊，斷不敢以撫謾至尊，淆國是，誤封疆，而戕生命也！
待念完，崇禎道：「熊明遇，卿還主撫么？」
「陛下先後派出徐從治、謝璉、總兵楊御蕃，均不敵叛軍，說明什麼？各鎮兵均非遼東兵對手！欲平虜患，非遼東兵不可！」熊明遇道，「叛軍現有一萬餘人，如能收復，則我遼東又增一銅牆鐵壁，故臣以為能撫則撫。叛軍因餉而叛，臣想只要許諾補發欠餉，必有招撫餘地。」
「照你這一說，我大明除遼東外，無可用之兵了？遼東兵慣戰，朕當然知道。徐從治本應駐青州，領昌邑援軍和供應糧草，與謝璉互為犄角。他偏要與孔有德干一仗，移鎮萊州，結果身陷重圍。如果兵力充足，調度得當，山東兵當真敵不過遼東兵么？」崇禎看向眾人，最後落定周延儒。
「陛下，」周延儒見無人說話，只得站出道，「因徐從治被圍萊州，援軍無人督察，統一指揮，故諸將觀望，未能馳援萊州。臣以為，可增設總督統領山東駐兵，相度時勢，再決定撫戰。」
崇禎想了想道：「叛軍有多少兵力？」周延儒看徐光啟。徐光啟走出道：「叛軍攻陷登州，奪獲紅夷大炮二十餘位，西洋炮三百位，馬三千匹，餉銀十萬兩，兵七千，總兵力已達萬人。」
「我昌邑兵呢？」
「現在昌邑仍有馬步軍兩萬五千人，倍於叛軍。」
「火器呢？」
「我軍每一營五千人，其中騎兵一千人；霹靂炮三千六百桿，火藥九千斤，重八錢鉛子九十萬個；大連珠炮二百桿，火藥六百七十斤；多管火箭手把銃四百桿；盞口將軍一百六十位。」
「盞口將軍是什麼？」
「是野戰重型火炮，士兵們稱它盞口將軍。」
「如此說來，兵力多於叛軍，火力強於叛軍？」
「是。」
「好，何人可任總督？」
周延儒想了想，說道：「臣薦侍郎劉宇烈。」
「劉宇烈？」崇禎心中不大滿意，覺得也並非領兵之人，但一時也想不出合適人選，「好吧，命劉宇烈總督山東兵馬平叛，是戰是撫，可相機行事。」崇禎又看向徐光啟，「朕聽說孫元化已為孔有德擁戴稱王，且僭號順天，可是真的？」
「陛下，」徐光啟道，「臣以為這是孔有德故意放出的風聲，孫元化必不從。孫元化如有反意，臣亦願伏罪。」
「哼，元化是你徒，你當然如此說，朕可不得不防。廣西道試御史蕭奕輔上疏說孔有德反後，孫元化力主安撫，放任孔有德荼毒內地。廣東道御史宋賢上疏說孫元化侵餉縱兵，貪穢已極。所轄士卒，數月間一逞於江東，劓（割鼻）截主將，再逞於濟南，攻陷城池，皆法之所不赦者。應將元化立賜斥譴，以昭國憲。他們說的事可有？」
「臣亦擔保孫元化絕無侵餉貪穢之事。孫元化若有此事，臣願以全家百口共戮。」徐光啟又進一步，把一大家子都賭上了。
「老大人還是莫口硬吧，」溫體仁往前半步，說道，「先前諸臣曾屢疏糾劾元化貪污欺詐，難道這大小臣工都在造謠？所以陝西道試御史余應桂說，『主登兵之叛逆者，非孔有德，乃孫元化也。』」
這話讓周延儒受不住了，因為余應桂後面還有話，只是溫體仁沒說出「成有德之叛逆者，非孫元化，乃周延儒也。」周延儒看出溫體仁居心，遂出班道：「陛下，臣雖非如余應桂言，但為首輔，不可卸責，請罷臣職。」
崇禎揮一下手，道：「先不說你。朕不戮徐光啟家百口，但必囚系孫元化家屬！縱使他未叛，孔有德、李九成、耿仲明也是他調教出來的，叛軍都是他的部屬。那登、萊二州是什麼地方？是朕花錢聘來的洋人試造新式大炮的地方，是朕給他錢讓他練新軍的地方！他就給朕練出一支叛軍？那剛造出的大炮白送了李九成？這李九成實在可惡，連洋人都殺！」
「陛下，」熊明遇出來道，「登州負責教習火器的葡萄牙人，有十二人在城陷時捐軀，十五人重傷，臣以為應追贈撫恤。」
崇禎沒回答，在案上翻了半天，抽出一份摺子：「禮科給事中盧兆龍說，葡人曾以出兵與否多方要挾，如欲在澳門築城台，要求裁撤香山參將並開海禁，請求允許其多買米糧並免歲輸地租一萬兩，請撥廣州對海之地以建營房等。原本已撥給他們六萬兩餉銀，且稍後亦續給糧米若干，但又要求另發安家銀每人三百兩。有這些事嗎？」
「有，但經兩廣總督王尊德諭止，便罷了。」
崇禎點點頭，沉吟道：「嗯，如何贈撫才好？」
「臣以為統領公沙的西勞可贈參將，副統領魯未略贈游擊，銃師弗朗亞蘭達贈守備，其餘各贈把總職銜，每名家屬賞銀十兩。受傷諸人亦賞銀十兩。」
「准奏。」崇禎看見熊明遇，又想起他的不是來。這些日子的彈章中還多有指他和孫承宗、邱禾嘉的。余應桂指斥熊明遇平叛不力，兵科給事中李夢辰說熊明遇「調度失宜，威望既不足以服人，才幹亦不足以濟變，難以久居司馬之堂」。孫承宗上疏乞休恩准已回了老家高陽，但他一走彈劾他和邱禾嘉的奏章就多起來，多是說他「築凌召釁，辱國喪師」。這句話尤其使崇禎著惱，若不築大凌河城，便不會打這一個大敗仗，費了多少錢糧，卻弄個兩萬多人全軍覆沒，城也給了人家，也不會有吳橋之變 ，殘破三百里，殺人盈萬。
想到邱禾嘉，崇禎又想起一個人來，便道：「