有個極為古老並包含著哲學與神學的問題，讓有信仰的人傷透腦筋，那就是神正論 的難題。簡單地說，既然有上帝，那麼為什麼壞事會發生在好人身上，而好事卻又發生在壞人身上呢？諸如此類的問題，當然只有在你相信上帝會幹預人世間的事務，並且他是全知、全能、公正的情況下，你才會覺得百思不解。正如葛培理牧師（Billy Graham）在談及肯尼迪總統不幸遇刺時所說的話：「上帝為每個人都安排好一切。」相信這種命運神定的人，必然會對上帝作為中的許多冤屈感到掙扎：對於不相信有上帝，或是相信亞里士多德所說，造物主是位「旁觀者」的人，這種現象完全沒什麼不可理解之處。
世界本來就是隨機運轉，因此疾病、自然災害、戰爭以及其他諸多的不幸，沒有理由只侵害壞人而不侵害好人。如果好人都只遇到好事，就如同把道德秩序歸因於物理原理上一樣。事實上，正因為壞人通常都是比較會鑽營，而且比較自私，所以理所當然地，在沒有上帝的世界裡，好事情就較常發生在壞人身上，而壞事情則較常發生在好人身上。只要人類想要在一個隨機的世界裡建立正義公理的秩序，就必須儘可能地想辦法彌補自然所造成的不公，以獎勵好人、懲罰壞人。然而到最後，自然所造成的冤屈似乎永遠不是人為的正義公理所能彌補的，於是從整體來看，這個世界似乎沒有什麼正義公理可言。有些人指出，這麼多好人遭遇到這麼多的壞事，這就是上帝並不存在，或上帝僅是一位旁觀者的鐵證。他們會引用一句愛因斯坦的話：「上帝是不會用骰子來運作宇宙的。」接著便推論，假如這句話沒錯，那麼除非上帝根本並不存在，不然公正的上帝不會隨機地讓人蒙受冤屈。因為我們所生活的這個世界，顯然就好像是由擲骰子來決定，是隨機所造成的結果。有一次，我與演化論專家古爾德（Stephen Jay Gould）—起教某個班級，我在黑板上寫下「信古爾德還是信上帝？」你不可能兩者都信，因為在古爾德理論中的世界，演化是隨機產生的結果。古爾德回答，在人眼中看似隨機的事情，在上天看來卻可能井然有序，無論如何，上帝既能依理行事，也能隨機施為。
有時上帝的正義公理有必要做合理的說明，基督徒為了回答約伯哀怨的哭喊：「為什麼是我？」傷了幾千年的腦筋想要找出一個答案。從古到今，教徒們投入許多的時間、精力及創意在解答這個謎題上，也許正因為如此，聖經才有《約伯記》與《傳道書》這類發人省思的篇章。這些篇章都直接指出神正論的問題，然而兩者也都沒有提供讓所有人都能滿意的答案。
約伯的朋友大費唇舌地想解釋，為什麼約伯這樣一個大好人竟然會遭遇這麼多不幸。然而，他們的解答就像是自然主義式謬誤的另一種版本如果壞事發生在你身上，一定是你罪有應得，因為上帝絕不可能讓不幸降臨在一個品德完美的人身上。「雖然上帝並不同意這樣的解釋，卻給了另一個令人更不滿意的答案因為我是上帝。」一介凡人怎能妄想了解上帝的旨意？真是膽大包天！這種歸結式的「非答案」不但讓這個神正論的問題淪落到無關緊要的層次，也讓人根本不想再碰這個問題。
《傳道書》則乾脆避而不答，並提供一個享樂主義色彩略嫌過重的建議，那就是照常吃喝，保持懷疑，反正人終究要歸於塵土。最後，還附加了一個令人不甚滿意的結語，那就是敬畏上帝，並謹守他的誡命。（也許這個結語是後人在編纂聖經時加上去的，好讓《傳道書》不至於離經叛道。
亞伯拉罕式的信仰，最後發展出更完備且優雅的方法來解決神正論的問題：有個非凡人所能見的來世，讓罪惡受到懲罰而善行受到嘉獎。根據這個理論，上帝刻意讓人類無法看見這個來世，好試驗我們是否願意因信仰而相信。所以儘管周遭所見儘是一些沒公理的事情，然而我們所接受的教義卻告我們別相信肉眼。上帝為了激勵他的子民要對不可見的正義公理抱持信仰，還轉述了格魯科·馬克思（Grouarx）在電影《鴨羹》（Duck Soup）里的對白：「你要相信哪個？我，還是你那說謊的眼睛？」
聖經歷經了三個階段來建立一個正義公理晦而不見的世界。在聖經最早的幾卷書當中，都沒有提到來生。這實在令人詫異，因為當時猶太人在埃及生活了相當漫長的歲月，之後還在西奈山接受律法書。整個埃及文明都是建立在對於來生的信仰之上。就連《創世記》的最後一個章節，也是描述約瑟如何以埃及的方式下葬，如何做防腐處理，又如何把製成木乃伊的遺體放到棺槨之中。
儘管猶太人對於埃及人信仰來生是如此熟悉，但他們卻接受了一部似乎是迴避，甚至忽視死後來生的律法書。當然，也有可能正是因為埃及人重視來生，所以猶太人才刻意迴避不談。
但這並不表示聖經反對以威脅利誘的方式，來鞏固世人對上帝旨意的遵從。聖經里的上帝，既會威脅也會利誘；不過在十誡裡頭，上帝的懲罰與獎賞「全部」都在此生此世執行。
第一個階段是，行為的後果會是在現世立即可見的威脅。符合這個類型的，包括上帝對亞當的第一個警告：「只有分別善惡樹上的果子，你不可以吃，因為你吃的日子必定死！」此外，上帝的威脅還有我將以此劍斬除你，你的妻子將變成寡婦，你的兒子將失去父親」、「我將降恐懼於你，甚至癆病與熱病」、「帶來七倍的瘟疫」、「讓野地里的猛獸進到你們村子裡，吃掉你們的孩子」、「降下傳染病」、「把城池變成廢墟」以及「用爛瘡……奇癢……瘋狂打敗你們……你們的性命堪虞……主將會用船把你們載回埃及」
另一方面，可見的獎賞則包括「（我將會）延長你在世的日子」、「日子會因你而好轉，並增長你的壽命」「我會降下甘霖……讓猛獸被你們剷除殆盡」、「讓你們強於諸國」、「讓你們的敵人被擊第13耷今生或來世有沒有正義公理185潰」以及「在你們的土地上祝福你們」等。而且，施行這些懲罰或獎賞的時間與地點，統統都清清楚楚！如「上帝所賜給你的土地」「地點」就是這個塵世；而「時間」則是現在，快到能讓你的妻子守寡，兒子失怙，因此，看不出有來生可以進行死後的獎懲。
有後世的解經家認為，來生以及不可見的正義公理，儘管在十誡里隻字未提，其實一直都存在。但是，假如上帝要我們知道，我們將會在來生受到從上天而來的報應，那為什麼他要隱瞞？這些死後的獎懲，不就是上帝要用來感化我們的手段嗎？他應該知道在這個世界裡，我們舉目四望，處處皆有冤屈。沒錯，聖經就把這點心得放在《傳道書》當中有正義公理的地方，也有邪惡……我見過正人君子因正直而死，而卑鄙小人心存卑劣，卻長命百歲。」而上帝本身也常是個游移不定的力量，就像對待約伯。（撒旦激上帝試驗約伯，就如蛇誘惑夏娃吃禁果一般，有些解經家堅信那蛇就是撒旦。不過，正如夏娃要為自己的行為負責，上帝也要為殺死約伯無辜的子女負責。
假定在約伯的時代就有來生的信仰，那麼上帝大可跟約伯解釋他的痛苦只是暫時的，並且在來生里將會得到補償。然而事實卻不然，《米大示》有個篇章批評約伯否認「死者將會復活」整部聖經常有好人在現世受罰，而惡人卻受到獎賞的例子，若相信有來生，則這方面的疑慮都可以獲得解答，不過實際上卻沒有。
所有的人都曉得，這個世界自古至今都沒有正義公理可言。這也是為什麼約伯這個角色會如此震撼人心，讓人如此印象深刻。稍有觀察力的人都必然會注意到，惡人與上天所威脅的死亡、瘟疫、猛獸及爛瘡之間，還有聖人與上天所承諾的長壽與繁盛、善惡與報應之間的關係，無論如何也無法對等或是相稱。《傳道書》告訴我們，不要「覺得這類事情令人意外」或者期望相反的情況發生。不過，人類絕對不希望上帝如《傳道書》里所描述的那般隨興而為，好人、壞人不分，讓所有的人都面對相同的命運塵歸塵、土歸土，最終無論是誰都回到同一個去處。」因此，不管報應將於何時何地應驗，總得要有賞有罰才對吧？如果人生連個是非黑白都不分，那要上帝何用？
然而，上帝回答這個問題的第一個嘗試就失敗了。他不能再以威脅亞當的方式，雖然清楚說明立即可見的懲罰，卻又未付諸實行。大家都知道亞當極為長壽。於是，上帝開始對個別犯下罪行的人施以時間並不明確的威脅，比如你的妻子將會成為寡婦（不過未必是今天）、你會感染爛瘡與瘟疫（人生中的某一天）不過，就連這種遲到的懲罰有時也不會來。罪孽深重的人不但長命百歲，還活得比自己的妻妾長久，也沒生半個爛瘡。因此，上帝必須把他的獎懲制度提升到另一個層次上。
當上帝第二次企圖確立一個恆久的正義公理時，雖然他把某人當下行為的後果，延後給他的子孫來承擔，不過總算還是在現世里發生。上帝在十誡里威脅一個人犯了罪，他三、四代的子孫都將受罰。」同時他也應許對於「愛我並且謹守我戒律