在最高法院期間，哈里·布萊克門不時接到反墮胎激進組織的死亡威脅。1985年2月28日深夜，一顆子彈擊碎了他位於波托馬可河畔的公寓的窗戶。起初，人們以為這是反墮胎組織的恐怖行徑，但警方很快查明，這顆從遠處射來的子彈，完全屬於意外走火，並非針對布萊克門本人。不過，槍擊事件還是極大影響到這位大法官的生活。最高法院安保部門認為，再讓他親自駕車上班，已非審慎之舉。從此，布萊克門不能再開著那輛大眾甲殼蟲車出入法院車庫，上下班都得靠專車接送。雖然來回不過幾英里，與自駕車相比，專車也更加方便，但出行方式的改變，還是每日提醒著布萊克門：「羅伊訴韋德案」已成為他生活中無法逃避的烙印。
其實，他根本沒必要被提醒：1980年代中期，「羅伊案」再次成為政法兩界的爭議焦點。新墮胎案紛至沓來，每起都是對最高法院既往立場的檢驗。1973年加入「羅伊案」多數意見的大法官們，或年事已高，或光榮退休，有的甚至已轉變立場。首先是威廉·道格拉斯，他於1975年退休後，布萊克門將希望寄托在繼任者約翰·保羅·斯蒂文斯身上，後者已在1980年的「海德修正案」案件中支持了布萊克門，以後自然會投票反對任何推翻「羅伊案」的企圖。波特·斯圖爾特已於1981年退休，繼任者桑德拉·奧康納在1983年的「阿克倫市訴阿克倫生殖健康中心案」中的投票立場已充分顯示，她不太贊同布萊克門在「羅伊案」中的觀點。1985年開庭期，波瀾再興，掀起這場風波的，是沃倫·伯格。
最高法院受理的這起新案，名為「索恩伯勒訴美國婦產科學學會案」(Thornburgh v.Ameri College of Obstetris and Gynecologists)0 原告挑戰的是賓夕法尼亞州1982年發布的《控制墮胎法》本案與「阿克倫案」有一定差別：首先，里根政府要求最高法院推翻「羅伊案」；其次，伯格經過幾年鋳躇，最終決定背棄「羅伊案」判決。布萊克門在卷宗內夾了張紙條，上面寫道：「我們再度確認了『羅伊訴韋德案』的原則，當時，我們在首席大法官帶領下，以7票對2票達成判決，如今，或許基於個人的某些考慮，他已背棄了當年的想法。」儘管布萊克門已預見到伯格的立場轉變，他仍然很難接受對方這種背叛。他收到拜倫·懷特的異議意見後，在空白處寫道：「好啊，他終於說出了自己的心裡話。他根本就不喜歡『羅伊案』判決。奧康納和倫奎斯特肯定會加入這份意見。但是，當年加入『羅伊案』多數方的首席大法官怎麼能這麼做？」
事實上，伯格沒有加入懷特的異議意見，他以個人名義發布了一份異議意見。他說，最高法院居然廢除了賓州法律中的「基於了解基礎上的同意」條款，這實在令他「深表驚駭」該條款要求，醫院應每隔兩周向孕婦提供一次胎兒發育情況報告，並告訴她墮胎將導致「生理和心理上的多重負面效果」伯格追問：「最高法院的意思難道是，憲法禁止醫生就這類關鍵信息與孕婦們溝通嗎？」如果最高法院真這麼想，「那我將支持重新審視『羅伊案』。」
奧康納也提交了她的異議意見。「我必須承認，我不僅質疑最高法院的智慧，也懷疑最高法院這麼做的合法性。我們怎麼能夠置相關利益於不顧，就倉促判定州法中的墮胎限制條款無效？」布萊克門在這份意見上打了一個驚嘆號，批註道：「她就是反對墮胎」。
布萊克門主筆撰寫了這起案件的多數意見。其實，所謂「多數」也只是5票對4票的勉強多數。他在初稿中，直接批評了首席政府律師提交的訴狀中關於推翻「羅伊案」的呼籲。他指出，賓州辯稱，相關法律條款符合「羅伊案」判決精神，這樣的說法實在過於牽強。布萊克門寫道：「在沒有任何類似請求的前提下，首席政府律師居然讓我們拋棄既往判例確立的憲法原則，這實在是匪夷所思，我們拒絕這麼做。」斯蒂文斯和鮑威爾勸布萊克門刪去這段直截了當的批評。鮑威爾認為，判決意見應直抒胸臆，他說：「要讓那些贊成『羅伊訴韋德案』判決的人們，從中直接解讀出您的態度，10頁紙篇幅就足夠了。」
布萊克門接受了上述建議。1986年6月11日，「索恩伯勒案」宣判時，他調整了多數意見最後一段的措辭，不僅重申了「羅伊案」要旨，還史無前例地直接從女權角度闡述了本人立場。「長期以來，我們審理的一系列案件都承認，憲法保障個人自由中特有的隱私領域，而這一領域不容政府涉足。」他說。「這一保障，既適用於男性，也適用於女性。沒有什麼案子，能夠比女性——在醫生指導下，或在『羅伊案』確立的原則限制下——自主決定是否終止妊娠更關係到個人隱私、尊嚴和自主權的了。女性自由決定終止妊娠是項基本權利。在我看來，其他措施難免掛一漏萬，惟有採取現在的做法，才能平等保障所有人的權利。」
伯格的背棄，只是未來幾年巨大轉變的前兆，這一轉變將把「羅伊案」不斷推向險境。「索恩伯勒案」宣判6天後，伯格宣布退休（在此期間，大法官們仍在為「達登案」爭辯不休）里根總統提名倫奎斯特接替伯格出任首席大法官，並選擇安東寧·斯卡利亞遞補倫奎斯特升職後留下的空缺。斯卡利亞來自哥倫比亞特區巡迴上訴法院，是一位富有聲望、言詞犀利的保守派人士。即使不考慮伯格在「索恩伯勒案」中的背棄，總統的新任命必然會使大法官內部增加一張對「羅伊案」的反對票。不過，布萊克門所屬的「羅伊案」多數方儘管減員，但陣營還算穩固。
此時，伯格與布萊克門的友誼已徹底完結。兩人幾乎不再通信。「沃倫·伯格宣布退休。」1986年6月17日，布萊克門在「重要大事記」中如是記錄。1989年，他婉拒了威廉·米切爾法學院的一項邀請。這所學院是伯格的母校，它希望布萊克門能出席「沃倫·伯格法學圖書館」的奠基儀式。1993年，伯格夫婦結婚60周年紀念之際，布萊克門這位前伴郎致信祝賀，並回憶起當年的蜜月之行。「我清晰記得，當時還是十一月的明媚天氣，那部小車一路飛奔，朝華盛頓方向馳去。」他寫道。「從那時至今，你已擁有許多成就。」一個月之後，伯格才回信。他說自己之前都在住院，「時光飛逝，我們對之已習以為常，致以最深切的祝福」這封信是由秘書代為署名的。
哈里·布萊克門與沃倫·伯格的關係錯綜複雜，淵源甚深，終其一生，都充斥著盤根錯節的恩怨糾結。若想細緻描述這段友誼如何完結，恐怕一言難盡，因為它並不是一兩起事件所導致，更非起因於特定案件上的激烈衝突，可以說，它是一連串失望累積疊加的結果，如滴水穿石，經多年磨蝕而銷。倆人彼此的期待，都有些不切實際。其實，他們成年之後，生活即相隔千里，表面款曲相通，卻並非真正相知。伯格在最高法院的第一年備感孤單，曾向老友尋求安慰，布萊克門在給出各種熱情建議的同時，誤以為自己將是伯格一生的知己良朋。但是，當他以新人身份進人最高法院，艱難熬過調整期時，伯格已恢複常態，朝著自己的既定目標邁進了。
伯格當初確信布萊克門會支持他的事業，但兩人的許多理念根本是南轅北轍。沒過多久，這些裂痕就顯現出來。根據南衛理公會大學政治學教授約瑟夫·科比爾卡的統計，布萊克門在最高法院頭五個開庭期（1970年至1975年）在87.5%的案件中與伯格意見一致，只在13%的案件中與自由派領軍人物布倫南意見一致。但在接下來的五個年頭，也即1975年至1980年，布萊克門在54.4%的案件中加人了布倫南一方，只在45.5%的案件里站在伯格一方。在他與伯格共事的最後五年，他在70.6%的案件中支持布倫南，僅在32.4%的案件里支持伯格。
兩人長期的友誼之所以破裂，當然不能完全用意識形態上的分歧來解釋。比如，布萊克門與威廉·倫奎斯特雖然在許多重大議題上觀點迥異，但兩人的關係一直不錯，都相信對方觀點對事不對人。但在布萊克門眼中，伯格向來喜歡把意見之爭看作私人恩怨。「我不知道他期盼我怎麼做，但可以確定的是，他不可能指望我成為他的意識形態的複製品。他很清楚，我不是這樣的人。」1996年，布萊克門在《威廉·米切爾法律評論》上一篇回憶伯格的短文中說道，「所以，每當我不同意他的意見，他會毫不掩飾自己的失望，而且表現得特別明顯。」
布萊克門自己也是一個臉皮很薄的人，對伯格的輕慢尤為敏感，哪怕這種輕慢並未包含太多個人情感。1977年開庭期期間，布萊克門由於要動前列腺手術，錯過了十二月的言詞辯論，隨後兩周內，他沒有得到任何撰寫判決意見的機會。第二年四月，他致函伯格，信中列舉了本開庭期內每位大法官撰寫多數意見的數量。伯格與斯蒂文斯最多，每人14件。布萊克門最少，僅有10件。布倫南雖然也錯過了幾次言詞辯論，但撰寫意見的數量卻比布萊克門多