幕府遍布各地的眼線已經探到龍馬進京的消息，以京都守護會津中將松平容保為首，京都所司代、京都奉行所、伏見奉行所、新選組、見回組等，從京都大坂、兵庫布下了天羅地網，只等龍馬來投。
究竟如何走漏了消息，已經無從得知，總之，雖然幕府還不知道龍馬潛入京都的目的是為了薩長聯盟，但是已經探知土州的坂本龍馬將帶領長州人進京，要做一番驚天動地的大事。龍馬被描述成面容粗獷、神色嚴厲的彪形大漢，最底層的捕吏也牢記於心。至於龍馬的行蹤，幕府則作出了下面一番推測：因為此人好船，所以應該會走海路，來畿內，估計會從兵庫上岸。於是命令負責兵庫警備的閃藩嚴加搜捕。幕府進一步推測，這個土州人會由天滿八軒家一帶乘坐淀川河船進入伏見，遂向八軒家派出新選組。
然而龍馬離開長崎，由陸路跋涉北九州，穿越馬關海峽，進入馬關，接著馬不停蹄前往三田尻。
在三田尻的白石別院中，高杉晉作、井上聞多和伊藤俊輔等人早已等候多時。
高杉告訴龍馬一件事：「桂小五郎帶領貴藩池內藏太、田中顯助和我藩品川彌二郎等數人，已於前天，也就是二十五日，從馬關起航，趕赴京都。」
這個長州秘密使團由桂小五郎主導，隨團照應的龜山商社的池內藏太則是龍馬親自安排的。內藏太預感到此次京都之行將是自己戲劇人生的最後一章，為了在遇到緊急情況時能夠拚命一搏，死而無憾，他將一支來複槍卷在大包袱皮里，帶著上路了。
「坂本君打算怎麼辦？」高杉問。
「立刻起程。」龍馬道。薩摩藩的輪船為了接送龍馬，早已開進了馬關，數日前便在港內停泊等待了。
「坂本君，遵照藩命，長府武士三吉慎藏將作為你的護衛與你同行。他是使槍的高手。」
「好，我心裡踏實了許多。」
「哪裡。坂本君可是千葉門下赫赫有名的北辰一刀流高手。雖說護衛的功夫比不上被保護的人有些不成體統，不過三吉慎藏為人機靈，絕不會成為你的累贅。」
此番話說完，或許是想到了龍馬等人此去兇險非常，高杉的臉色比平時蒼白了許多。
誰料天公不作美，當天晚上下起了暴風雨，停泊在馬關的薩摩輪船的明輪損壞了。只有在長崎才能進行蒸汽輪船的大規模維修。長崎有幕府的官營造船所，還有從上海搬來的船塢。
龍馬仔細檢查了船的破損部位，說：「看樣子得去一趟長崎了。」
龍馬不得不放棄乘船。於是，他的出發之期自然而然也推遲了，只得另找船隻。其間，龍馬暫住在龜山商社的馬關分社，即阿彌陀寺的巨賈伊藤助大夫處。
龍馬將分社命名為「自然堂」。他既不信佛，也不尊孔，唯獨尊崇老子和莊子這兩位先賢。他效仿主張凡事順其自然的老莊思想，取了自然堂這個名字。
龍馬宿於此處期間，碰巧有一個叫岡三橋的長州書法家前來拜訪，龍馬便拜託他寫下這三個字，裝裱好了掛在堂上。
「哦？自然堂？」岡三橋流露出不知是佩服還是不解的神情，不住地搖頭。為了勤王而奔走天下的志士竟然信奉老莊，這或許令他百思不得其解。
伊藤助大夫深敬龍馬，雖說是馬關碼頭的龍頭老大，卻親自為龍馬端茶，晚飯時還陪龍馬一起喝酒。
「助大夫，幫我找一艘去大坂的船。」龍馬每天清晨一睜開眼睛，就會懇求一次。
「明白，小的明白。」助大夫為此很是發愁，並非隨便找哪家運輸船行都可以。因為是龍馬，所以非薩摩船不可。只有薩摩船，在面對幕府的搜查時才能無所畏懼。
轉眼到了正月。馬關港里終於來了一艘官船，桅杆上，薩摩藩旗隨風飄揚。
這艘船於正月初十從馬關起航。龍馬、奉長州藩命與龍馬同行的三吉慎藏上了船。
慎藏長著一副長州人才有的秀麗容貌，正如高杉所說，是一個反應機敏的年輕人。龍馬在船上與他朝夕相處，對他大為讚賞。「三吉君，你就連睡覺翻身也快得讓人驚異啊！」
船在播州海面遭遇了一場小風暴。整個冬季到早春的這段時節，即便是瀨戶內海，海面也不甚平靜。船一路破浪前行，穿過明石海峽，在慶應二年正月十六抵達兵庫港。
龍馬於慶應二年正月潛入兵庫，而此時的時局對勤王派來說正如嚴冬。
將軍德川家茂已經來到大坂城。他一方面將大坂城作為大本營，為第二次征討長州作準備，另一方面則逐漸加快鎮壓長州派的步伐。各藩也追隨幕府的強硬政策，接連殺戮藩內的勤王志士。不僅龍馬的藩國土佐，安政以來勤王志士輩出的肥後熊本藩、筑前福岡藩也陷入了凄慘的境地。幕府剛一發布第二次征討長州的命令，筑前福岡等地就發生了政變，佐幕派重掌大權，開始接連不斷地屠殺勤王之士。
這場殺戮始於一人。名震筑前的志士筑紫衛決定脫藩，他趁夜出城，一直逃到那珂川的渡口。然而第二天，他被人發現溺死河中，脖子上還綁著衣服和長短雙刀。這件事激怒了藩內的勤王派首領月形洗藏，他下決心發動政變，開始號召同志集會。密謀不知為何泄露到藩廳，一眾同志頓時淪為階下囚。
後來，加藤司書等六人被迫切腹。月形洗藏等二十四人被處以斬首之刑。福岡城中的這次大規模死刑足足執行了三天，年俸五十二萬石的藩內再也找不出一個勤王志士。
時局可謂暗無天日。僅存的希望被寄托在大敵當前的長州，以及一直置身事外、保持中立的薩摩身上。然而，如果這二藩仍舊孤立對峙，老死不相往來，一切便都無從談起。因此可以說，正在極力促成兩藩聯手的龍馬，孤身擔負起了回天之望。
龍馬潛入兵庫後，下了船，換乘驛馬，踏上了海濱。三吉慎藏遠遠望著岸邊的情形，道：「坂本先生，不能上岸。」
松林中和街道的各個角落都搭起了查問來往行人的哨所，還有數不清的武士在巡邏。
「看來是豐後岡藩的人。」三吉慎藏看了看那些人的家紋，說道。豐後岡藩的當家是俸祿七萬四百四十石的中川家。岡藩在文久三年以前曾是出名的勤王之藩，現在也一心佐幕。
「還是坐船到大坂吧。我再騎馬到港內找一找，看有沒有去往大坂的便船。」
「現在正下著暴風雨啊。」
「沒關係，只要給夠了錢，應該會出航。坂本先生，請您在這片蘆葦叢中稍候片刻。」說完，三吉慎藏便飛奔而去。
此人確有能耐。不一會兒工夫，他便迴轉來說找到船了，將龍馬扶到馬上。三吉將身上帶的五十兩都拿了出來，租下了一艘船。
二人在大坂天保山灣下了大船，然後租了一條小船，沿河航行，進入街市。經過安治川的崗哨時，被哨兵攔下。
「停下！」哨兵大喊。
龍馬坐在船里，一邊吃著便當，一邊不慌不忙地報上化名。「在下薩州才谷梅太郎。」
哨兵最終恭恭敬敬地放他們通過了。
「這便是武士的氣勢。」順利經過哨所以後，三吉慎藏小聲說道。真正的武者，不怒自威，不戰而屈人之兵。但龍馬並不是有意的，他聽了慎藏的感慨，一面困惑，一面繼續用飯。
不久，船駛進了土佐堀川，抵達二丁目薩摩藩府的後門時，二人棄船上岸。薩摩藩府早已接到了西鄉從京都發來的指令，已久候龍馬多時。
「您能夠平安到達，幸甚幸甚。」薩摩大坂留守官木場傳內大感欣慰。傳內是西鄉和大久保結識很久的同志，年紀在二人之上，平日深得二人尊敬。
「將軍現在就在大坂城內，警戒可謂空前嚴格。日落以後，街上便只剩下野狗在遊盪。畢竟有三萬幕府官兵駐紮，而且市內的警備也已經按照區域劃分給各藩。一旦發現可疑者，斬立決。尤其是最近十日，坂本君你可是他們搜捕的重點。」
「哦？我是重點？」龍馬苦笑了，看來得給乙女姐寫封信了。幕府發動一切力量，只為搜捕我龍馬一人，這是一件多麼了不起的事啊。「幕府應該並不知道我進京的目的吧。」
「沒錯。料想他們也不會探到這一層。可恨有個叫做赤根武人的長州人在大坂被新選組抓住了。赤根對高杉懷恨在心，似乎經受不住拷問，泄露了長州藩的機密。若是這樣，便很難斷定幕府對此事是否毫無察覺。」
「原來如此。」
「總之，這兩天還請先生在藩府內躲避為好。」
「多謝好意。但今晚我要外出。」
龍馬此話一出，木場傳內頓時大驚失色。「如此一來，在下豈不是失職了？」他大聲說道，「您究竟要去哪裡？是煙花巷嗎？」
「不，我要去大坂城。」龍馬平靜地說。
大坂城？那裡可是幕府機構的中樞、幕府軍的大本營，是所有敵人的巢穴啊！
「所為何事？」
「去了解上方的警戒網。要是不知道