戴笠和他的部下一直對國民黨政權內部的陰謀活動非常警惕。其中最富戲劇性的事件發生在1943年委員長去開羅的時候。一群年輕的將軍不僅策劃推翻蔣介石，而且還要廢除何應欽、戴笠、孔祥熙、陳氏兄弟，以及那些因腐敗和瀆職而著稱的高級官員們。戴笠的特工在此計畫實施之前聞到了風聲。據說這個陰謀牽涉到200至600名官員。結果有16名將軍被槍決。
1944年在他的權力高峰期，戴笠除了任軍統局正局長以外，還控制了下列機構：軍令部第二廳、侍從室第六組、警衛組、軍委會特檢處、軍委會水陸交通統一檢查處、兵工署警衛稽查處、軍委會別動軍、軍委會「忠義救國軍」、警察站、警察培訓單位、整個國統區各省、市和地方上的檢查哨、軍委會西南運輸警務處、每個使館的武官和助理武官，以及中國警察學會。
到了1944年春天，戴笠不僅預見到與共產黨之間的內戰，而且他還以招募日本戰敗後的傀儡政府官員來與共產黨作戰的方法，積極在華北地區為重建國民黨中央政權做準備。美國國務院認為：「根據可靠消息來源，戴將軍說共產黨問題對於中國要比日本問題更重要。」
對於美國軍方來說，最讓人擔心的是梅樂斯在中美合作所的部隊有被用來對付共產黨的可能性。在重慶人們越來越意識到，梅樂斯因個人與戰略情報局的不和而與戴笠一起責怪情報局與中國共產黨相勾結。這更加深了上述擔憂。比如，7月中，梅樂斯指控戰略情報局在上海向「共產黨便衣人員」空投衝鋒槍。他還堅持說，仔細閱讀戴笠的情報檔案可以證實，美國的外交官員們，如約翰·卡特·文森特（John Carter Vi）「在犧牲中國國民黨的利益，而且沒有儘力維護美國的……利益。」
這種對中美合作所干涉中國面臨的內戰的擔憂，還因延安對國民黨把美國援助的軍火用於反共活動的指責而加劇起來。1944年夏末之前，如果共產黨抱怨說「美國使用援助的軍火來進行」反共活動，那麼這幾乎肯定是無中生有，目的在於先發制人，以防止真的出現這種情況。但到了1944年夏天，美國駐華海軍得利於飛越喜馬拉雅山脈噸位的增值，開始接收每月好幾噸位的空運……美國駐華海軍與戴笠的秘密警察密切合作，而魏德邁相信他們私下裡提供了物資。按照美軍戰爭正史：
1945年6月里，共產黨又責怪起美國援助的軍火被用於不正當目的。赫爾利（Hurley）大使認為這是延安在有意挑動內戰，但魏德邁的G5部不這麼認為，因此說服他們的司令對「美國駐華海軍參與了中國即將發生的內戰」的可能性做調查。於是魏德邁將軍任命了一個由G1、G2、G3和美國駐華海軍代表組成的委員會，由G5主持。
委員會於8月22日彙報說，沒有「令人滿意的證據」說明美國駐華海軍的人被布署到國民黨或「忠義救國軍」部隊當中來反對共產黨；不過，「如果共產黨干涉抗日部隊的行動的話，（美國人）可能會被用來交戰。」但委員會還接著註明，美國設備「至少防禦性地」被用來對付共產黨，那些設備在援助軍火協議以外的程序下武裝了戴笠，而且沒有關於調撥（武器給戴笠）的現存可靠記錄。