然而，在控制緝私署方面敗給行政當局，並未能挫敗戴笠的整個運作機能。僅憑一點便可說明問題：他迅速確保了自己的王牌——軍事必需——能勝於孔祥熙對財政部戰時監控走私的依賴。1943年7月，戴將軍把稅警辦公室直接置於軍委會之下，並把它改名為「別動隊」，它的11個縱隊分散在國統區的各個戰區，奉命專門監視所有的地面運輸。
其次，戴笠使國民黨軍隊的運輸和通訊部門隸屬於統一指揮之下，負責地面巡邏、地區監察站、郵電，甚至還有飛機通訊業務。同月，軍事委員會的運輸統制局檢查局被改為軍委的水陸交通統一檢查處，由戴笠的部下吉章簡任中將處長。後來在1945年，交通巡查處的範圍擴展到通訊和航空（原戴笠軍統三處的業務），歸郵航檢查處領導，劉番任中將處長。
最後，戴笠抵制孔祥熙和行政官員急切想接管緝私監督的企圖的另一個辦法是在財政部內部擴展中美合作組織。1944年期間，財政部戰時貨物運輸局運輸處處長是黃榮華。在美國僑居了多年的黃榮華，同時也是中美合作所運輸處的頭目。他負責管理在整個華南地區活動，向前線游擊隊運送武器，並將從淪陷區傀儡公司那兒採購來的物資運送回來的大約1000輛卡車。
到了1944-1945年間，這些車輛的裝載便完全在戴笠的控制之下，他實際上擁有財政部貨物運輸局局長的頭銜。這正如梅樂斯解釋的那樣：
任何一輛卡車都得出示載貨單，準確地說明裝載的貨物，而且，在每一個檢查哨所，必須出示貨運單，卡車還要通過檢查。而卡車司機常常通過讓人搭乘來撈取外快，被稱為「運輸黃魚」（一種貴重的佳肴），而戴將軍本人的責任是對走私與間諜活動進行遏止（起碼做到了限制）。
由此可見，中美合作所的美方領導直接了解甚至欣賞戴笠的走私王國，在日本投降時，這個王國已在戰前的毒品貿易和戰時美國的供給和運輸資源的基礎上建立了起來。它一時間盈利巨大，但這些盈利所滋養的社會因素，要麼是促進了國民黨當局的上層腐敗，要麼是促進了同樣有害的秘密特務的高壓政治，這種政治損害了內戰前夕的政府合法性。許多年之後，歷史學家們很快就看出在走私和秘密特工之間的關聯，尤其是因為美國中央情報局和美越戰爭中非法毒品交易之間的聯繫。但在東南亞形成這種交叉關係的力量，早在美國秘密部隊支持李彌的國民黨九十三師在金三角區的鴉片買賣之前就存在了。在中美合作所的抗日游擊戰高峰期，在戴笠的支持下，這些關係首次在中國交織為一體。