雖然梅樂斯一行人的海軍先遣隊是在1942年9月到達重慶的，但戴笠和梅樂斯之間的正式會談到了冬天，等這兩人在戴笠磁器口的別墅里會面時才開始。軍統這方面要求通訊設備、美國武器和交通工具，以及人員訓練。梅樂斯同意了（他於1942年9月22日被正式任命為美國情報局遠東協調員）。雙方讓美國把氣象人員和設備，連同武器（史密斯和威森左輪手槍、可特45口徑自動武器、湯姆森衝鋒槍等）及給戴笠准軍事力量的大量軍火一起帶到了重慶。戴笠對美國人的速度和大方感到非常滿意，他覺得美國人與十分吝嗇的英國人完全相反。但他也反覆叮囑梅樂斯照管軍統「武裝特務部隊」的訓練，他們也需要通訊和醫療設備。
1942年的新年除夕，中國外交部部長宋子文開始執行梅樂斯——戴笠協議，它規定中美合作所的所長為中方，副所長為美方，雙方均有對該單位行動計畫的否決權。幾天後，1943年1月初，路瑟把協議草案帶回華盛頓後，它便被打入冷宮，一直等到梅樂斯本人回到那兒，親自要求執行這個協議，派遣一支海軍先遣力量直接在金上將指揮下運作。陸軍及海軍情報局對這個協議提出質疑，結果馬歇爾將軍給重慶發信，建議梅樂斯及其他美國人直接歸史迪威（Stilwell）指揮，而戴笠及其中國部下則歸中國戰區名義司令蔣介石領導。
史迪威將軍反對雙重指揮系統（在那時被稱為「友誼工程」）的想法，他認為這樣做行不通「這樣我們就得不到戴笠的合作。戴將軍是個極端秘密和極端多疑的人，他不會允許在他和梅樂斯中間有任何人存在。」結果，史迪威建議梅樂斯對參謀長聯席會議負責，並在戴笠之下。於是，美國參謀長聯席會議另外頒發了一份指示，規定中美合作所和情報局不受戰區司令指揮。初步協定是，戴笠擔任中美合作所所長，梅樂斯為副所長，兩人各自有對整體計畫的否決權。
為在美國逐級執行這個協議，梅樂斯必須被任命為情報署在中國活動的負責人才行。鄧諾文將軍一開始對這一結果有所抵觸，但由於道格拉斯·麥克阿瑟沒有把情報局包括在太平洋戰區內，鄧諾文就不得不為在亞洲的行動而在中國保持一個基地，這意味著「與梅樂斯和戴笠的不愉快的聯盟」。就這樣，他在1943年1月同意執行這項協議，儘管「很快，就連哪怕是情報局在名義上的獨立都遭到拒絕。戴笠對情報局涉入任何中國內務感到疑心，他把自己的蓋世太保收集到的情報直接通報給梅樂斯，而後者也不向情報局提供這些情報，直到他完全肯定它們已先被發到了海軍司令部為止」。
到了1943年3月，中國方面強烈感到有必要在雙方之間正式簽署一個「合同」。這個舉動本身說明，中國人認為，被美國人稱為的「協議」，是在一個平等合作基礎上的安排。整個一個月戴笠的人日夜工作，準備中文版的合同，在把它遞交給蔣介石之前宋子文親自審閱。蔣介石對「合同」一詞非常在乎，他讓自己的內弟為在美國進行最後的交換籤字儀式做準備。