這個在戰時建立的獨立的軍統局，終於為戴笠提供了他長期等待的機會：擴張他秘密的特務王國。幾年內，也許是在他被正式命名為正局長時，戴笠已經把軍統局擴展到了有10個處和許多相應的辦公室、地區站和小組的機關。「區」成立於1941年，決定權就落到了區長手裡，區長直接向戴笠彙報工作，而且區長在改組了的軍統中變得越來越重要。例如，地區的監察員負責人事、財政、廣播和電碼設備、地區情報和實地運作。一旦區監察員得到戴笠的批准執行一項計畫，所有其他部門就會得到通知，要準備全力支持該計畫的執行。換句話說，一個區內的行動計畫被置於軍統機關內各個部門的需求之上。
與此同時，辦公處的人員超過了1000人，他們被分配在8個處、3個區和幾個室里。
每個室與處同級。甲室是戴笠的私人秘書辦公室，由特務頭子最信任的人組成：張毅夫、何芝園和譯電員毛宗亮；乙室也叫秘書室，但它向戴笠的副手毛人鳳和鄭介民負責；丙室是計核室，張冠夫負責監督內部財政。
除了這三個部門以外，還有兩個非常重要的室。機要室——原來的譯電科——由軍統內職位最高的女官員姜毅英負責。其中大多數成員都是江山人，所以他們可以在工作中用他人無法聽懂的方言，這些人廣泛地被認為文化層次低。另外，稽查室是個高層次部門，由郭壽華（後來是廖華平）領導。它相對由數目較小的一批辦公處人員和一大批對外的「秘密督察」組成，他們直接向戴笠和定期的「周督察」彙報對全國軍統人員的秘密監視情況。
結果，在擴充辦公處人員的同時，外勤人員也在繼續增長。就連那時的外國觀察家都意識到戴笠及其秘密特工的重要性。
國民黨軍事委員會的一個鮮為人知的機關，是中央調查局。它是一個超級的情報和反情報機構，無疑它存在於黨和政府的所有機關當中。這個局由戴笠將軍領導，據說他是惟一的一個能在任何時間、任何地點見到總司令的人。
這個人事上的巨大擴張的實現主要是通過軍統的訓練營和間諜學校——戴笠日益把這些單位看成建立一個現代間諜系統的關鍵。