淞滬別動總隊由五個支隊組成，每個支隊有五百到三千人，總八千名民兵。每個支隊又相應分成三個隊，每個隊又再分成中隊、小隊和股。股及其以上的隊長們都是戴笠特務處的特務或者衡社的骨幹。
【注】上海龍華烈士陵園原為國民黨淞滬警備司令部舊址和龍華革命烈士就義地。
別動總隊的普通成員來自社會各界：上海商店的店員、幫會的地痞流氓、國民黨潰兵、上海淪陷後倒閉工廠的失業工人和工會成員等。此外，除了吸收新成員，別動隊還兼并了前保安隊的單位，如重組南市縱隊。9月初，領導別動隊第五支隊的陶一珊，被南京任命為上海市所有訓練中心的頭目，其辦公處設在淞滬警備司令部內。
陶一珊上校的工商界人士組是穿黃卡嘰制服、配毛瑟槍和手槍的支隊之一。二支隊駐紮在南市魯班路東亞體育學校，奉命幫助警察維持法律和秩序。但據惲惠芳（他因為在1932年的恐怖活動而在英租界的警察中聞名）的證詞，他的別動隊支隊的目的，是「僅僅捉捕漢奸」，據說這些漢奸被移送到了附近的中國警察局。
三支隊分配給上海總工會主席朱學范（他的任命曾經被軍委會否決過），以保持對勞工的控制。其他勞動階層的組織有陸京士領導的郵政和海員支隊，還有一個碼頭工支隊。
喜歡指責的人後來把別動隊形容成一群「烏合之眾」，無能力抵抗日本人的正規軍。不過，杜月笙的幹將們，如陸京士和水祥雲，還是暫時放棄了他們「陰暗角落裡的耗子」般的秘密角色，各個衣冠楚楚，儼然一副時勢英雄的模樣。但他們的光榮並不長久。別動隊本來應當衛護蘇州河南面梵王渡、曹家渡直到日暉港一帶，但日本人一向蘇州河南岸發動進攻，他們便潰退了。
戴笠在中國城區淪陷之前逃到了法租界海格路的辦公處。但他力圖效仿成為愛國典範的團指揮謝晉元在1932年捍衛四行倉庫的壯舉，希望重整旗鼓，奮勇保衛南市。可是他在上海的特務們有許多都放棄了他們的指揮崗位而躲到外國租界去了。上海站站長周偉龍向戴笠保證，他會在法租界里建立一支潛伏區的敵後隊伍，來騷擾敵人。戴笠還命令他的同鄉姜紹謨組織地下間諜單位，在日本人佔領上海後收集和傳遞情報。
為安全起見，這些間諜組織得完全與別動隊分開，它們只通過龔仙舫向戴笠直接彙報。龔曾是特務站上海站的人事負責人，現在被任命為特務處與上海之間的主要聯絡人。但下面會講到，這些秘密地下支部要麼被日本反間諜機構破壞和粉碎，要麼成了為傀儡政府工作的漢奸秘密特工機構。而且，戴笠為了資助這些地下行動，在圍繞毒品走私的地下中日關係的錯綜複雜的網路里越陷越深。
隨著日本軍隊漸漸進入上海市中國區域，抵抗運動的主要領袖紛紛離滬。1937年11月，市長俞鴻鈞、宋子文、錢新之和王曉籟都偷偷去了香港。杜月笙在那裡與他們會合，並很快為蔣介石組織起地下情報行動，其經費部分來自他和戴笠建立的名叫「港記公司」的麻醉毒品工業。與此同時，日本人一佔領上海的中國管轄區，他們的特務機關（tokumu kikan）就開始以這個被分割的城市為據點，在「國統區」和淪陷區之間迅速擴張他們自己的毒品走私。
上海別動隊在日本軍隊面前潰不成軍。大多數武裝單位逃往蘇皖邊界，尤其是屯溪和歙縣等地，投奔了前湖南土匪陳士虎這類的軍閥，或者當了「游而不擊」的游擊隊員；要不就是被戴笠組織起來加入了最終由美國人武裝的「忠義救國軍」。別動隊最後一支分隊於1938年2月1日從上海撤出時向上海報界發了一封告別信，說他們離開租界是「為了外國租界居民的安全」。那時戴笠已經逃離上海，經香港到了長沙，「蘇浙行動委員會」徹底垮了。上海的戰爭成了一場地下行動，而接下來的三十四個月，直到日本偷襲珍珠港，恐怖活動在租界里秘密展開。戴笠又一次大有所得。