對軍統無法滲透到左翼地下組織中去的一種解釋是，共產黨有自己極其有效的安全系統，這一系統是莫斯科間諜系統和共產黨自己創造的結合物。上海地區的反間諜工作由陳賡將軍領導，他在1927年南昌起義中受重傷後來到了法租界，得到著名外科醫生、宋子文的表兄弟牛惠林的醫治。陳賡痊癒後便消失在厚重的掩幕里。上海站不知怎麼獲悉了他在城裡，但儘管戴笠讓陳賡黃埔一期的同學吳乃憲負責此案，這位共產黨保安領導人仍從他們的指縫中間滑了過去。
從此，特務處的特工們不得不加倍努力來追蹤著名的共產黨人。這些共產黨人無論是否受到監視，總是在放棄一個安全地點時銷毀所有的蹤跡。實際上，陳賡的工作人員安排了反監視，密切注意著上海站的重要人員的住處和方斜路上偵察大隊的總辦公處。
陳賡將軍在上海地下工作最顯著的成績，是1931年1月他為共產黨第四屆全會安排的警衛。為了在上海站特工極其敏感的眼皮底下（他們對共產黨的秘密會議有所耳聞，但不知道是在哪兒召開）安全地讓所有代表到會。陳賡設立了一個假醫院，裡面有醫療設備、醫生和護士。代表們綁著繃帶貼著膏藥前來，或蓋著毯子被抬進來，而戴笠的特工們對此根本沒有起疑心。
當共產黨人被捕時，他們受到慘重的酷刑。根據戴笠徵得蔣介石同意的運作程序，被特務處逮捕的共產黨人完全由特務處負責。這些共產黨人從來沒有被送到其他機構審訊，而總是被戴笠的組織指控、判決和懲罰。這當然不合法，但就像一個秘密警察後來回憶的那樣，在1934年，上海站的特工們理所當然地認為，你若有幸抓住一個共產黨，就要毫不例外地對他上刑，然後把他殺了，除非他答應改變立場。
這使得掩蓋錯誤變得很容易。其中有一次，一派不知道另一派在幹什麼：上海站的一個組的外勤特工們對一個姓馬的人發生興趣，於是他們自己就裝成「進步人士」努力向馬靠攏，認為他是個重要的地下共產黨幹部。一個20多人的別動隊在軍統組內成立，並在馬的各種嗜好上花了上千元。然而，這似乎都值得，因為馬有關於地下共產黨，包括他自己是共產黨華東區重要領導人的可信的情報。這份情報被及時地送到了戴笠手上，他對特工組的成功高興之極，便把這一情況直接報告給蔣介石。現在，他們斷定抓到了共產黨的一條大魚，這組特工員決定以逮捕馬，並迫使他受審來結案。但當他們把他抓起來審問，說自己是上海站的特工時，馬立刻告訴他們他自己也是假裝的「叛徒」，在為特務處在上海的其他特務們工作。這些特工迅速與那組特工核實，發現他說的是實情。他以前倒是個共產黨員，但此刻是作為一個「叛徒」在為上海站的其他組工作，那組的特工本身也以為他是在向敵人的網路滲透呢。
戴笠得知這場誤會，火冒三丈，罵上海站的特工員是「飯桶」。結果，區長王新衡又把負責馬案的負責人痛罵了一頓，並威脅要對他們沒有向他彙報行動進行處罰。但為時已晚：蔣介石已被告知軍統要逮捕一個共產黨華東局的負責人。因為不願丟醜，戴笠狡猾地對沈醉說，他相信馬真的是他所假裝的共產黨負責人。戴笠說：「這個傢伙竟敢用我們來掩護他的活動，好在發覺尚早，不然要吃他的大虧！」既然犯罪和判刑都全由軍統決定，馬先生便被押送到南京，成了殘酷的犧牲品。自此以後，戴笠堅持：將來所有關於發現新的共產黨蹤跡或假裝進步人士的事件，都得詳細報告特務處總部。