第二次國共統一戰線形成後，復興社不得不被解散。蔣介石於1938年4月下令將其解散。同年8月，第一處被秘密命名為「國民黨中央黨部調查統計局」，即「中統局」；第二處（即復興社的特務處），改為「軍事委員會統計局」或「軍統」，它名義上聽命於蔣介石的侍從室主任，但實際上由戴笠領導。
表面上，復興社與三民主義青年團合併了。除了一小組藍衣社人員整體從新組織撤出來以外，大多數前復興社的骨幹們成了三青團成員。地方的復興社分社成了「支團」，新牌子取代了舊的，而原來的分社「書記」改成了「支團幹事長」。康澤現在成了三青團的「組織處」處長，而政訓處則附屬政治部。
蕭作霖認為，這些改變只是形式上的，因為復興社的人事仍舊由蔣介石本人一手控制。當然，藍衣社在四十年代以軍統特務別動隊的骨幹形式繼續存在，尤其是在上海，那裡有戴笠和他的同夥在三十年代特務站建立的組織基礎。但對復興社本身來講，這種名義上的改變對它的組織體制則是本質性的，因為這些變化奪走了復興社的秘密權力。1941年，當康澤和蕭作霖同在重慶，在三青團的資助下領導針對青年和軍事幹部的「特別訓練班」時，康對蕭說，三青團與原來的復興社活動相比水平差遠了。康澤說，因為秘密組織比公開的權力更大，它更能發揮作用。他總結說，如果復興社繼續存在的話，國民黨的反共活動會遠比現在有效。他當然還可以說，復興社比起戴笠的前二處最隱蔽最秘密的活動來說，只有一步之差，它是能夠得到發展壯大的。
但這已經沒有意義了，因為這兩人都沒有意識到，一旦集體性強的復興社在塘沽協議和第二次統一戰線的壓力下被解散，它便為一個個人秘密計畫徹底打開了通道。即，當蔣介石拋棄了黃埔集體領導的秘密活動後，戴笠便得以放開手，在委員長的羽翼下建立起相對獨立，從某種意義上說是個人的，甚至幾乎是自己的秘密特務活動。除一人以外，蔣對他黃埔系所有那些急欲成為法西斯宣傳家和警察頭子的黨羽感到的失望，最終這個黑暗壓抑的世界落入了他的「犬馬」——戴笠之手。