孫文迅速回國，準備武力討袁。
黃興以下全部反對，認為司法程序已經啟動，當訴諸法律。
孫文怒道：「總統指使暗殺，斷非法律所能解決。所能解決者只有武力！」
陳其美附議。
國民黨此時的地盤只有江西、安徽和廣東三省（湖南都督譚延闓雖加入國民黨，但奉行自治）。結果，當孫文電令三省都督宣布獨立時，李烈鈞、柏文蔚和胡漢民均不買賬，氣得孫大炮逢人就說：「若有兩師兵力，當親率問罪。」
當然大家心知肚明，即使有，也絕非袁世凱的敵手。
不過不打緊，國會已經開幕，宋教仁留下的政治遺產可以幫國民党進行合法鬥爭。
首戰便是「善後大借款」。
所謂善後，即收拾清朝留下的爛攤子——各種外債加賠款共計一千二百萬英鎊。
政府不但沒錢，還等米下鍋，只好再舉新債，結果唐內閣時的首輪融資即在同盟會一片「喪權辱國」的唾罵聲中偃旗息鼓。
可民國百廢待興，總不能宣告政府破產吧？於是，暗地裡的談判從來沒有停止過，直至同五國銀行團（美國主動退出）達成了總計兩千五百萬英鎊的「善後大借款」。
由於列強堅持認為中國仍未實現真正意義上的統一，政府信用等級偏低，故定了個奇高無比的利息，算下來到手的錢只有三分之一。
消息傳出，輿論鼎沸，國民黨更是一副國亡無日的表情，對袁世凱不經國會批准就擅自簽訂借款合同這一悍然踐踏《臨時約法》的行為捶胸頓足。
孫文給五國銀行寫信拆台，眾議院則命內閣派人過來回答質詢。
龍潭虎穴，誰敢去闖？最後還是陸軍總長段祺瑞出馬。
國民黨籍的議員一見到段，登時血氣上涌，有跳到凳子上大罵趙秉鈞的，有拍著桌子高喊打倒袁世凱的，甚至還有朝段祺瑞扔墨盒的。
共和黨的議員則默不作聲，靜觀場面失控。
段祺瑞神色自若，巋然不動，等國民黨鬧夠了，才淡淡道：「借款一案，請國會追認。」
意即覆水難收，已成定局，請你們批準是給你們面子。
議員們又七嘴八舌地質問起來，段祺瑞始終只有這一句回答。
參議院的情況也一樣，稍好些的是袁世凱親自給議長張繼（國民黨籍）寫了封信，語重心長道：「國家需款孔急，不能再事拖延。」
國民黨本部召集兩院議員商議，認為合同既已簽字，袁世凱勢必蠻幹到底，國會的否決完全無濟於事，還有損《臨時約法》的權威。
既然秀才解決不了，就交給兵吧。
孫文同柏文蔚、李烈鈞、胡漢民、譚延闓聯名通電，反對違法借款。
袁世凱怒了。
中華民國好不容易得到巴西和古巴等寥寥數國的外交承認，孫文又來敗壞政府的國際聲譽，是可忍孰不可忍？
他對梁士詒道：「我算是看透了，孫文、黃興除了搗亂沒別的本事，左是搗亂，右是搗亂。他們要敢另立政府，我即刻派兵討伐。」
作為反擊，直隸都督馮國璋、河南都督張鎮芳、山東都督周自齊、陝西都督張鳳翙以及山西都督閻錫山等聯電指責孫、黃「以宋案牽誣政府，以借款冀逞陰謀」。
為了逼南方首先發難，袁世凱以中央政府的名義免去了李烈鈞的江西都督，而命黎元洪兼任。
不久，又令胡漢民為西藏宣慰使、柏文蔚為陝甘籌邊使，果然激起反彈。
李烈鈞率先宣布獨立，以江西討袁軍總司令之名發表檄文，號召天下共擊之。安徽、廣東、湖南和上海等地陸續呼應，聲勢浩大，頗有重現辛亥年之局面的架勢，史稱「二次革命」。
其實，由於兼并了其他幾個黨，比起同盟會來國民黨的純潔性已大打折扣。即便是許多老同志，心態也發生了轉變，以革命功臣自居，汲汲於仕途名利。
黃興雖不在此列，但對貿然舉事也很動搖。因為他認同《紐約時報》的說法，清楚所謂的「天下雲集響應」只是表象：
當前的所謂反抗，與其說是人民對北京政府不滿的起義，不如說是失意政客和干祿之徒想自行上台的一種努力。內戰不可能持續太久，其結果是袁世凱作為中國的統治者，地位將更加穩固。
黃興舉棋不定，氣得陳其美誣賴他收了袁世凱的錢。
兩人一理論，陳其美祭出激將法，要他以遊說程德全出兵來自證清白。
性情剛烈的黃興當即趕赴江蘇都督府，「撲通」一聲給程德全跪下，求他發兵。
程督不緊不慢道：「我不是不同意北伐，但出兵要餉要械，總而言之，要錢。」
黃興給陳其美打電話，答稱：「明天有兩車鈔票運到。」結果第二天一查驗，全是已經倒閉的信成銀行的廢鈔。
程德全不快道：「討袁我和諸君立場一致，但拿廢票採購軍需，坑的可是百姓。害民的事，我決不做！」
看似浩然正氣，實則明哲保身。
南方議論未定，北軍兵已南下，相繼攻克安徽和江西，氣得柏文蔚痛罵黃興「一將無能，千軍受累」。
不久，張勳帶著還鄉團殺回南京，虛張聲勢的二次革命不到兩個月便全線潰敗，孫、黃再次流亡日本。
長江以南被袁世凱全盤接收，各省都督均換上了自己人（湖南湯薌銘、安徽倪嗣沖、江蘇馮國璋、廣東龍濟光），中央政府的威望臻於極點。
列強相繼表態：只要袁世凱當選正式大總統，即給予中華民國外交承認。
根據《臨時約法》的規定，制憲在先，其次才由國會根據憲法來選總統。
制憲是個漫長的過程，而袁世凱想趕在本年的雙十節（10月10日）就任正式大總統。於是，在他授意下，黎元洪聯合十九省都督發表通電，建議先選總統再定憲法。
雖說二次革命的慘敗讓國民黨一蹶不振，但畢竟還佔據著國會裡的多數席位，不可等閑視之。
因此，袁世凱一面命梁啟超以共和黨為基礎，兼并數黨後擴大為進步黨，一面對國民黨恩威並施，分化瓦解。
利誘之下，士氣低迷的國民黨議員有的改投進步黨，有的坐等袁世凱來買他們的選票。一時間，報紙上滿載國民黨人的退黨聲明，進步黨趁勢拿下了參眾兩院的議長之席。
袁世凱宜將剩勇追窮寇，對「孫黃亂黨」發出通緝令，罪名除煽動叛亂外還有貪贓枉法，說查賬後發現孫文一里鐵路都沒修，卻揮霍挪用了大筆公款。
剛在日本落腳的孫文聽說後，痛定思痛，認為所有的噩夢都是從同盟會被改組為國民黨開始的。混進來的四個黨目無尊長，良莠不齊，污染了組織，破壞了紀律，必須加以改造。
他以不容置喙的口吻告誡全黨同志：「革命黨不能群龍無首，必須對唯一的領袖絕對服從。」
緊接著，將黨員分為首義、協助和普通三級，新人入黨時必須按手印發誓。
黃興、汪精衛、李烈鈞、柏文蔚、蔡元培和吳稚暉等元老紛紛大搖其頭，敬而遠之，只剩陳其美、戴季陶和居正幾個不離不棄。
計畫中的「三次革命」從此遙遙無期。
北京。
辭去了總理之職的趙秉鈞調任直隸都督。
對一般疆吏而言，直督意味著榮譽和信任，但以總理之尊改遷於此，只能是失勢的標誌。
毀宋一事，自作主張的趙秉鈞已經深深地傷害了袁世凱。現在嫌疑洗不清，自己擔著就是了，可他又派心腹王治馨（時任順天府尹）去參加國民黨本部在北京召開的宋教仁追悼大會，當著一千多人的面理直氣壯道：「現在有人要殺宋先生，但絕不是趙總理！趙總理不能對此事負責，此責自有人負！」
王治馨含沙射影的對象可能是陳其美，因為當時對陳的質疑一度甚囂塵上，梁啟超在給女兒的家信中甚至直言「真主使者，陳其美也」。
但也有可能指袁世凱，至少國民黨是這麼理解的。
作為北京市市長，王治馨的話極具殺傷力，且捕風捉影的事，袁世凱又不好站出來辯解，非常惱火。
不久，王治馨貪污案發，袁世凱公報私仇，重判其死刑。
趙秉鈞自知闖禍，趕緊遞了辭呈，袁世凱和國會都爽快地批了，而命陸軍總長段祺瑞暫代總理一職。
相位不宜久懸，七零八碎的內閣也到了重組的關頭。
國民黨大勢已去，進步黨銳不可當。以熊希齡為總理（兼財政總長），外交總長孫寶琦、內務總長朱啟鈐、交通總長周自齊、司法總長梁啟超、農商總長張謇的「一流人才內閣」華麗亮相。
這幫學者型官員全是社會名流，無可指摘，但袁世凱更看重的是他們進步黨黨員的身份。
很快，國會擬定了憲法中的一章——《總統選舉法》，以便先選總統。
三天後，參眾兩院七百五十九名議員走入