負責清查和珅在京城財產的是肅親王永錫等人。嘉慶四年正月十三，和珅被賜死，當時有黨羽福長安陪殺；正月十五，永錫等彙報第二批查抄結果；正月十六，嘉慶將和珅的罪狀具體為二十條，其中涉及到財物的是第十五條到第二十條。除了之前說過的珍珠手串、寶石頂之外，增加的有：家內銀兩和衣物等價值超一千萬兩；夾牆內藏有黃金二萬六千餘兩；私庫內藏有黃金六千多兩；地窖內藏有銀子兩百多萬兩；房產商鋪方面，京城、通州、薊州等地有當鋪、錢店，資產估計有十多萬兩白銀，故嘉慶批其「與小民爭利」。
查抄還涉及到家奴，其家奴劉全資產也達到二十多萬兩白銀，並有大珍珠手串。
這還只是冰山露出的一角，不夠具體翔實，清查工作到正月二十二，才開始有清晰的眉目。肅親王永錫和綿懿、永來等人上奏在京城海甸查抄和珅花園的結果，就比較駭人了。和珅花園內有房屋1003間，游廊樓亭357間，不過都是合法的——乾隆御賜，「系奉旨恩賞」。
正月二十九，內務府又彙報新的查抄結果，這一回更具體了：二兩平紋銀九十六萬兩，雜色元寶銀六十八萬兩，色銀一百三十七萬四千零九十五兩三錢三分，以上統計為銀子三百零一萬四千零九十五兩三錢三分。
到二月三十，又查出和珅在文安縣等地的田莊積存米麥谷豆雜糧一萬一千零六十五石，清朝的一石約相當於今天的六十公斤，就地散發給當地遭水災的災民。
三月二十八，定恭親王綿恩等人上奏，重新確定了和珅家的金銀總數：二兩平金三萬三千五百五十一兩，銀三百零一萬四千零九十五兩三錢三分，同時確定有當鋪十二家。
對和珅房產地產的清查是從正月初八開始的，至三月二十八，初步審計結果是：有收租房屋一千零一間半，收租田產一千二百六十六頃三十五畝四分四厘，而一頃相當於如今的一百市畝，合十二萬多畝。
而清朝檔案中的和珅家產和薛福成《庸庵全集》的記錄是有很大出入的，《庸庵全集》記錄和珅被查抄的部分家產有：房屋三千間，田地八千頃，銀鋪四十二處，當鋪七十五處，赤金六萬兩，大金元寶一百個（一千兩一個），小銀元寶五萬六千六百個（一百兩一個），銀錠九百萬個，洋錢五萬八千元。檔案里的房屋數量，將府邸所有與出租房相加，不過兩千來間，田地一千二百六十六頃，黃金三萬多兩，銀子三百多萬兩，遠不如薛福成所記。
至於大金元寶和小銀元寶，嘉慶的諭旨和內務府、軍機處的文件里沒有，《清稗類鈔》第三冊的《和珅獄事》則有和珅的口供：「至於銀子約有數十萬，一時記不起數目，實無千兩一錠的元寶。」
嘉慶當時的估值到底是多少，不得而知，後人的統計估計也是小說的成分多，史實的成分少。其實，對於和珅家產的估值可能是有很大彈性的。如今的推測無非就是：當時嘉慶的統計數字是官方數字，另有一份清單，既保存在宮廷里，也保存在民間的想像里，漸漸地變成一個神話。
和珅家中有很多珍奇異寶，有的連皇宮裡都沒有，比如有一隻潔白的玉馬，人可以騎在上面，本是征西的將軍從和田采來，獻給乾隆，放在圓明園，後來被和珅偷出。此次查抄後，重新放回圓明園，後來被八國聯軍搶走，現在收藏於倫敦大英博物館的東方藝術館。康熙手書的「福」字碑，原來也是在紫禁城，後來被和珅偷出來，置於後花園的假山洞中，也就是龍脈之所。京城有兩條龍脈，和珅家是一條水龍脈，將「福」字碑置在脈上，令嘉慶也不敢移動，怕動了龍脈，至今還在原處。和珅府（即恭王府）旅遊開放之後，福字碑被遊客摸得只剩下薄薄一層，後用玻璃保護起來。
和珅的房產，被抄後全部充公。嘉慶的弟弟永璘，曾經來和珅家裡借寶，在參觀過和邸之後，私下裡對哥哥們說：「即便皇帝多如雨滴，也不會有一個雨珠滴落我身上。將來不論哪個哥哥當了皇帝，只要把和珅的豪宅賞賜給我，我就心滿意足了。」
嘉慶記住了他的戲言，命令把和珅豪宅院子和花園的東路一半給固倫和孝公主，另一半西路的宅子和花園賜給永璘。後來慶郡王永璘升為慶親王，這半座宅子就成了慶王府。
雖然被搜出巨額財產，但眾官都覺得公布的和珅貪污的財產太少了，難以服眾，內閣學士、副都統薩彬圖就屢次上奏，認為「和珅財產甚多，斷不止查出之數」。薩彬圖認為和珅還有海量財寶藏在宅子里，內務府、步軍統領官員審查不用心，要進宅子挖寶，要繼續審。嘉慶氣不打一處來，說：還想要朕親自審訊才放心嗎？薩彬圖被罵得狗血淋頭，他說薩彬圖此舉是「越俎」「愚昧無知」，你本來不是查抄官員，幹嗎咸吃蘿蔔淡操心？嘉慶不想讓和珅案再蔓延下去，到此為止就行了。
其實嘉慶的意思是，和珅的宅子已經分配給慶郡王永璘和固倫和孝公主了，難道還叫人拿著鏟子鋤頭去二位家裡掘地挖寶不成？嘉慶倒是說出了他的本意：「意存取巧。」
擺在嘉慶面前的還有一個問題，和珅的黨羽該如何處置？
和珅得志以後，前後擅權二十多年，京城朝廷里的尚書、侍郎，地方上的總督、巡撫，有的出自和珅門下，有的與和珅關係密切。即便有許多看不起和珅的督撫，畏懼和珅的權勢，也不得不向和珅低頭，送錢賄賂。和珅門前，送禮的川流不息。地方上縣一級的官員，想見和珅一面都難，可見和珅結交之廣。
朝中被和珅提拔的官員有很多，他們心中有鬼，大多惶惶不安，有的靜待消息，有的反覆彈劾和珅及其黨羽，以表忠心自保。
嘉慶對和珅餘黨並沒有趕盡殺絕，這也是為了穩定時局的需要——只是處理了與和珅關係最密切的幾個人。命令大學士蘇凌阿退休，將侍郎李潢，太僕寺卿李光降黜治罪。侍郎吳省蘭被降職為編修，撤去學政、南書房行走等職，不久，吳省蘭因才學突出，官復原職，嘉慶不計前嫌，對他器重，還任命他為日講起居注官，提督湖南學政，其後吳省蘭為報嘉慶之恩，兢兢業業，公務不敢有絲毫怠慢。嘉慶九年，因年老力衰，榮歸故里。
吳省欽的運氣就沒這麼好了。在白蓮教起義中，四川首領王三槐被抓，王三槐口供說「官逼民反」。嘉慶意識到正是像和珅一樣的貪官層層貪污索賄，才屢屢激起民變。時任都察院左都御史的吳省欽不合時宜地上奏：「請將叛軍首領王三槐立即正法。另外，候補知府李基熟悉兵法，有手車火雷列卦圖可供破敵之用。還有舉人王雲，能運用氣功，以手掌擊倒數人，能夠做破敵之用，希望皇上試試看。」嘉慶被這道荒唐的奏摺激怒，下令將吳省欽革職還鄉。數年之後，吳省欽在鬱郁之中死去。
有大臣上奏，和珅已故的弟弟和琳曾借和珅之位邀功。嘉慶下旨追回和琳一等公爵位，牌位撤出賢良祠。福長安也沒有秋後問斬，嘉慶賜他出獄，還發回一小部分財產，以員外郎的頭銜，看守乾隆的陵寢，充當供奉茶水的執事小官。其他特意諭旨：「和珅最擅長欺上瞞下，如果不立即治罪，就無法肅清吏治，整頓官場。現在和珅的罪狀已經查清，案子已經了結。和珅曾經掌管很多部門，有不少人是他保舉的，曾經對和珅巴結逢迎，在所不免，不再一一追究，牽連多人。現在官場弊病很多，和珅的重大罪狀已經公開宣布，官員們不必借題發揮，吹毛求疵，互相攻擊隱私，追究以往的細枝末節。朕懲治和珅，並不想另有株連，只希望各位臣子能夠接受教訓，勉勵自己，以前的事情朕不再追究，各位心中也不必害怕。朝廷官員應當團結一心，為國效力，不得各結黨羽了。」
國人稱讚嘉慶處理和珅的手段，就連朝鮮使臣曹錫中也稱讚嘉慶具智、勇、仁三德：皇上自登基以來，知道和珅不軌之心，政事卻聽從和珅意見，以此籠絡和珅，使其驕傲大意，這就是「智」；閃電般結束了這場案子，不動聲色就使得朝政煥然一新，這就是「勇」；不追究和珅的黨羽，不搞株連，使得朝廷的臣子都能洗心革面，安心做官，這就是「德」。
嘉慶原來指望，扳倒和珅這個大貪，使得其他官員能夠收斂，能止住全國的貪腐之風，重現經濟繁榮。只可惜，大老虎打了，小老虎並不能改過自新，貪腐之風已經滲透國家的方方面面，各種權力尋租，已是明碼標價。嘉慶即便焦頭爛額，也無法改變制度上的腐爛滲透，清朝由「康乾盛世」走向衰弱。
和珅雖滅，但如何蓋棺定論，一直是嘉慶的一個難題。
十幾年後，嘉慶已經到了知天命的年紀，國使館按例編修歷史，要為前朝有名的大臣樹碑立傳。和珅乃前朝重臣，必須寫《和珅列傳》，這可難倒了史官。如果寫和珅的功績，就等於否定了嘉慶；如果寫和珅的劣跡，就等於否認了乾隆。史官誰也不敢得罪，只好略去和珅的生前事情，只是記錄了和珅每年的職務變動，對和珅自盡、抄家則有詳細記錄。嘉慶十九年，嘉慶過目《和珅列傳》之後，火冒三丈，斥責這個傳記功過不分，所有編纂、審查《和