卻說和珅辦成鐵案，就要回京，卻被一個人死死拉住不放。
此人就是孫士毅。
案情水落石出，孫士毅的處境卻比原來想像的還要糟糕。李侍堯一案中，雖然沒有查出孫士毅貪贓枉法，但身為同城巡撫，知情不報，尤其是建水縣土司殺人一案，有明確的證明表明孫士毅是知情不報，與李侍堯一起謊報案情，說輕一點兒，是欺瞞朝廷，說重一點兒，是為虎作倀，乃是李侍堯的從犯。另外，根據和珅的調查，整個雲南省吏治廢壞，各個州府大多有虧空，積弊甚多，巡撫知情不報，難逃欺君之罪。總而言之，判個孫士毅抄家流放是綽綽有餘了。
孫士毅道：「和大人，你不能拍拍屁股走了，你說過只要我幫助辦案，立功贖罪，你會幫我的，如今這個境地，我的性命都在和大人手上了，求大人救我。」
和珅搖頭道：「我是真心實意想救你呀，可是你如今涉案太深，國法難容，我又有什麼辦法呢？」
孫士毅涕淚交流道：「大人，你我都是寒窗十載，好不容易混個功名，將心比心，談何容易。我要是自己犯事，那倒也認栽；我所犯的，都是無辜之錯，連帶之責，左右為難之事。坊間傳聞，朝中有事，請找和珅，可見和大人最有法子是天下共知的。只求和大人為我指出一條明路，日後做牛做馬，全由和大人做主。」
和珅本不想拖孫士毅下水，此時正好賣人情，道：「說什麼話，我哪有這種通天本領。不過事到如今，暫且如此：以我對皇上的了解，他是吃軟不吃硬，你寫個認罪的奏章，附加自己的為難之處，讓皇上設身處地為你想一想，以求皇上的諒解，也許皇上愛你之才，可以從輕處罰。」
孫士毅點頭道：「這個辦法甚好，我必然照辦，但我還請和大人一事，和大人一定要幫我。」
「請說。」
「倘若皇上見了奏章，不為所動，還是對我從嚴發落，請和大人一定要開口，言我在李侍堯案中曾經戴罪立功，請求從輕！」
「好吧，你確實有助辦案，我必伺機稟報皇上。」
和珅的奏章先到京城，皇上一覽奏章，案件清晰，證據完整，幹得極為漂亮，誇道：「和愛卿第一次辦案，成就斐然，真是棟樑之才。」當即下令，升為戶部尚書。和珅在回京路上，便得到陞官的賞賜，榮耀加身，喜不自言。
李侍堯抄家的清單奏報上來，乾隆看了，心中有喜有憂，矛盾重重。清單中，比較貴重的有三座金佛、一架珍珠葡萄、三株四尺的珊瑚樹，這些寶物看著眼熟，卻是有來歷的。它們是原來李侍堯進貢給皇上，因貢品過多，皇帝恩賜退還給李侍堯，以示恩寵，這些確實不能算貪污呀。李侍堯為乾隆籌備七十大壽的貢品清單也到乾隆手中，上面的玉瓷木器就有八十四件，怎樣搜集，怎樣護送到京都有詳細規劃，孝心可嘉。
進貢，是歷代社會的一大傳統，也是臣子與皇帝聯繫情感的重要紐帶，李侍堯此人，曾經被乾隆公開稱讚「優於辦貢」，這麼多年來，進貢次數有記錄的，一共有一百二十多次，至於進貢的財寶一共有多少，乾隆爺也記不清了。他出手之闊綽，在地方官中極為少見，乾隆此刻心中也明白，若不是在地方上貪污受賄，哪來這麼大財力！朝廷之中，能幹的人才並不是沒有，能揣摩聖意的人才也有，但是能把這兩者合二為一的，就極少了，李侍堯就是這麼少數的人之一，難道論罪殺掉？此次查案，震懾百官的目的已經達到，如果留下李侍堯一條活命，將來只怕用他的地方還多得很呢！
他看見和珅建議的處決方式是斬監候，不由心中一寬，暗暗嘆道：和愛卿辦事真是極有分寸的。
但是乾隆的想法是上不了檯面的，違反律法來赦免他，放在哪裡都說不通。既然和珅建議用斬監候，不如就請和珅來出出主意。
待和珅回來，乾隆請他商議，道：「和愛卿辦理此案，勞苦功高，待結案，我還要賞你。對李侍堯的判決，你建議斬監候，我看頗有分寸，不知你是如何想法？」
和珅一看乾隆的臉色，已經知道乾隆不是怪罪他，而是押寶押對了，便道：「李侍堯雖然貪贓枉法，罪大惡極，但功勞甚多，又是個有才幹的統帥，如今亂民還未安定，從皇上的角度想來，也許將來還是有大用途的。」
此話正中乾隆的意思，李侍堯治亂極強，哪裡有亂便能迅速平定，這樣的帥才，確實難得，乃是乾隆手中一顆重要的棋子。從私心來說，和珅當然願意斬草除根，但終究還是以皇上的意願為先。
「嗯，和愛卿說得極為有理，功臣自然不能與庸臣相提並論，只不過此案如交給三法司處複核，只怕他的命是保不住了。」乾隆說出自己的憂心。
按照常規，此案應當交由刑部、都察院和大理寺複核，以李侍堯的罪證，極有可能判處斬立決，到時候皇上也沒有迴旋的借口了。
和珅腦子轉了一下，建議道：「此案重大，要不然批交大學士、九卿會審，到時應該有紛紜建議，皇上再酌情採納！」
「哦，此法甚好，剛好可以採納更多人的意見！」乾隆大悅。
大學士、九卿會審，這個是最高的審級，以案情重大為由，按理也說得通。奧妙在於，九卿，是指吏部、戶部、吏部、兵部、刑部、工部再加都察院、大理寺、通政使司，九個部門的最高官員，每個尚書部門有滿漢尚書二人、滿漢侍郎四人，再加上大學士和協辦大學士，一共四五十來號人，讓這麼多人去審議李侍堯的定罪，總有一兩個建議輕判的人，自然有變通的餘地，到時候乾隆便可以順水推舟了。
乾隆依計而行，召開大學士與九卿會審。但結果令人大跌眼鏡，由於李侍堯貪污索賄，案情嚴重，眾官一致認為和珅辦案清楚，擬定的罪行過輕，應該重判斬立決。在大是大非面前，沒有一個人同意和珅的判決建議。
這個結果令乾隆非常鬱悶，要當面駁回眾官的意見是不可能了，但是要讓李侍堯死，乾隆爺也絕對是不願意的。他必須以一己之力來挽救這個朝廷依賴的重臣。一怒之下，他暫且擱下九卿的會審意見，下旨要讓各地官員對李侍堯引以為戒，並以此為由，將案子發給各地的督撫，要求大家對案子的判決各抒己見，回奏必須把李侍堯的功勞與罪過都敘述一遍，然後說出自己的看法。這種做法前所未有，也是乾隆一生中唯一一次讓督撫議定官員的罪行。乾隆在靜靜等著挽救李侍堯的機會。
卻說孫士毅在和珅的授意之下，斟酌詞句，向乾隆上了一道請罪的奏摺，說道：微臣到雲南任職，與李侍堯同在昆明辦公，也曾經聽說過關於李侍堯貪污受賄的傳聞。民間傳聞說，李侍堯曾經公開向下屬的官員要東西，經常以各種名目收取重禮，往往價值成千上百兩銀子。微臣雖然聽到這些傳聞，但並沒有真憑實據。而李侍堯本人深受朝廷信任，還是微臣的直接上司，沒有實證，實在不敢隨便上奏揭發他。李侍堯收受賄賂、勒索下屬事關重大，對雲南的整個官場都有影響，微臣格外重視，多次派屬下的官員到治下州縣秘密查訪，無奈能力不濟，一直沒有找到證據，微臣私下十分憂愁。幸虧蒼天有眼，皇上明察秋毫，發現了李侍堯的問題，派和大人來昆明查案。皇上知人善任，和大人出手不凡，他到昆明後，秘密將李侍堯的家人捕獲審訊，對涉案人員各個擊破，終於使案子水落石出。和大人精明強幹，不徇私情，查了這麼大的案件，微臣十分佩服。相比之下，微臣一時糊塗，錯過了揭發李侍堯的大好時機。當時，按察使汪圻私自送給李侍堯如意，李侍堯嫌少退回，汪圻又送了他不少銀子，這件事微臣是知道的，本打算立即上疏朝廷，彈劾李侍堯。但李侍堯身為總督，官大權重，黨羽眾多，臣生怕涉案人等不敢出來作證，最後案件不能落實，微臣彈劾不成，反而蒙污衊長官之罪。微臣實在是糊塗之至，如今誠心悔過，請陛下從重治罪，讓其他官員引以為鑒。
孫士毅也算一官場老手，這封奏摺寫得頗為巧妙，名義上是請罪，卻大肆吹捧皇上的英明，避重就輕，寫出自己左右為難的處境，巧妙為自己開脫罪責。如果皇上願意為他開脫，則奏摺里已經鋪設好了種種理由。可惜乾隆雖然老邁，卻並不糊塗，更重要的是，孫士毅在他心中與李侍堯無法相提並論，看過奏摺之後，下旨批駁道：孫士毅所奏，簡直是一派胡言。現在李侍堯已經歸案，孫士毅說這些話，完全是為掩飾自己的罪責，對案件的進展並沒有任何作用。國家設立督撫制度，本意在於選拔有才能的人，作為地方官的表率，只有地方上的督撫清正廉明，下面的官員才能清廉，地方百姓也能得到好處，如果督撫帶頭貪贓枉法，下面官員各個效仿，地方吏治敗壞，百姓必然受苦。孫士毅一路官至巡撫，本應該感受朝廷的恩德，知恩圖報，卻看著李侍堯貪贓枉法，就如自己不知情一樣，隱瞞不報。現在李侍堯已經案發，孫士毅仍然畏首畏尾，掩飾罪責，推卸責任，這是什麼居心？孫士毅辜負朕恩，理應革職查辦，發往伊犁充軍！
孫士毅沒有想到會得到最壞