面對流寇及滿洲人的內外侵擾，財政早已破產的明朝迅速崩解，清朝大軍隨即在吳三桂等開關延領下，入主中國。儘管他們是來自長城外的異族，儘管他們曾因實施薙髮令和文字獄，而大肆屠戮漢人，但在他們刻意弭平滿漢間歧異的努力下並未引發大規模民族衝突。相反的，歷經清初四帝的治世，清朝成為滿洲人和漢人共同的帝國。
滿清入關之後，地方上之抵抗首先在長江下游零星展開，以後又在湖廣與廣西持續進行。看來要是有合適的領導，各地方人士不是沒有犧牲的決心。那麼他們何以當初又如此的短視不慷慨捐囊，籌募適當的人力與物力拒敵於千里之外，及至清兵犯境才倉促舉兵？
這一類的問題沒有簡單直捷的答案。
此悲劇牽涉之廣泛，使我們不得不重新檢討當中主要的幾段發展。歷史家似有公議，認為明代之覆亡由於財政之破產。迄至1644年明軍欠餉達白銀數百萬兩，很多士兵已經年累月領不到餉。一般看法則又稱，自軍興加餉以來，各地稅收過高，可是實際上並不是賦稅有附加，超過全國納稅人力之能及，而是現有的財政機構本身，力量脆弱，經不起動員的壓力，在執行任務時先已拖垮。
其崩潰有好幾個原因在。第一，當明帝國兩面作戰的時候，軍費應由比較豐裕的地區擔當，可是既無適當的統計數字，又缺乏執行時的威權，戶部只好將額外徵收數平均分攤在全國各州縣上，其計算則根據各省的耕地。這數字既不正確，且早已過時，結果使某些原來應受接濟的縣份更為不堪。早在1632年各處繳解中央政府的欠稅數即達百分之五十以上，以縣計即已為全國縣數的四分之一，當中有134縣分文未繳。第二，即在各縣之內，新增稅也是以同等稅率加於所有納稅人頭上。過去捐資納捐可以使某些納稅人一次向政府整數貢獻，之後就得到了憂免的特權。迄至朝代覆亡前夕，有些縣份一縣即有如此的特權一數1000戶以上，所以付稅的責任只有被轉嫁到低門下戶間去，而他們最無力應命。第三，所有軍費，極少例外，概用白銀支付，而大部分出自長江以南。每年北運數預計約為2000萬兩。當日全國民間所有之銀，據時人估計，可能為15000萬兩，所以其賚付之數量過於龐大。第四，即使此龐大數目之銀兩如計畫北運，其運轉也缺乏民間經濟的支持。在16世紀末期，原來南方各省每年向北京及北方邊鎮輸銀500萬兩，接收之地區即用此數購買棉花、棉布以及其他產自南方的物品，使銀兩回籠。可是因軍需而北運銀兩突增的時候，卻沒有另作安排，保證此數目之南還。向從來罕用銀兩之處拋散大批銀兩隻有使物價昂貴。即在公元1619年，總督熊廷弼已提出在遼陽縱有銀兩亦無法買得所需之衣服裝具，因他親見士兵裸體穿甲，無內衣可言。茲後監察官員報告，發付之銀兩並未正常使用而為將領所中飽，並隨即將銀兩送回內地。
滿洲人和造反之農民軍與貨幣經濟不相關聯，完全避免了上述的問題。
對滿洲人講，1644年6月6日進佔北京，開始了朝代的接替，為使清朝的權威下達民間永久有效，他們必須在組織期間提出一套辦法。加上漢人的合作，他們可以如計畫執行。由此也可以看出他們有心改造一個大帝國，使之復甦。所以以清代明，並非等閑。
當他們站住腳跟之後，他們即將八旗制度行於華北。一「旗」並非一個戰鬥單位，而像一個軍管區，它下轄若干軍屯單位，在作戰軍需要兵員之際，各按預定之額數供應。公元1646年及1647年，華北地區被指定承擔加此之組織，「圈地」開始之日，被圈入的人戶強迫另遷他處，於是留下來的農地房舍，拔為來自東北的八旗人戶之用。前朝所嚴重感覺到的兵員與軍需等問題，至此大為和緩。旗兵以前蹂躪的中國邊區，茲後反成為當地的保護人。
在南方作戰，滿清以明降人作先驅，壓制了所有的抵抗。亡明的三個皇子，在這時候前後稱帝，但都被各個擊破。當大局抵定之日，滿洲軍駐紮在中部的省份，將部隊集中於重要的城市。福建、廣東、廣西、四川、貴州與雲南則劃為三位明朝降將的防區，此三人之中吳三桂當然也不可少。
所以這佔領的部署表現出梯次配備的原則。滿洲人發祥之地東北原封不動，華北則以預備戰鬥人員盤據，佔領軍分置於長城流域的重要城鎮。更南的地區，明朝遺民的力量依然存在，則以漢人對付之。這樣的布置使滿軍不至過度地分散，也無各方受敵之虞。迄至公元1681年「削三藩」（即逼著三位明將造反而將他們討平）之日，此部署維持了30多年。1683年清軍又佔領台灣，自此全中國才被全部佔領。
在財政上講，清勝於明的一個因素，乃是用銀的輸送至此改變方向，從此白銀不向邊區投散，而集中在內地周轉。前朝的貢生、監生捐資免稅的人物至此也失去特權，使地方政府鬆一口氣，同時也開新朝鬻爵之門。將來這捐資免稅的辦法雖構成滿清之累，不過那已是很久以後的事了。當時滿清的另一長處，乃是它有實力執行稅收政策。公元1661年對長江下游欠稅人的懲罰，列舉了13，517個犯者，實際上也將同地區內縉紳階級幾乎一網打盡，內中甚至包括欠稅額白銀千分之一兩的，所以看來其雷厲風行帶有恐嚇作用。明朝對鑄造銀元歷來疏忽，清朝則殷勤將事，起初10年之內所鑄錢數已超過前朝276年所鑄造總和，於是民間得有廉價的貨幣流通。
民族主義在此時期的中國牽涉到報複雜的因素。在本能上講，沒有人會志願擁戴異族為他們的主子，何況在他們入主之前10年，滿洲人還迂迴於內蒙古，越長城而入華北平原，攻略城市、蹂躪居民。在1644年以前，漢人之任職滿洲者，大概為被俘之後被迫降清。當日的習慣法，俘虜若不稱臣換主即罹殺戮，而本國懲罰降人則不僅嚴厲也及於家屬，處在兩者之間，實在沒有自身作主的機會。
從另一方面講，滿清人與華北漢人在容貌上很難區別，同時他們有心漢化。除了強迫執行外表上及儀禮上對新朝廷之臣服外，他們也不另外生事，構成種族間的軒輊。滿漢通婚被禁止，但是兩族沒有法律上的不平等。滿洲人以八旗軍籍世襲，可是漢人和蒙古人也能在旗下入籍。當滿洲人在1644年入北京時，他們命令所有明代官員全部在職，次年即繼續舉行科舉取士。語言文字上由滿人沾染華風，而不是由漢人接承滿習。一般說來，滿清的君主之符合中國傳統，更超過於前朝本土出生的帝王。
從歷史家的眼光看來，滿人成功，端在他們肅清了一個憲法上的死結。他們在17世紀給中國人提供了一種皇帝所具有的仲裁力量，此時的漢人反而一籌莫展。朱明王朝業已失去信用。李自成入北京之前，數度勸誘崇禎帝禪讓，而由新朝廷給他封王，可是始終沒有成功。如果誥天之明命，除舊布新，傳到民變的首領頭上，有了前朝退位之帝的承諾，則事實顯然；可是朱由檢寧死而不屈，他的遺囑在群眾心裡上有如致命武器，它給李自成的打擊力量不亞於他自己投繯的繩索。他自殺之後，再也沒有一個明代遺民能夠臣仕於李自成，而能不感覺廉恥喪盡，良心有虧。
在實用的方面，清朝不待財政上的改組，即已使帝國的府庫充實，這也無非是嚴格執行明朝留下來的法律，有如張居正執政時。李自成既使稱為賊，即很難不用暴力而能獲得同樣的成果。
這樣一來，明朝亡國遺老就進退兩難了。傳統上孟子的原則，只要民情歡悅，國君的出處不成為問題。在這條件之下，他們沒有抗清的憑藉。可是依照當日習慣，消極的承受就是變節，於是也免不了內心的矛盾。很可能在如此緊張的心境里，名士吳梅村才寫下了一首抒情詩，指出當日混淆的局面，咎在一個漂亮的女人。
有了這些複雜的穿插，反滿情緒也不能一時平息。抗命於新朝的人士感覺到一生的名譽與對朝代的忠忱已不能區分。有些覺得做人的大節在此時受到考驗，有些在故居本地舉兵的，可能覺得保衛鄉土事關自己的身家財產，這也與做烈士的動機有關。
在長江下游立即引起反抗的近因出於薙髮令。對男子的理髮作規定，原來是中國的老傳統，明代即規定頭髮挽轡，以針插在腦後；滿洲人則將頭髮之前部及於腦頂剃去。1645年新朝代命令全國男子一律照辦，限10天之內辦畢，如不照辦則是違抗天命。漢人越覺得薙髮為一種被奴辱的處置，而滿洲人執行命令的態度也越強硬，好像大帝國的出處全靠臣民遵命與否，而一切存亡去就之間全靠剃頭刀作主宰。一位翰林學士私下裡議論這政策，立即被判殺頭罪，只因他與皇室接近沾恩以絞死執行。究竟有多少人決定寧死不願在這命令之前屈服，無從什算，因為這薙髮的問題也和其他抗清的原因混為一體。
滿清另一個不榮譽的政策，為大興文字獄。任何印刷文件如有謀反的嫌疑立即被官衙追究，通常並將情節奏呈御前。極少數例子，撰文者會直率地提出他們忠於朱明王朝，多