到一九四〇年，康生已經對其他人的生活蒙上沉重的陰影，但是他渴望獲得更多的權勢。在接下來的幾年裡，他極其無情地擴展他的權勢，因此他成為共產黨內上下階層幹部心目中的恐怖象徵。
康生在一九三九年強化了他對社會事務部的控制，在四年代的最初五年里身兼兩個秘密警察機構的首腦，並且是毛澤東最喜愛的人物，這大大提高了他作為一位黨領導人的威望。康生操心著安全和情報事務，在黨校發表演講，出席黨的最高層會議，同毛澤東和江青交往，並有條不紊地運用斯大林的方法來對付延安的共產黨員。
利用不斷增長的獨裁主義的傾向——已經受到「白色恐怖」、長征、抗日戰爭以及對國民党進攻的恐懼的鼓舞——康生使秘密警察成為什麼是事實什麼是虛構的最後仲裁人。四〇年代初期，理想的機會確實來了，當時毛澤東授權他監督「整風運動」。這場思想改造運動，塑造了共產黨領袖的各種政治手段，並且從那時到現在，在不同程度上獲得了成功。
隨著毛澤東加強他對黨的控制，暗中挖王明牆腳的運動因而加劇。王明則繼續利用他那幫在蘇聯培訓過的支持者和他在共產國際的關係，來向毛澤東作為黨最高領導的地位進行挑戰。有一次，單單一句話就能給康生用來反對他先前的庇護人王明。一九四〇年十二月下旬，毛澤東寫了一篇名口《論政策》的文章，文中如此聲稱，「陳獨秀（和）王明犯了右傾機會主義的路線錯誤。」中央委員會的大多數委員說服毛澤東重新修改那一節，不要使用「路線」這個詞——這個刪節減弱了陳獨秀和王明是一貫錯誤的印象。康生來到毛澤東那兒，告訴他「不寫路線這個詞是個原則問題。」在毛澤東的耳邊低聲敘說他的看法，成為康生最喜愛的手段，這使他能夠在沒有其他領導人知道的情況下起作用，同時也使他自己成為毛澤東值得信賴的顧問。
一九四一年年底，毛澤東開始為一場涉及黨的歷史觀的運動做準備，這場運動會擴大他自己對中國共產主義事業的貢獻。那年九月，政治局討論了長征的初期階段在政治上和戰略上所犯的錯誤，當時王明的追隨者們已經控制了黨的委員會，透過投票壓倒了毛澤東和他的同盟者，制訂了共產黨的戰略決策。政治局斷定那時確實犯了嚴重的錯誤——這本身對於毛澤東來說是個勝利——並決定發起一個運動來純化資深領導人的思想，以及糾正對於歷史的「錯誤理解」。換句話說，即是將毛澤東個人關於黨的歷史觀灌輸給一般黨員。「整風運動」於一九四二年二月一日正式展開，當時在黨校每年一度的開幕儀式上．毛澤東在演講中將它提了出來。
毛澤東和他的親信們計畫透過「整風運動」，將一種對毛澤東全心全意的忠誠灌輸給全體黨員。在「整風運動」的最初階段，任何懷疑毛澤東地位的人，都承受到來自團體的沉重壓力——並且隨著這場運動愈演愈烈，拷打和監禁也跟著出籠。毛主義者的目的是要使王明和他的親蘇小集團、即二十八個布爾什維克喪失信譽。用中國共產主義晦澀難解的專門辭彙來說，毛澤東的一方，「必須消除由於王明所犯的先是極左後是極右的錯誤，對黨所造成的損害和危險」。毛澤東運用靈活的戰略，將中國共產黨和紅軍從布爾什維克的毀滅性政策中解救出來，因而受到歌頌和讚揚。除了讚揚毛澤東思想策略上的長處，還強調毛給馬克思列寧主義傳統帶來了一種新的、中國式的哲學成就。不像王明依靠共產國際和蘇聯的威望，毛澤東訴諸於中國的民族主義意識和對外國人的畏懼與憎恨。
為了掩飾「整風運動」的黨派動機和野蠻的工作方法，它被描述為馬克思主義教育的一個過程。黨員們必須學習和討論精選的文件，然後參加無休止的批評和自我批評的會議，在會議上，所有黨員都被要求披露什麼時候他們曾經偏離過那些文章里闡明的思想標準，並且譴責少數需要幫助的同志。這個運動公開宣稱的目的是改進黨的「工作作風」，克服「對思想意識的誤解」（一個黨的政策突然轉變的代碼），並幫助較為年輕的幹部「改造資產階級思想」（即要求絕對的忠心）。這種對「整風運動」相對溫和的解釋，在西方依然得到廣泛的認可，許多西方專家繼續堅持，這場運動只不過是試圖使有錯誤思想的中國共產黨黨員屈從於心理上的匪力，而不是清洗他們。套用研究「整風運動」的學者馬克·謝爾登（Mark Selden）的話來說，其目的是對那些正在躊躇不決的幹部進行改造，並使他們重新回到黨的懷抱，「而不是把他們當作敵人，通過流放、集中營，甚至開除出黨或者開除公職來消滅他們。」 登寫道：「我很少聽聞有幹部在一九四二年春天集中學習和批評的過程中，被監禁或者被開除黨籍……因此像王明那樣著名的『病人』，那時候顯然在莫斯科的毛澤東前任對手，卻保留了他的中央委員會委員的資格……作家王實味，這場最惡毒的社會運動的痛斥目標，一個由於拒絕承認他的『錯誤』，並且拒絕按照黨的命令進行改造麗顯得堅強不屈的人，最終寧願放棄他的黨員資格，而不是接受反對他恐怖行家的批評的那種合法性。但是這樣的案件是很罕見的。」事實上，那時在延安並且是這場運動的主要目標的王明，聲稱毛澤東和康生試圖毒死他，與此同時，王實味在監禁了五年以後，被砍了頭。">
毛澤東同他的捉刀人陳伯達一起，在「整風運動」期間起草了許多學習文章。然而，康生卻被指派籌劃和實施這場運動。一九四一年八月，在政治局認可這場整風運動的前一個月，康生被任命為「幹部調查委員會」的主席，這是一個像社會事務部一樣極有權勢的機構，負責審查幹部以保證他們符合所需要的政治標準。康生的任命標誌著他已成為最有權勢的中國共產黨領導人之一。三個幫助康生管理這個委員會的副主席，也都具有非同小可的影響力：高崗，中國西北地區黨組織的領袖；陳雲，負責組織工作的政治局委員；還有彭真，華北的一位重要領導人，後來成為北京市長。
「幹部調查委員會」的任命使康生直接參与了「整風運動」，並且在具體工作中同毛澤東站在一邊。康生對「整風運動」的控制和他同毛澤東的關係在一九四二年七月變得更為明顯，當時成立了一個「總研究會」來監督「整風運動」。毛澤東擔任這個委員會的主席，但是委員會的權力一天天落到了它唯一的副主席康生的手裡。康生還是這個委員會中一個最有影響的小組的組長，負責調整黨的中央各機構，並決定誰可以為它們工作。就非正式的權力關係而言，或許當時康生權力之大僅次於毛澤東而已。在毛澤東的幫助下，他逐漸在延安佔據了一些最重要的位置。彼得·伏拉基米洛夫貼切地將康圭描述為毛澤東的「爪牙」。
康生不但利用「整風運動」來攻擊王明，而且他在一樁試圖用水銀毒死王明的傳說中扮演了主要角色。王明在一九四二年生了重病，一位專給共產黨領導人看病的醫生金茂岳給他開了處方，使他的病情更形惡化。到一九四三年三月，王明的健康狀況是如此糟糕，以至於他的生命似乎已危在旦夕，他的妻子孟慶樹向一位前來延安的蘇聯代表團的俄國醫生詢問金茂岳所開的藥方；俄國人告訴她整個治療期間葯的成分中有一種水銀，可能同其他物質起化學反應，嚴重危害她的丈夫。
王明聲稱，受罪惡感驅使的金茂岳曾向他坦承接受組織部一名官員的命令，開一種有毒化合物的藥方。在日記里記錄下這樁事件的伏拉基米洛夫，斷定是毛澤東和康生設想出毒死王明的秘密計畫。
王明聲稱康生、毛澤東和其他人意圖毒死他的說法，依然是個引起爭論的話題。中國共產黨的歷史學家們根本拒絕考慮王明的指控。對比之下，蘇聯的中國問題專家們相信，確實有毒死王明的企圖，並把這個事件看作是康生「異常殘酷」的一個例子。一些西方專家們持懷疑態度，他們堅持說下令處死對手，是違背毛澤東性格的作為。然而在文化大革命期間，康生大肆地運用醫學上的誤診——開錯誤葯或者根本不給葯——好使剃少奇主席和賀龍元帥那樣的對手遭致可能的死亡。將毛澤東牽扯進這幅畫面並無必要；任何試圖殺死王明的計畫可能都是由康生一個人發起的。沒有人會覺得，這種手段與康生使人遭受痛苦的趣味有不相諧調之處。
這次事件依然處於神秘的氛圍中，但是王明昀指控在黨的委員會裡激起了一陣使人困窘的爭論。為了調查「金茂岳事件」而成立的一個三人小組的委員會斷定，金茂岳試圖毒死王明是根據資深的國民黨特務頭子陳立夫的命令。按照調查員的說法，陳立夫是透過國民黨的紅十字會主席給金茂岳傳送指示的。金茂岳所做的「招供」也證實了調查員們的講法，但是在四〇年代的延安，這樣的招供很少是與真實相符的。金茂岳事件調查委員會的調查結果帶有康生的手印，康生同劉少奇和李富春一起，是委員會的三人成員之一。調查員們判處金茂岳五年監禁，但是同時，又允許他依然可以自由活動和行醫——對於為國民黨情報機構工作而被判處有罪的