明嘉靖朝由於倭寇的侵擾，實行海禁，不準建造兩桅船下海。正常航海貿易斷絕。「禁之愈嚴，則其值愈厚，趨之者愈眾，私通不得，則攘奪隨之。」政府鎮壓走私，「寸板不許下海」。海商為了逐利，冒死犯禁，變成武裝海盜。「寇與商同是人也，市通則寇轉而為商，市禁則商轉而為寇。」(胡宗憲《籌海圖編》)隆慶、萬曆時只好放鬆海禁，航海業得到恢複，至明末出現鄭芝龍海商集團勢力。
清初，為阻撓鄭成功反抗清廷，切斷大陸人民與鄭成功的接觸，清政府又實行了短時期海禁。
清順治十二年(公元1655年)，頒布禁海令。六月十九日，浙閩總督屯泰疏言：「沿海省份，應立嚴禁，不許片帆入海，違者立置重典。」規定「海船除給有執照許令出洋外，若官民人等擅造兩桅以上大船，將違禁貨物出洋販賣番國，並潛通海賊，同謀結聚，及為嚮導，劫掠良民；或造成大船，圖利賣與番國，或將大船賃與出洋之人，分取番人貨物者，皆交刑部分別治罪。至單桅小船，准民人領給執照，於沿海附近處捕魚取薪，營泛官兵不許擾累」。次年又頒布禁海令：「今後凡有商民船隻私自下海將糧食貨物等項與逆賊交易者，不論官民，俱奏聞處斬，貨物入官；本犯家產，盡給告發之人。」(《光緒大清會典》「事例」卷六二)
清順治十八年(公元1661年)八月，下遷海令。自遼東至廣東，近海居民各移內地30里，燒毀房舍、物資，砍伐樹木，荒蕪田地，民死過半。沿海三五十里被毀為無人區。至康熙二十三年(公元1684年)因鄭克塽已降(清已於1683年統一台灣)，故命重開海禁。至此，清禁海29年。
康熙四十二年(公元1703年)清政府放寬了造船的限令。商賈船許用雙桅。其梁頭不得超過一丈八尺，舵手等不得過28名；梁頭一丈六七尺者，不得過24名；梁頭一丈四五尺者，不得超過16名；梁頭一丈二三尺者，不得過14名。但實際也並未完全得到執行。如嘉慶三年(公元1798年)，有一位福建船戶駕商船出海，遇風飄至朝鮮濟州島。這條船長230尺(即23丈)，寬五丈七尺，梁頭寬三丈四尺二，已經超過了一丈八尺的規定，並且是三桅的船。可是清政府並不過問，可見政策已寬鬆多了。
第二次禁海是從康熙五十六年(公元1717年)到雍正五年(公元1727年)共10年。
康熙五十六年定商船出洋貿易法，不許商船往南洋呂宋等處貿易，這是為了防止船隻夾帶大盜。違禁者嚴拿治罪。造船須報地方官親驗烙印，取船戶甘結，並將船隻丈尺、客商姓名、貨物往來某處貿易，填寫船單。按月冊報督、撫存案。每日每人准帶食米一升，並余米一升，以防風阻。如有越額之米，查出入官，船戶、商人一併治罪。如將船賣與外國者，造船與賣船之人皆立斬，所去之人留在外國，將知情同去之人枷號三月，該督撫行文外國，令其將留下之人解回立斬；沿海官員如遇私賣船隻、多帶米糧、偷越禁地等事，隱匿不報，從重治罪。
雍正五年復開海禁。因閩浙總督高其倬奏摺說，閩省地狹人稠，生齒日增，本地所產，不敷食用，惟開洋，藉貿易之盈餘，佐耕耘之不足，貧富均有俾益。從前或慮盜米出洋，查外國皆產米之地，不藉資於中國。又慮有私販船料之事，外國船大，中國船小，所有板片桅柁不足資彼處之用。故復開海禁。
縱觀從清建國至鴉片戰爭(公元1644—1840年)，歷時196年，禁海不過39年，大多數年代是實行開海政策的。清前期在造船的數量質量上、航海的技術及運載能力上都有很大提高。我國仍不失為具有航海實力的大國。
1727年復開海禁後，清代的遠洋航運進入興盛時期。據《廈門志》載：「服賈者(商人)以販海為利藪，視汪洋巨浸為衽席，北至寧波、上海、天津、錦州，南至粵東，對渡台灣，一歲往來數次。外至呂宋、蘇祿、實力、噶喇巴，冬去夏回，一年一次。初則獲利數倍至數十倍不等，故有傾產而造船者。」說明18世紀以來，中國的遠洋海船在東南亞的活動日益頻繁。
這時，我國的造船業不但造船數量多，而對造船的質量要求一向很高。如對船桅木的要求要粗、長、直的大木才能做桅杆。據《使琉球記》載：順治三年(公元1646年)，張學禮使琉球，先期入閩造船，因桅木難得，致停留四年無法啟程。
通過海上活動，我國同琉球國的來往很密切。
《球陽》是一部琉球國史。按琉球即今天日本國沖繩島，清代叫琉球國。據《明史·外國傳·琉球》載：「洪武初，其國有三王，曰中山，曰山南，曰山北，皆以尚為姓，而中山最強。」《球陽》卷十二，尚敬十九年(即清雍正九年，公元1731年)記有這樣一件事：「自古以來本國船隻皆用螺灰，是年正月，蘇州府鎮洋縣商船一隻，飄到本國赤丸崎，引到運天港，其難人吳(稱為吳的遇難者)以燒石灰，其燒費甚減，而灰品更好，從此以後，本部今歸、仁二郡皆燒此灰，每年燒納公庫。由是，貢船(琉球派往中國的船)及楷船(琉球去日本的船)皆用石灰。」說明中國人民遠航中對琉球人民的貢獻及兩地人民的友好關係。
清康熙五十八年(公元1719年)徐葆光撰《中山傳信錄》，記載出使琉球造船、航海情況很詳細。這次為了出使琉球，自浙江寧波民間商船中選取了兩隻大海船作為「封舟」。「封舟」是皇帝冊封賜有名字的船隻，專為皇帝的使節(及其隨從)乘坐前往有關國家進行國事活動的大海船。由於是從民間選取的，「費輕辦速，前此未有也」。說明民間的富有和當時造船航海業的發展。
一號船由使臣居住，二號船載兵役。隨帶官兵200名，「每船百人為佐」。船的設計精細周密，使用方便自如，達到相當高的水平。
一號船長十丈，寬二丈八尺，深一丈五尺。前後有四個艙。每艙分上下三層，下層填載巨石，安頓什物。中層由使臣居住。兩邊叫麻力，又截為兩層，左右八間是隨從、僕役居住的。艙口有梯子可以下去。艙中寬六尺多，可以橫放一張床，高八九尺，上面開艙面為一個天窗井，三尺多見方，以進光線，下雨可以關上。艙面的右邊空著供行駛用，左邊設爐灶。跨舷外一二尺寬設板閣，前後圍成小屋一二所，暑熱時可以在小屋住一下。船上有四個水艙，四個水櫃，12隻水桶。共受水700石。在船上生活是憑簽給水，每人每天一小瓦盆。船尾是將台，上面立著大旗，備有藤牌、弓箭，有兵役、水手住在此處。將台下供天妃等水神。下面是舵樓，舵樓前的小艙放著針盤，伙長、舵工、接封使臣中負責針盤的人住這裡。船的兩旁有大小炮12門分列左右。
船上席篷、布篷有九道，艙面橫著三道大木，設軸以轉繚，繞木索、棕繩等。
頭緝布篷長四丈，寬二丈四尺。
尾送布篷長三丈六尺，寬二丈五尺。
每船船戶以下22人，各有專職，可知其高超的管理水平，計有：
正副伙長二人，正伙長專門負責針路、羅盤。副伙長管理針房，兼管長繩三條以測量海水的深淺；
正副舵工二人，主舵；
正副碇二人，管四門碇，行船時管頭緝布篷；
正副雅班二人，管頭巾頂、頂帆大桅上一條龍旗及大旗，要求身手矯健，行動快捷，上下如飛，以登檣瞭望；
正副舢板工二人，管舢板小船，行船時，管清風大旗及頭帆；
正副繚手二人，管大帆及尾送布帆，繚母棕、繚大索等物；
正副值庫二人，管大帆插花天妃大神旗；
裝載押工一人，管修理杠具及大桅千斤墜一個；
香公一人，管天妃諸水神座前油燈，早晚在洋中獻紙及大帆尾繚。
舵長二丈五尺五寸，寬七尺九寸。在明朝時的封舟上定製過鐵力木舵三門，每門長三丈五尺，用大纜繩由船底兜至船頭系牢，叫勒肚。現在一號船上是採用西洋造法造的，叫西洋夾板舵，也是用鐵力木做的，又叫鹽舵，由於長期浸泡在海水中，海水是鹹的，越泡越堅固。一號船上不用勒肚，也不用副舵。將要出海時，還和福建有關部門爭執過。一號船上的一位姓林的伙長說，船舵以西洋造法最堅穩，用不著設副舵，再說舵重一萬斤，船上也沒處放，就不設副舵了。這也說明當時已汲取了西方的某些先進經驗。
二號船比一號船細長。船長十一丈八尺，寬二丈五尺，深一丈二尺，前後共23艙，兩個水艙，四個水櫃，12隻水桶，受水600石。
舵長二丈四尺，寬七尺，與鳥船舵一樣，是用勒肚兩條長十五丈，從尾左右夾水兜至頭上的。
大桅長八丈五尺，圍八尺五寸；
有四個櫓，長四丈，寬二尺二寸；
有大小三具碇；
大桅席篷長五丈七尺，寬五丈六尺；
頭桅席篷長五丈七尺，寬五丈六尺；