公元1368年，朱元璋建立明朝，並定都應天(今南京)。同年大將徐達率兵攻下元大都(今北京)，將秘閣所藏圖書典籍，運往南京。這批書籍，多為宋、遼、金、元四朝的舊藏，有不少宋元刻本與抄本，奠定了明朝國家藏書的基礎。朱允炆〔wei文〕繼位後，「購遺書，申舊典，日唯汲汲不遑逸」(傅維鱗《明書》卷十五)。1403年，朱棣〔di帝〕即位當年，便命解縉主持編纂一部類書《文獻大成》，並於次年完成。明成祖朱棣閱後嫌該書太簡略，遂命親信大臣姚廣孝、劉季篪〔chi遲〕、解縉負責重修。永樂五年(公元1407年)重修完成，定名為《永樂大典》。《永樂大典》就是利用南京文淵閣的藏書編成，全書輯錄了古今圖書七八千種，總計卷數22877卷，另有凡例目錄60卷。永樂四年(公元1406年)成祖問起南京文淵閣的藏書情況，學士解縉說「尚多闕略」。成祖聽後便說：「士庶家稍有餘資，皆欲積書，況於朝廷乎！」《明史·藝文志》遂召禮部尚書鄭賜派人四齣求訪遺書，並指示不要計較價錢。永樂十九年(公元1421年)，明成祖遷都北京，命從南京文淵閣藏書中各取一部，共計100櫃，裝了十幾船，由陳循運往北京，其餘仍貯南京。據《西園聞見錄》記載，為了放置這些南來的圖書，明成祖另建一個文淵閣加以收藏。明宣宗朱瞻基十分重視藏書，又喜歡讀書，曾「臨視文淵閣，親披閱經史」。據《明宣宗實錄》記載，宣德八年(公元1433年)四月，為便於閱覽，宣宗命楊士奇、楊榮等從藏書中取出《五經》、《四書》及《說苑》之類圖書，分置於廣寒、清暑二殿及瓊花島(今北京北海公園瓊華島)。當時，文淵閣等秘閣藏書約二萬餘部，近百萬卷，其中3/10為刻本，7/10為抄本。明英宗正統六年(公元1441年)，楊士奇主持查勘了文淵閣、東閣的藏書，編出《文淵閣書目》，書目共著錄圖書43200餘冊，約7000餘種。據《明史·藝文志》記載，這批「秘閣書籍，皆宋、元所遺，無不精美，裝用倒折，四周向外，蟲鼠不能損」。明英宗正統十四年(公元1449年)，南京宮殿失火，所藏宋元以來善本焚毀俱盡。從此明代的國家藏書開始走下坡路。這與皇帝的態度直接相關。由於後來的皇帝對藏書不重視，管理不善，損壞盜竊之事屢屢發生。據《萬曆野獲編》載，明武宗正德年間，主事李繼先借整理文淵閣藏書的機會，盜竊精本；內閣大學士們更是只借閱而不歸還，這些情況不斷出現，致使國家藏書銳減。嘉靖時，御史徐九皋曾上書建議明世宗朱厚熜〔g匆〕派人「查歷代藝文志書目參對，凡經籍不備者，行士民之家，借本送官繕寫」(《萬曆野獲編·訪求遺書》)，被明世宗拒絕。明神宗萬曆三十三年(公元1605年)，孫能傳、張萱等清理文淵閣藏書，並編出《內閣書目》八卷。該書目所著錄的圖書與英宗正統六年所編的《文淵閣書目》記載的圖書相比已「十不存一」，相距甚遠。明末動亂，在兵燹戰亂中北京宮中藏書損失慘重，「宋刻之鐫〔juan捐〕，胥歸殘闕」。《永樂大典》原抄本從南京運來，一直藏於宮中文樓，全部毀失。
明代除宮內藏書外，中央政府的各部、院、國子監以及地方各府、州、縣官署都有一定的藏書。其中不少是朝廷頒發的書，如永樂十五年(公元1417年)曾經「頒《五經》、《四書》、《性理大全》於兩京六部、國子監及天下府、州、縣學」。當然各地官署藏書多寡有很大的不同。
清兵入關，明朝滅亡。鑒於明末圖書損失較大，清世祖遂於順治十四年(公元1657年)「詔直省學臣購求遺書」。清康熙二十五年(公元1686年)，皇帝又詔求經學史乘等書，但都收效甚微。原因是漢族知識分子與滿族封建統治者對立情緒嚴重，加之清政府雖有求書的詔令，但無切實的措施，所以宮中藏書增長很慢。後來清朝在編修各種類書中，通過多種渠道徵集圖書，使藏書達到封建社會的頂峰。
對於學術與文化，清政府採取各種辦法，進行控制。首先，提倡尊崇孔子與程朱，既以此限制人民自由思想，又以此來緩和與漢族知識分子的矛盾。康熙時，重刊《性理大全》，編印《朱子全書》與《性理精義》，重用所謂理學名臣李光地、湯斌等。康熙、乾隆二帝都親自到典阜祭祀孔子。尤其是乾隆皇帝，前後祭孔竟達九次之多；其次，查禁對清朝不利的書籍，如宋人攻擊女真、明人涉及清朝先祖及有關忌諱之書，依照情況，或部分抽毀或全部銷毀，乾隆三十八—四十六年(公元1773—1781年)八年間共收繳書板67000多塊，全部焚毀。再次，大興文字獄。最著名的是《南山集》案。翰林院編修戴名世撰《南山集》，多采方孝標《滇黔紀行》中所述南明事獲罪。戴名世被殺，其時方孝標早已死去，竟令開棺戮屍，被株連殺死的100餘人，流放的達數百人。在這樣的文化政策下，相應地有兩種情況出現：一方面不少學者因怕觸犯時諱而避免接觸現實，於是考據學大盛；另一方面，清朝統治者為控制臣民思想、籠絡知識分子，寓禁書於修書。從康熙帝起多次下令編纂各種書籍，著名的有類書《淵鑒類函》450卷，辭書《佩文韻府》444卷，詩總集《全唐詩》900卷，還編大型類書《古今圖書彙編》，後經雍正朝重修，改名為《古今圖書集成》，共一萬卷。其中最大的當屬《四庫全書》。在編修這些圖書的過程中，徵集圖書。如乾隆三十七年(公元1772年)正月四日，頒發徵求圖書的諭旨，規定了征書範圍與辦法。在乾隆帝的親自督促下，安徽學政朱筠率先行動，訪得遺書，獻給朝廷，隨後各省相繼行動。乾隆三十八年，征書活動全面展開。藏書家及經辦征書的官員一怕文字獄，二怕政府無信，背棄歸還原本的諾言，所以在一個時期所得圖書不多。針對這一情況，乾隆屢屢降旨，加以解釋。說「豈有下詔訪求遺籍反於書中尋摘瑕疵、罪及藏書之人乎？」申明「即有忌諱字面，也與藏書人並無關涉」。針對怕借走不還的顧慮，乾隆帝規定各家獻書所到之日，在書的封面上加蓋翰林院圖章，註明進書年月、官員、圖書主人。並依此另造一冊，逐一登記。待發還之日，按冊與所獻之書各項核對。如有交發不明，唯督撫是問。由於實行這些措施，所以在乾隆三十八年(公元1773年)五月以後，大批圖書到達北京。為了促使藏書家獻出數量更多質量更好的書，乾隆帝規定了一些頗具吸引力的辦法，推動了整個獻書活動。乾隆的辦法主要有三個：一曰皇帝題辭。規定獻書百種以上者，擇其精本，請皇帝閱覽，親為評詠，題識簡端，並將此書先交書館錄抄，再將原書發還。二曰賞賜圖書。當時幾部官修大型書籍剛剛問世，社會上還很難得到。乾隆遂對浙江鮑士恭、兩淮馬裕等四家進獻圖書500種以上的藏書家各賜《古今圖書集成》一部，其他進百種以上的賜《佩文韻府》一部。三曰《總目》留名。乾隆三十九年七月規定，凡獻書人收藏達百種以上者，可稱之為藏書家，將其姓名附載於各書提要之後。由於實行了上述三個辦法，滿足了藏書者的心理與嗜好，極大地激發了他們獻書的積極性。至乾隆三十九年八月，各地到京圖書多達一萬種以上。這是我國古代征書最成功的一次，極大地充實了國家書庫。
清襲明制，沒有設立專門的國家藏書機構，但南北七閣起了相當重要的作用。除翰林院、國子監皆有藏書外，國家圖書多置於宮廷之內，由內務府有關機構管理，故稱內府藏書。內府圖書分藏各處：皇史宬〔g成〕收藏本朝實錄、玉牒與《大清會典》；內閣專收過去明朝的文獻、檔案及歷朝實錄；昭仁殿專收宋、金、遼、元、明的善本；武英殿設有修書處，所刻之書皆在此保存，這類書叫武英殿本，簡稱殿本，是國家殿本書庫。另外，在坤寧宮後的摛〔chi赤〕藻堂藏《四庫全書薈要》，這是從《四庫全書》中精選出的善本書。此外，養心殿、南熏殿、紫光閣、南書房等處均有藏書。1929年清理清代宮廷藏書有13081部，195732冊。
在清代國家藏書中，南北七閣藏書佔有重要地位。南北七閣，是指北京紫禁城內的文淵閣、圓明園內的文源閣、承德避暑山莊的文津閣、盛京(今瀋陽)故宮的文溯閣、鎮江金山寺的文宗閣、揚州大觀堂的文匯閣和杭州西湖聖因寺的文瀾閣。前四閣位於北方故稱之為北四閣，後三閣位於南方稱為南三閣。乾隆帝在決定建立北四閣時，為防火、防潮、防蟲，曾派人赴寧波了解天一閣的情況。北四閣建築就是仿照天一閣建造的。文津、文源、文淵於乾隆三十九年至四十一年(公元1774—1776年)建成。文溯閣建成於乾隆四十七年(公元1782年)。文宗、文匯、文瀾三閣分別建於乾隆四十四年至四十九年(公元1779—1784年)。南北七閣都收藏有《四庫全書》和《古今圖書集成》。如果說北四閣是皇家藏書樓，一般士子難得閱讀的話，南三閣則有不同。乾隆帝認為江浙為人文淵藪〔sou 叟〕之地，為便於當地士子「就近觀摩謄錄