三國時東吳郵驛的最大特點是水驛的出現。吳國的統治中心在江南水鄉，境內多有水道，所以當地的郵驛水陸兼行。當時周瑜在柴桑駐紮，孫權要找他共商軍國大事，就通過水驛去召見他。那時吳蜀間的往來比較密切，交通也要靠船。北方曹魏方面若有使者來吳，有時也靠水驛乘船。人們都熟悉《三國演義》中蔣干盜書的故事，蔣干就是駕一葉小舟來到周瑜大營的。
南方的水驛，到兩晉時候得到進一步發展。東晉時江州一帶水陸兩驛相兼。陸上的驛路十分齊整，兩旁栽種楊柳，號為「官柳」，從九江到南京全部為江行水驛。那時水路速度很快，一天一夜約可行船300里。
到南朝時，江南水驛尤為發達。不少書信公文的運輸和官員出使，全由水路。水驛甚至發展到用於和西域各國的通信聯繫。據史學家唐長孺先生考證，當時有一條從南朝首都金陵出發的「河南路」，即先從水路西溯巴蜀，然後再逆江而行，穿過今青海到達西域各國。
南朝還通過水驛或海上運輸，加強了和鄰國朝鮮、日本的經濟文化聯繫。南朝劉宋政權，日本與之海上通使八次。南齊時，中原和高麗國也是「乘舶泛海，使驛常通」(《南齊書》卷五八《高麗傳》)。當時很可能是高麗國使先從山東東萊登岸，再兼行郵船和驛傳南行到南朝。
水驛也逐漸在北方發展起來。史書記載在北魏時，有水路運輸，一晝夜可兼行數百里。北朝在渡口處設有「津吏」，專門管理水驛的通行。
水驛到隋唐時，得到了更大的發展。