中國古代書院，自唐末五代，經宋、元、明、清，延續1000餘年，在中國封建社會中後期學術文化思想和教育培養人才方面產生過重大影響，形成了一套優良的傳統，積累了寶貴的經驗，作出了重要的貢獻。然而在清末中日甲午戰爭之後，隨著西方列強入侵，民族危機日益加深。在西學東漸的刺激下，學習西方，富國強兵，救亡圖存的革新浪潮日高。封建教育日趨腐敗，書院教育也「弊已積重，習亦難返」，不改革已無出路。
早在甲午戰爭之前，有識之士，如鄭觀應、湯震就曾提出「仿照泰西程式」改革書院的主張。甲午戰爭之後，改革書院的呼聲和行動更加強烈和普遍。
甲午戰爭，中國慘敗，中國人民在痛苦中驚醒，要自強必變法，欲變法關鍵在興學育才，已成為國人的共識。而廣立學校，「所費必多」。有人指出：「今國家正值患貧，何處籌此巨款？」人們很自然想到，改革書院，利用書院已有的基礎和條件，以實現儘快興學育才的目的，不失為一大良策。當時，全國各省及府州縣都設有書院，「多者十數所，少者一二所」，並且各有經費，這樣，「因舊增廣，則事順而易行，就近分籌，則需少而易集」，對現有書院進行改革，或加以變通整頓，或直接改為學堂，無需更多經費，同樣可以儘快實現興學育才的目的，這是一條「興學至速之法」。
清末書院自身的頹敗，自然是書院改革的內在根據。清代書院除少數獨具特色的之外，絕大多數變成科舉的附庸，「書院專究制藝，不務實學，乃一無足稱矣」。各書院師資猥雜，多為濫竽充數之輩，書院「所延多庸陋之師」，「以疲癃〔long龍〕充數」，「惟以脩脯為事」，「未嘗奉教一言」，「經史子集詩賦古文之旨，茫無所解。」結果造成「學生無所問難，院規無所整肅，士習由此敗壞。」書院生徒「往往專為膏火獎賞而來」，忘本逐末，「動輒計較錙銖，忿爭攻訐，頹廢無志，紊亂學規，剽襲冒名」。書院已遠非育才之所，反而助長惡習，損德毀行，喪失了興學育才的作用，因此，改革書院已是勢在必行之舉了。
最早提出書院改學堂建議的是早期改良主義者鄭觀應(公元1842—1921年)，他在《盛世危言》一書中說：「中國自州、縣、省會、京師各有學宮書院，莫若仍其制而擴充之，仿照泰西程式，稍為變通。文武各分大、中、小三等，設於各州、縣者為小學，設於各府、省會者為中學，設於京師者為大學。」但是，鄭觀應的《盛世危言》一書直到1894年3月才正式刊行，這一建議在很長一段時間，未能在社會上產生實際影響。
鴉片戰爭後，這種主張再次被提出。光緒二十一年(公元1895年)順天府府尹胡燏棻〔yufen玉紛〕(公元？—1906年)在《變法自強疏》中提出十條建議，其中第十條即為「設立學堂以儲人才」。他認為泰西各國，人才輩出，其大本大源，在於廣設各類學堂，學習各種實用知識。反觀中國，各省雖也設立書院義塾，但於八股試帖詞賦經義之外，一無講求，明知其無用，又沿襲不改，「人才消耗，實由於此」。他建議：「特旨通飭各直省督撫，務必破除成見，設法變更，棄章句小儒之習，習經濟匡世之才，應先舉省會書院，歸併裁改，創立各項學堂……數年之後，民智漸開，然後由省而府而縣，遞為推廣，將大小各書院，一律裁改，開設各項學堂。」
第二年，即光緒二十二年(公元1896年)刑部左侍郎李端棻(公元1833—1907年)在《奏請推廣學校折》中，也提出類似的建議。他說：「各省及府州縣率有書院，歲調生徒入院肄業，聘師講授，意美法良。惟奉行既久，積習日深，多課帖括，難育異才，今可令每省每縣各改其一院，增廣功課，變通章程，以為學堂。書院舊有公款，其有不足，始撥官款補之。因舊增廣，則事順而易行。就近分籌，則需少而易集。」
胡、李兩人建議，引起朝野重視，但認為「裁改書院一事，關係人才之消長，學術之純疵，不可不熟籌審議」，應采慎重態度。
直到光緒二十四年(公元1898年)康有為(公元1858—1927年)再次提出：「各直省及府州縣，咸有書院，多者十數所，少者一二所，其民間亦有公立書院、義學、社學，學塾，皆有師生，皆有經費。惜所課皆八股試帖之業，所延多庸陋之師，或擁席不講，坐受脩脯者，……莫若因省府州縣鄉邑，公私現有之書院、義學、社學、學塾，皆改為兼習中西之學校，省會之大書院為高等學，府州縣之書院為中等學，義學、社學為小學。」(《請飭各省改書院淫祠為學堂折》，原載《知新報》)光緒皇帝接受了康有為的建議，七日後即發布上諭：「即將各省府廳州縣現有之大小書院，一律改為兼習中學西學之學校。至於學校階級，自應以省會之大書院為高等學，郡城之書院為中等學，州縣之書院為小學，皆頒給京師大學堂章程，令其仿照辦理。其地方自行捐辦之義學社學等，亦令一律中西兼習，以廣造就。」(《光緒朝東華錄》四，中華書局本)
也有人認為書院確已無裨實用，但「不探其本，眩於新法，標以西學之名，督以西士之教，勢必舉中國聖人數千年遞傳之道術而盡棄之，變本加厲，流弊何所底止」(《皇朝經世文編》卷五，《胡聘之請變通書院章程折》)。因此，既反對「深詆西學者」，也不贊成「過尊西學者」。不必盡改書院為學堂，最好就現有書院加以改革。如：山西巡撫胡聘之和山西學政錢駿祥就主張：大量裁汰書院，重新審核書院經費，重新更定書院章程，延聘碩學通儒擔任書院教授，更改書院教學內容和課程。翰林院庶吉生熊希齡認為：「書院積弊太深，由於山長無人」，「學術之衰，由於無師」。他在《為整頓通省書院與黃膺等上陳寶箴書》中提出七條建議，即定教法、端師範、裁乾脩、定期限、勤功課、嚴監院、速變通。翰林院侍講學士秦綬章也提出整頓書院的三項措施，即：定課程、重師道、核經費。定課程受到特別重視，他提出書院應設六門課程：經學(經說、講義、訓詁)、史學(時務)、掌故之學(洋務、條約、稅則)、輿地之學(測量、圖繪)、算學(格致、製造)、譯學(各國語言文字)。在保留中國傳統課程之外，增加西學課程。
還有人認為書院改革的著眼點不是變通整頓舊書院，而應著力於另闢蹊經，主張創設新型的實學書院，否則「勢難驟為更張」。如：浙江巡撫廖壽豐於光緒二十三年(公元1897年)請求設書院兼課中西實學；陝西巡撫張汝梅和陝西學政趙維熙於光緒二十二年(公元1896年)也提出在陝西創設格致實學書院。廖壽豐在杭州創設了求是書院，聘中西教習，兼修中西實學。陝西涇陽創設崇實書院，兼習中西課程。
對於改革書院的三種辦法，朝廷起初並未明確表態，而是將書院改學堂、整頓改革、創設新型書院的意見，「一併通行各省督撫學政，參酌採取，以擴舊規而收實效」。各地根據自己的認識和本地實情，採取了不同辦法，如：張之洞在湖廣改書院為學堂；也有的另設新型書院，更多的是對原有書院進行整頓變通。有的增設時務齋，如：陝西味經書院規定除經史訓詁外，必須學習外國教門風土人情、各國歷史、萬國公法、外國語言文字，對輿地、製造、兵事、電氣、光鏡、化學、醫學、礦學、氣球、氣鍾、算學、重學等「均須各佔一門，積漸學去」。江西友教書院全裁童卷，改設算科，聘算學教師，招收算學生。湖南校經書院增設天文、輿地、測量、光化、礦電等設備和課程。湖南嶽麓書院也增設掌故、算學和譯學。此外，如湖南常德德山書院、江蘇江寧惜陰書院和文正書院、蘇州正誼書院和平江書院、雲南經正書院、廣西經古書院都在不同程度上進行了改革，多數是增設新課程，尤以算學為多。
光緒二十四年四月二十三日(公元1898年6月11日)光緒皇帝在百日維新運動中通令全國，書院一律改為學堂。各省均遵旨奉行。貴州巡撫王毓藻在皇帝上諭發布前七天，改省城學古書院為經世學堂。山西巡撫胡聘之將省會令德書院改為省會學堂。兩江總督劉坤一在創設新式學堂的同時，將鐘山、尊經、惜陰、文正、鳳池、奎光等六所書院分別改為府縣學堂。江蘇學政瞿鴻機〔ji機〕將江陰南菁書院改為高等學堂。直隸總督榮祿將保定蓮池書院改為省會高等學堂，另將天津集賢書院改為北洋高等學堂，將會文、三取、稽古合併改為天津府中學堂、天津縣小學堂，問津、輔仁二書院也改為學堂。
但是，由於維新變法運動的失敗，慈禧廢除新政，一是恢複八股考試，一是停止書院改學堂，令「各省書院請照舊辦理，停罷學堂」。
書院改學堂雖被迫中止，但書院改革已是大勢所趨，書院雖稱「照舊辦理」，但事實上已經不可能了。
光緒二十六年(公元1900年)八國聯軍入侵京城，朝廷被迫西逃，萬般無奈，慈禧太后也不得不贊成變法，承認「取外國之長，乃可補中國之