清代絕大多數書院已演變成同官學無區別的考課式書院，並同官學一樣淪為科舉的附庸。但也有幾所獨具特色、影響極大，在學術史和教育史上佔有重要地位的書院。
甬上證人書院是明清之際傑出的早期啟蒙思想家、著名教育家黃宗羲創辦的。康熙七年(公元1668年)，黃宗羲應眾門人之請，赴寧波講學，遂創甬上證人書院。
甬上證人書院原為甬上證人講社，又稱甬上講經會、甬上五經會。
甬上，即以寧波為中心的浙東一帶，素有結社講論之風，故家子弟多結文社。先後有秋水社、澹園社、文業之會，又有策論會。康熙六年(公元1667年)策論會曾聯合甬上27人，集體到餘姚黃竹浦向黃宗羲拜師求學，返回寧波後，成立講經會，根據黃宗羲「受業者必先窮經，經術所以經世」的思想作為講經會的宗旨。
講經會一反明中後期「高談性命，直入禪障，束書不觀」的學風，認真研讀儒家經典，反而招致「闔郡驚疑」，甚至有人「間出違言」。黃宗羲為了支持講經會，欣然應邀至甬上講學，正式創立甬上證人書院，並親主教席。
甬上證人書院不設固定的院址和講堂。多借僧寺、祠堂，或在學生家中講習，頗像一個流動的講學團體、學術團體。
黃宗羲在甬上證人書院講學，強調窮經、讀史、經世，力改明末空疏浮華淺薄的鄙陋學風。全祖望在《甬上證人書院記》中指出：「先生始謂學必原本於經術，而後不為蹈虛，必證明於史籍，而後足以應務，元元本本，可據可依。」重視發揚經史致世的學風，是黃宗羲學術思想的一大特色，也是甬上證人書院的獨特學風。
甬上證人書院，除重視經史、文學之外，還重視天文、地理、數學等自然科技知識的傳授，有弟子回憶說：「維時經學、史學以及天文、地理、六書、九章至遠西測量推步之學，爭各磨厲，奮氣怒生，皆卓然有以自見。」(鄭梁：《寒村雜錄·寒村七十壽序》)以經術為本，輔之以史學、文學，以及天地律算諸學，歸之於「經世」、「應務」，因而使「講堂痼疾，為之一變」。
黃宗羲在甬上證人書院教學中，提倡學生獨立思考、自由發揮，不唯司講者從，不專主一家之說，而要「參伍而觀」，「積思自悟」。這正是黃宗羲明顯的實學思想和初步民主意識在書院講學中的表現。
顏元，明末清初著名的早期啟蒙思想家和卓有貢獻的教育家。其思想特點是重習行而不尚空談，因而改號習齋。 一生潛心自修，邊事稼圃，邊讀書教學，不喜交際，不慕名利。他最得意的弟子是李塨〔gong工〕。後人稱其師生的學說為「顏李學派」，其突出特色是「實」，強調「實文，實行，實學，實用」。在教育上強調習、行、動。
漳南書院，原為河北省肥鄉縣屯子堡所建的一所義學，縣丞許三禮題此義學為「漳南書院」，郝文燦主持該學，因問學者日眾，感到有必要另覓師長，以滿足來學者的求學要求和願望。康熙三十三年(公元1694年)，郝文燦遠涉數百里之遙到河北博野造訪顏元，意欲聘請顏元前往主持漳南書院。開始顏元未應，後經反覆力請，顏元才答應受聘，赴漳南書院任教。但因漳水時常洪水泛濫，終於將院舍沖毀。顏元在漳南書院任教僅四個月，即歸里還鄉。
顏元在漳南書院任教的第一天，即在歡迎他講學的開講儀式上，講讀了他精心準備的《習齋教條》，表示要在漳南書院推行周公、孔子的六藝之學。他說：
昔周公、孔子，專以藝學教人。近世士子惟業八股，殊失學教本旨。凡為吾徒者，當立志學禮、樂、射、御、書、數，及兵、農、錢、谷、水、火、工、虞。予雖未能，願共學焉。一六日課數，三八日習禮，四九日歌詩習樂，五十日習射。」只在二七日習八股舉業。(《顏習齋先生年譜》卷上，商務印書館《叢書集成》初編本)
顏元在漳南書院最有價值的工作，就是為漳南書院制訂了一個宏偉的遠景發展規劃。
請建正庭四楹，曰習講堂。東第一齋西向，牓曰文事，課禮樂書數，天文、地理等科；西第一齋東向，牓曰武備，課黃帝、太公以及孫吳五子兵法，並攻守營陣陸水諸戰法，射御技書等科。東第二齋西向，曰經史，課《十三經》、歷代史、誥制章奏、詩文等科；西第二齋東向，曰藝能，課水學、火學、工學、象數等科。其南相距三五丈為院門。懸許公「漳南書院」匾，不輕改舊稱也。門內直東曰理學齋，課靜坐、編著程朱陸王之學。直西曰帖括齋，課八股舉業，皆北向。以上六齋，齋有長，科有領，而統貫以智仁聖義中和之德，孝友睦姻任恤之行……置理學、帖括北向者，見為吾道之敵對，非周孔本學，暫收之，以示吾道之廣，且以應時制。俟積習正，取士之法復古，然後空二齋，左處賓價，右宿來學。(《顏李叢書·習齋記余·漳南書院記》)
顏元以復古的形式，構想了一個近代分科大學的藍圖。雖未能得以實施，但卻提供了一幅發人深省的近代教育的早期理想模式。
阮元(公元1764—1849年)是清代考據學派的代表，這一學派在乾隆、嘉慶年間發展到高峰，故又稱乾嘉學派。其學術宗旨為「崇宋學之性道，而以漢儒經義實之」，以六經為根柢，由古書文字音訓求義理，故也稱漢學或樸學。
清代自雍正十一年(公元1733年)以後，積極興辦省城和州府縣官辦書院，書院數量大增，然而書院固有的講學傳統幾乎喪失殆盡，師徒醉心於應考的時文帖括，只求功名，不務實學。引起眾多有識之士的憂慮和不滿，尋求改革的呼聲日起，人們積極探索改革的途徑。如：程廷祚(公元1691—1767年)在《上李穆堂先生論書院書》中，要求天下書院慎選山長，並「仿蘇湖、白鹿之遺意以為教，入其中者先行誼而治經治史、務使各盡其材，以核其實，而勿責以科舉之文」。乾隆二十四年(公元1759年)陳宏謀(公元1696—1771年)為紫陽書院新訂條規，要求「每月課文兩次，講書六次，或四書，或經，或史，不拘長短」。錢大昕、楊繩武、盧文弨〔chao超〕、章學誠等都曾進行過改革，中心思想是「窮經學」，「通史學」，「博文道古」，「通經致用」，以摒棄舉業時文，但均未能從根本上扭轉書院淪為科舉附庸的局面。正是在這種背景下，阮元走上了弘揚漢學，恢複書院優良傳統的道路。
阮元從青少年起就不滿意「徒鑽時藝」的學風，決心窮究經學，廣泛涉獵自然科學，接觸西方數學和天文學。嘉慶五年(公元1800年)在出任浙江巡撫時，大膽進行書院改革，在杭州西湖孤山之麓，就昔日編纂《經籍纂詁》時的舊屋50間，創立新型書院，名為「詁經精舍」，「選高材生讀書其中」，「專肄經史辭賦，一洗舊習」。道光元年(公元1821年)阮元在任兩廣總督時，又親自選址，在廣州城北粵秀山上，開「學海堂」課士。
詁經精舍、學海堂的指導思想是「以勵品學，非以弋功名」，不務浮華，專勉實學。教學內容以經史為主，小學、天部、地理、演算法等兼顧。阮元強調「士子讀書當從經學始」，「欲論經濟，舍經史未由也」。而要通經，只能由訓詁通義理，「舍詁求經，其經不實」，只有掌握訓詁考據之功，才能「庶免鑿空逃虛之病」。但是，阮元極力反對為訓詁而訓詁，為考據而考據。他認為：「聖賢之道，無非實踐」，「凡所論述，期實有濟於用」，「通天地人之道」者才配稱為「儒」。所以，詁經精舍、學海堂不僅傳授經史、蒼雅、星緯、金石、考訂、文藝之學，而且傳授兵刑漕河等經濟之學。
詁經精舍、學海堂在教學方法上也有不少創新，首先，阮元雖親自任教，更強調教師共同研究，「各用所長，協力啟導」，以免門戶派別之偏見。其次，教學以學生自學和獨立研究為主，鼓勵學生「識精而思銳，不惑於常解」，提倡集體講議，辨難同異。再次，注重培養學生虛心、務實的學風。阮元反覆強調：「講學是非須實事，讀書愚智在虛心」，「不能實學者，先入之見填滿於胸，不虛心求是非，終於愚而已」。
在清代，絕大多數官學、書院學風腐敗，不務實學，專事舉業的惡劣環境中，阮元能夠堅持「以轉移末流之失，於以崇實學，育英才，厘而工之，將以驅而一之」，實在難能可貴！