明中葉書院的興盛和講會制度的發展，曾經帶動了學術的活躍，激發了知識分子關心國家民族前途命運的熱情，也招致統治集團的恐懼，從而採取了連續禁毀的極端措施。
清代統治者在統一全國之後，吸取明代的經驗教訓，對書院採取了嚴格的限制措施。順治九年(公元1652年)就通令「不許別創書院群聚徒黨，及號召地方游食無行之徒，空談廢業」。但是，書院在文化教育事業的發展中已佔有極重要的地位，特別是在漢族知識分子中有重要影響，簡單的禁令又會加劇社會矛盾，所以又在嚴密控制下有限度地允許書院講學，並且開始表彰某些書院，如：順治十四年(公元1657年)應湖南巡撫袁廓宇之請，修復衡陽石鼓書院，以「表彰前賢，興起後學」。康熙二十六年(公元1687年)手書「學達性天」匾額賜給朱熹當年所建武夷五曲書院、婺源華陽書院、廬山白鹿洞書院和長沙嶽麓書院。二十九年(公元1690年)，又手書「大儒世澤」匾及「誠意正心闡鄒魯之實學，主敬窮理紹濂洛之心傳」的對聯，賜給福建考亭等書院。六十一年(公元1722年)，再書「學宗洙泗」匾額賜蘇州紫陽書院。透露出支持尊崇程朱理學書院發展的意向。但直到雍正十一年(公元1733年)仍宣稱：「至於設立書院，擇一人為師，如肄業者少，則教澤不廣；如肄業者多，其中賢否混淆，智愚雜處，而流弊將至於藏垢納污。」因此，對請求聘師建書院者，仍是「部議不準」。對私人創辦書院仍嚴加限制。
從雍正十一年起，在禁止私人創辦書院的同時，卻開始提倡官辦書院，首先在各省會所在地興建或恢複書院一二所，並撥給帑金以資膏火。雍正十一年世宗諭令：
近見各省漸知崇尚實政，不事沽名邀譽之為，而讀書應舉者亦頗能屏去浮囂奔兢之習，則創建書院，擇一省文行兼優之士，讀書其中，使之朝夕講誦，整躬礪行，有所成就，遠近士子觀感奮發，亦興賢育才之一道也。督撫駐紮之所，為省會之地，著該督撫商酌奉行，各賜帑金一千兩。將來士子群居讀書，須預為籌劃，資其膏火，以垂永久。其不足者，在於有公銀內支用。封疆大臣等並有化導士子之職，各宜殫心奉行，黜浮崇實，以廣國家菁莪棫樸之化，則書院之設，於士習文風，有裨益而無實弊，乃朕之所厚望也。
根據這則諭令，各省陸續興辦書院，並使之成為省內的最高學府。先後修復或創建的書院有：保定蓮池書院、濟南濼源書院、太原晉陽書院、開封大梁書院、南京鐘山書院、蘇州紫陽書院、南昌豫章書院、杭州敷文書院、福州鰲峰書院、武昌江漢書院、長沙嶽麓書院、長沙城南書院、西安關中書院、蘭州蘭山書院、成都錦江書院、肇慶端溪書院、廣州粵秀書院、桂林秀峰書院、昆明五華書院、貴陽貴山書院、北京金台書院、桂林宣成書院、瀋陽瀋陽書院，共23所。
在這之後，各府、州、縣也紛紛設立書院，「或紳士出資建立，或地方官撥公帑經理，俱申報該管官查復。」各級書院多被納入了官學的軌道。
乾隆年間(公元1736—1795年)，屢有詔諭，乾隆關心書院發展，命督撫、學政慎選山長，獎勵成績卓著者，要求加強對書院的管理，如：乾隆元年(公元1736年)諭：
書院之制，所以導進人才，於學校所不及……該部即行文各省督撫學政，凡書院之長，必選經明行修，足為鄉士模範者，以禮聘請；負笈生徒，必擇鄉里秀異，沉潛學問者，肄業其中，其恃才放誕，佻達不羈之士，不得濫入書院中。酌仿朱子《白鹿洞規條》，立之儀節，以檢束其身心；仿《分年讀書法》予之桯課，使貫通於經史。有不率教者，則擯斥勿留。學臣三年任滿，咨訪考核，如果教術可觀，人才興起，各加獎勵。六年之後，著有成效，奏請酌量議敘。諸生中材器尤異者，准令薦舉一二，以示鼓勵。
清代統治者在鼓勵書院發展的同時，也加大了控制的力度。書院逐步變成僅是「廣學校之不足」的官學附庸，書院主持者和主講人多不再講學修德，只是應付科舉考試，讀書士子也多迷戀於八股試帖，領取膏火。衡量書院成敗得失也多以登科人數多少為準。 書院講學的主動性大為降低，學風日漸腐敗。統治者自己也不得不承認，書院山長，「遂致徇情延請，有名無實」，教學「其日所咿唔者，無過時文帖括」，生徒一味追求「微末之膏火，甚至有頭垂垂白而不肯去者」，「各省書院，日就廢弛，均系有名無實。」
儘管如此，清代書院的發展並非全無成就。清代書院發展也有許多新的特點。
首先，清代書院數量空前，分布地域甚廣。曹松葉在《宋元明清書院概況》中統計，清代書院共有1800餘所，近人統計，清代書院3000餘所。不僅內地沿海各省區廣建書院，許多邊遠省份和少數民族聚居之地也建有不少書院，如：吉林、黑龍江、青海、新疆、寧夏都有書院。特別是台灣地區，清代創立的書院60餘所，據連橫所著《台灣通史》載列海東書院、崇文書院、南湖書院、正音書院、引心書院、蓬壺書院、李樓書院、鳳儀書院、屏東書院、玉峰書院、宏文書院、白沙書院、文開書院、龍門書院、蘭田書院、英才書院、登瀛書院、明道書院、學海書院、明志書院、仰山書院、崇基書院、文石書院等共23所。
其次，官辦書院占絕大多數，除各級官府以公銀建立外，也有各級官員出私產創建者。據曹松葉統計：清代書院1800所，地方官府創辦1088所，佔60.44%；督撫創辦186所，佔10.33%；中央京師創辦6所，佔0.33%；敕奏創辦(朝廷特批)101所，佔5.61%，合計官辦1381所，佔76.71%。民辦只有182所，佔10.11%。
再次，商人出資創辦書院增多。隨著商品經濟的發展，商人的社會地位有所提高，但中國長期存在「重儒輕商」的傳統觀念。不少商人在取得經濟地位後，也想在文化上，進而在政治上謀取一定的地位，因此希望子弟染被儒風，獲得科第功名，積極捐資贊助書院或支持官府專為商籍子弟開辦書院。如：杭州就有徽商與鹽運官員共同創辦的崇文、紫陽兩大書院。又如：安徽旌德縣洋川鎮譚子文早年曾棄學從商，乾隆五十八年(公元1793年)起籌建書院，傾其全囊，用銀20000餘兩，花費三四年時間建成規模宏大的毓文書院。又如：鹽商馬回琯〔guan管〕獨立出資，在甘泉書院舊址重建書院，稱梅花書院。廣州鹽商王貴購舊宅一所，佔地八畝余，建越華書院，「以備眾商子弟藏修息游之地。」此外，典當業、茶業、棉業、絲綢業的商人也有捐資建書院或為書院提供經費資助者。清代末年更有外國士商捐資建書院者，如：同治十三年(公元1874年)在上海創辦的格致書院，就是由外國在滬輪船公司捐資建成的。光緒年間(公元1875—1908年)，上海電報局總經理經元善出資創辦過經正書院。這預示著新的教育形態在逐步萌芽和成長。