明代後期的書院以徽州、江右、關中、無錫四處為最盛，其中無錫的東林書院更為著名。據說當時人們不知各地有書院，只知有東林，所有書院都被稱為東林。
東林書院原是程頤的門人楊時講學的地方。明萬曆三十二年(公元1604年)顧憲成就其地建東林書院，與高攀龍等就此講學。據記載：東林書院，也稱龜山書院，在無錫縣城東南隅。當顧憲成、高攀龍講學時，歲兩大會，月一小會，各三日，一切仿效白鹿洞書院學規，「遠近名賢，同聲相應，天下學者，咸以東林為歸」。
東林書院所形成的東林學派，基本上是以程朱理學為宗，反對王學末流的放誕、任性，不務實學，無所歸宿的陋習，主張人人提倡氣節，個個講求實學。「相與共圖興復」，「以崇先哲之懿範」，「坐收濂洛關閩之勝」。顧憲成親自製訂了《東林會約》，明確提出「飭四要、破二惑、崇九益、屏九損」。
「四要」為：知本、立志、尊經、審幾。
「二惑」為：不當惑而惑、不必惑而惑。
「九益」指講學有九大好處，如：以道義相切磋，使人耳目一新，精神振奮，廣見博聞，預籌未來，起舊圖新。
「九損」是指人們講學、治學中所常犯的毛病，提醒學者多加警惕，竭力避免，如：比昵狎玩，黨同伐異，假公行私，評議是非，談論瑣怪，文過飾非，多言人過，執事爭端，道聽途說。
東林書院聞名於當時，不僅因為其學術主張切中時弊，更重要的是它把學術活動同政治鬥爭密切結合在一起。積极參与當時的政治活動，擴大了書院的影響，提高了社會地位，也招來了反對者的忌恨。據《明史·顧憲成傳》記載：「當是時，士大夫抱道忤時者，率退處林野，聞風向附，學舍至不能容……其講習之餘，往往諷議朝政，裁量人物。朝士慕其風者，多遙相應和，由是東林名大著，而忌者也多。」
「諷議朝政，裁量人物」是東林書院樹立的新學風，東林書院不僅是一個教育組織，學術組織，而且成了一個輿論中心，政治活動中心。所以，當時凡是與東林書院有關係和有來往的人物，都被指控為「東林黨」，後來，甚至與東林書院全無關聯，只是與當權者意見不一，也被視為「東林黨」，而遭受迫害，黃宗羲在《明儒學案·東林學案》中說：「東林講學者不過數人耳，其為講院亦不過一郡之內耳，……凡一議之正，一人之不隨流俗者，無不謂之東林。若是乎東林榜標，遍於域中，延於數世。東林何不幸而有是也，東林何幸而有是也。」
正因為東林書院堅持「諷議朝政，裁量人物」的學風，遂招致一些當權者的忌恨。天啟年間(公元1621—1627年)，宦官魏忠賢專權，政治腐敗，屢興冤獄，製造東林黨案，殺戮左光斗等，遂殃及東林書院，進而魏忠賢更視所有書院都與東林為同黨，一律嚴令禁毀。史稱：天啟五年八月「拆毀天下書院，首及東林」，天啟六年，「御史徐復陽請毀講學書院，以絕黨根。」(《明史·熹宗本紀》)
東林書院遭受禁毀，已是明末第四次禁毀書院。早在嘉靖十六年和十七年(公元1537、1538年)，正當書院蓬勃發展之時，御史游居敬上疏，指斥南京吏部尚書湛若水，倡其邪學，廣收無賴，私創書院。建議禁毀其所創書院，以正人心。次年，吏部尚書許贊再次提出：「撫按司府多建書院，聚生徒，供億科擾，亟宜撤毀。」朝廷准其奏，令拆毀書院。
嘉靖十六年、十七年，連續兩次禁毀書院，均因當時在朝執政者多尊朱學，而反對王、湛之學，遂對王、湛等廣建書院，聚徒講學，懷恨在心，妄加罪名，嚴令禁毀，開啟了以政治手段壓制學術發展的惡例。
明末第三次禁毀書院，是在萬曆七年(公元1579年)張居正執政時。《明史》稱：「七年春正月戊辰，詔毀天下書院。」《明紀》記載稍詳：「七年正月戊辰，詔毀天下書院，自應天府以下，凡六十四處，盡改為公廨。」《明通鑒》更說明了禁毀的緣由。「七年春正月戊辰，詔毀天下書院。先是原任常州知府施觀民，以科斂民財，私創書院，坐罪褫〔si思〕職。而是時士大夫競講學，張居正特惡之，盡改各省書院為公廨，凡先後毀應天等府書院六十四處。」張居正禁毀書院的主要目的是整頓和強化思想控制。他在《請申舊章飭學政以振興人才疏》中說得十分明白：「聖賢以經術垂訓，國家以經術作人。若能體認經書，便是講明學問，何必又別標門戶，聚黨空談。今後各提學官，督率教官生儒，務將平日所習經書義理，著實講求，躬行實踐，以應他日之用，不許別創書院，群聚黨徒，及號召游食無行之徒，空談廢業。」張居正在《答南司成屠平石論為學書》中說得更加明白：「夫昔之為同志者(指當時在書院講授理學者)仆亦嘗周旋其間，聽其議論矣。然窺其微處，則皆以聚黨賈譽，行徑捷舉。所稱道德之說，虛而無當。莊子所謂其嗌言者若哇，佛氏所謂蝦蟆禪耳。而其徒侶眾盛，導趨為事。大者撼搖朝廷，(爽字去爻換女)亂名實，小者匿蔽丑穢，趨利逃名。」「群聚黨徒」，「空談廢業」，「徒侶眾盛，導趨為事」，是給書院妄加的罪名，「科斂民財」更是一個借口，實在原因是擔心書院講學會「撼搖朝廷，(爽字去爻換女)亂名實」。
第四次禁毀書院，即魏忠賢製造的禁毀東林書院，擴及全國書院，更具有明顯的政治色彩。
明代書院由明初的多年沉寂到明中期的空前興盛，又到明末的連續遭受禁毀，這種忽衰忽盛的曲折歷程，正好說明封建社會後期統治者政局不穩，已潛伏著深層的危機，很值得深思。