明初學術一宗程朱理學，有人稱：「明初諸儒，皆朱子門人之支流余裔」，「此亦一『述朱』，彼亦一『述朱』」，朝廷以推崇程朱理學，尊程朱理學為官方正統思想，「非代聖賢立言之學不講」。朱學日益支離瑣繁，僵化獃滯，毫無創見，毫無生氣。
正德元年(公元1506年)，王陽明在兵部主事任上因捲入宦官劉瑾與科道官戴銑等人的政治鬥爭，而遭貶謫至貴州龍場任驛丞。這為他提供了一個潛心學術，反思檢討理學的大好機會，於是他埋頭讀《易》，並招來遠近諸生相互講論，創龍岡書院。頒《教條》以示龍場諸生，以「立志、勤學、改過、責善」相激勉。他首先對朱熹的「格物致知」之說提出了大膽的懷疑，而一以「良知」為倡發，一時「士類感慕者雲集聽講，居民環聚而觀如堵焉，士慣用變」，轟動一時。
正德四年(公元1509年)王陽明應邀講學於文明書院，首倡「知行合一」之說，州縣子弟伏俊者紛紛前來求教，「設問答疑或至深夜，諸生環而聽講者數百計」。從此，王陽明的「良知」之論，「知行合一」之說風行各地，在社會上和學術界令人頗有耳目一新之感。自此之後，王陽明先後在江西修濂溪書院講學，「四方學者輻輳〔fucou服湊〕」；集門人於白鹿洞書院講學，「揭良知之教」，欲同門人共明此學；在浙江紹興知府南大吉支持和邀請下「辟稽山書院，聚八邑彥士」，湖廣、廣東、直隸、南贛、安福、新建、泰和等八方學者300餘人環坐而聽；又在廣西建敷文書院，傳播其「致良知」和「知行合一」之學。
王陽明的學術思想和活動，極大地推動了明中葉書院的蓬勃發展，書院的興盛也為王陽明學說的傳播提供了最適宜的形式和場所。陽明之學「東南景附」，「風靡天下」，弟子門人遍於國中，所建書院也就遍及各地。
浙中一帶，王門弟子甚眾，影響也極大。主要代表人物，有：錢德洪，早年即師從王陽明，同邑范引年等數十人會聚於中天閣，同學共進。嘉靖七年(公元1528年)王陽明出征廣西思田，他與王畿「居守越中書院」，此後，「在野三十年，無日不講學，江、浙、宣、歙〔she 社〕、楚、廣，名區奧地，皆有講舍。」王畿，從王陽明學，「林下四十餘年，無日不講學，自兩都及吳、楚、閩、越、江、浙，皆有講舍。」黃綰〔wan晚〕，從學於王陽明，主張以「良知」之說為核心，吸收朱學「學與思」的「實地工夫」，曾兩次與王畿展開「深辯」。吸引了眾多學者，活躍了書院的學術氣氛。此外，還有張元沖，為官江西時，辟正學書院，與東廓、洛村、楓潭聯講會，又建懷玉書院。程文德，被黜為信宜典史，應總督陶諧之邀，主蒼梧書院。
江右一帶，王門弟子眾多。黃宗羲曾說：「姚江之學，惟江右得其正傳，東廓(鄒守益)、念庵(羅洪先)、兩峰(劉文敏)、雙江(聶豹)其選也，再傳而為塘南(王時槐)、思默(萬廷言)，皆能推原陽明未盡之意。」(《明儒學案·江右王門學案》)
鄒守益是王學在江右的主要代表，一生從未間斷講學，先後築復古書院、白鷺書院等。他特別熱衷於聯講會，在復古書院講學，春秋兩季，「鄉大夫在郡邑者，皆入會」。「延同門王艮及諸賢講學興禮，風動鄰郡」，家居之後，「聚講」不輟，「大會凡十」，「常會七十」，「會聚以百計」，他的足跡遍及江南大部地區，尤其江西境內，弟子動輒「以千計」。
羅洪先(念庵)、聶豹(雙江)與歐陽德、鄒守益等都師事王陽明講求良知之學，建龍津書院講論，學者遠集而至，稱門人者半天下。聶豹在任福建巡撫時，建養正書院，「以明正學」。
鄒元標，陽明後學，曾因諫諍張居正而遭貶斥，又因上疏被謫貶南京三年，罷官家居，建仁文書院，聚徒講學。天啟初年，在京師建首善書院，與馮恭定一起講學其中，並成為東林黨的重要首領之一。
蘇皖一帶王門後學，被稱為「南中王學」。主要代表人物有：黃省會(五嶽)、朱得之(近齋)、唐順之(荊川)、徐階(存齋)等。蘇皖地區盛行講會，如：涇縣水西會，寧國同善會，江陰君山會，貴池光岳會，太平九龍會，廣德復初會，江北南樵精舍，新安程氏世廟會，泰州心齋講堂等，都是王門弟子書院講會的具體組織形式。
湖北一帶主要有蔣信(道林)、冀元亨(闇齋)等。蔣信早年從學於王陽明，後又學於湛若水，因此，主張「理氣、心性、人我，貫通無二」，兼有王學與甘泉學的思想成分。先後建正學書院與文明書院。學徒雲集。
山東、河南一帶也有王學傳人，如，穆孔暉(元庵)、尤時照(西川)、孟化鯉(雲浦)等，分別在願學書院、見大書院和湭〔qiu求〕西書院講學。
泰州學派是陽明學的一個重要學派，而在學術旨趣上又大有別於陽明學派，其代表人物多出於社會下層，主張「百姓日用即道」，具有濃厚的平民色彩，常被稱為王學「左派」，對後世影響極大，直到近代的不少激進的民主主義者均頗受其影響。泰州學派與明代書院的興盛關係也極為密切。王艮是泰州學派的重要代表，從正德十五年(公元1520年)起，追隨王陽明，朝夕相待，沿途聚講，先後在會稽築書院於城市中，又在廣德建復初書院「大會同志」，在泰州主持安定書院教事，後至金陵，與湛若水、呂柟〔nan南〕、鄒守益、歐陽德等講論於新泉書院。在王陽明去世後，弟子多前往會葬，而後，「大會同志，聚講於書院」，「四方從游者甚眾，相與發揮百姓日用之學」。何心隱，聞王艮為學立本之旨，遂放棄科舉仕途，專事聚徒講學，在京師，辟各門會館，招徠四方之士，方伎雜流無不相從。後為避官僚嚴嵩的迫害，蹤跡不常，所游幾半天下，南至八閩，東至杭州，西至重慶，到處聚徒講學，終被反對書院講學的張居正拘捕而死。羅汝芳，在任寧國府守時，宣講王陽明親訂之《南贛鄉約》，後在京師講學於廣慧寺，朝士多從之，致仕後「與門人走安成，下劍江，趨兩浙、金陵，往來閩黃，益張皇其學，所至弟子滿座，而未嘗以師席自居。」方學漸，曾任國子祭酒，後棄職專事講學，主教於紫陽書院，創製了《崇實會約》，對書院會講制度的發展有很大影響。周汝登，先後講學於天真書院、慈湖書院、鹿山書院，對書院講會貢獻頗多。
可以說，明代書院因王陽明及其後學講學而興盛，而明代書院的興盛也為王學的發展和傳播提供了機會和條件。