明代書院的發展與明代的文教政策有密切關係。
明代初年，在結束了元末以來社會動蕩不安的混亂局面，經過近百年的努力，經濟得以復甦和發展，政治和社會相對穩定，出現了所謂「洪永」盛世。在此期間，朝廷堅持「世治宜用文」的文教政策，集中精力發展官學和強化科舉考試，並且取得明顯的成效，官學教育得到空前的發展。據《明史·選舉志》稱：
明，天下府州縣衛所皆建儒學，教官四千二百餘員，弟子無算，教養之法備矣……蓋無地而不設之學，無人而不納之教，庠聲序音，重規疊矩，無問於下邑荒徼、山陬〔zou鄒〕海涯。此明代學校之盛，唐宋以來所不及也。
中央官學規模擴大，設施充備，制度完善，待遇優厚。有人稱：明代中央官學「規制之備，人文之盛，自有成鈞，未之嘗聞也」。地方各級官學也普遍設立，並採取一系列措施，調動入官學讀書的積極性，一度形成「家有弦誦之聲，人有青雲之志」的社會風氣。
正是在明代朝廷全力發展官學，強化科舉考試的文教政策導引下，造成了明初近百年書院備受冷落，陷入沉寂狀態。近代學者、書院史研究專家柳詒徵先生在《江蘇書院志初稿》一書中指出：「明初教士，一歸學校」，而「講學書院之風一變，其存者徒以崇祀先儒耳」。清代學者黃以周也曾說過：「學校興，書院自無異教；學校衰，書院所以扶其弊也。」
在這期間，有不少書院被併入地方官學或社學，連著名的白鹿洞書院，自元末毀於兵火，一直無人問津，竟然「昔日規制不可見，惟聞山鳥相呼，山鳴谷應，餘音悠揚，恍類弦歌聲」(《白鹿洞志》卷十二，《游鹿洞記》)。著名的嶽麓書院在明初也處於荒廢狀態：「破屋斷垣，隱然荒榛野莽間。」當時有人留下一首《書院廢跡》詩：「峨峨嶽麓山，前賢讀書處。世遠人亦亡，遺基盡荒穢。猶存北海碑，尚有南軒記。公暇一來過，徘徊髮長喟！」(《嶽麓志》)少數書院雖得以保留，主要是用作祭祀之所，如：洙泗、尼山書院只為祭祀孔子及其弟子，不復有講學之舉了。
自明憲宗成化年間至孝宗弘治年間(公元1465—1505年)，由於宦官勢力膨脹，政治日漸腐敗，社會矛盾加劇。官學教育和科舉考試弊端叢生。官學學生「但取食廩年深者」，「只有資格」、「不講學力」，「士風澆漓」、「不勝其濫」。在這種情況下，一部分朝臣和讀書士子擔心文教事業每況愈下，強烈要求朝廷採取措施，「頒布明詔，廣開言路，以振作鼓舞天下士氣」(《明通鑒》卷三十三)。同時著手恢複書院講學，以彌補或糾正官學和科舉之弊。如：成化元年(公元1465年)南康太守李齡在白鹿洞書院舊址增建房舍，招郡人子弟相約其中，聘著名理學家胡居仁掌教事，「名士弦誦其間，而風教始著」，並立規約六條，「正趨向以立其志，主誠敬以存其心，博窮事理以盡致知之方，審查幾微以為應事之要，克治力行以盡成己之道，推己及物以廣成物之功」。吸引「四方英明豪傑之士，相與講論，切磋於其間」(《胡敬齋集》)。又如：成化五年(公元1469年)長沙知府錢澍修復嶽麓書院，使「百數十年丘墟之地，頓覯大觀」，弘治七年(公元1494年)陳鋼、楊茂元繼續修復，至弘治九年(公元1496年)再次「辟道路，廣捨宇，備器用，增公田，儲經書」，以便「振文教於湖南，流聲光於天下」(《嶽麓志》卷七)。
白鹿洞、嶽麓兩座著名書院的相繼修復，確實起到了「流聲光於天下」的作用。朝廷也一改長期對書院冷漠的態度，主動提倡建書院，如：憲宗成化二十年(公元1484年)「命江西貴溪縣重建象山書院」，孝宗弘治二年(公元1489年)「以吏部郎中周木言修江南常熟縣學道書院」。這都標誌著明代書院全面興盛時期即將來臨。
明代正德年間(公元1506—1521年)，書院進入極盛時期。「縉紳之士，遺佚之老，聯講會，立書院，相望於遠近。」其直接原因是王陽明、湛若水等一批名流大師倡書院以聚徒講學。據《明史·王守仁傳》贊稱：「正嘉之際，王守仁聚徒于軍旅之中，徐階講學於端揆之日，流風所被，傾動朝野。」沈德符在其所著《野獲編》中也說：「自武宗朝(武宗朱厚照，年號正德)，王新建(王陽明被封為新建伯，故稱王新建)以良知之學，行江浙兩廣間，而羅念庵、唐荊川諸公繼之，於是東南景附，書院頓盛。」湛若水是一位「志篤而力勤」的教育家，55年間無日不授徒，無日不講學，「平生足跡所至，必建書院以祀白沙(陳白沙，湛若水之師)，從游者殆遍天下」。
有人統計，明代共建書院近1600所，其中正德年之前所建約500所，正德年之後所建約1100所。就是說，從朱元璋建明至正德元年(公元1368—1506年)近140年，所建書院，僅占明代書院總數的30%，正德之後同樣不足140年(公元1506—1644年)，所建書院占明代書院總數的70%。而正德、嘉靖兩朝(公元1506—1566年)共60年，卻建書院達634所，佔總數近40%，超過正德前140年所建書院的總和。在王陽明、湛若水等人及其弟子門人講學活動的主要地區，書院增設更盛，如：江西書院達265所，浙江也達173所，廣東(含海南)149所。三省之和近600所，佔全國書院1/3以上。連西北、西南等邊遠地區，如甘肅、寧夏、貴州、雲南等省區，也創建了不少書院，而且絕大部分為正德年之後所建。
正德、嘉靖兩朝對書院發展採取支持、鼓勵的方針，促使書院蓬勃發展，結果發展規模擴大，書院數量猛增，書院講學的宗旨和內容也出現不合官方意圖的趨勢。朝廷感到有失控的危險。尤其是不少書院被捲入朝野政治鬥爭的風浪中，引起朝廷的警覺，在某些政治勢力的操縱下，自嘉靖後期起，多次出現禁毀書院的事件。但是，書院具有強大的社會影響力和生命力，事實上是禁而不止，毀而難廢的。
縱觀明代書院的發展，明初百餘年，「國學網路人才，士之散處書院者，皆聚之於兩雍，雖有書院，其風不盛」。正德之後，「國學之制漸墮，科舉之弊孔熾，士大夫復倡講學之法，而書院又因之以興。」(《江蘇書院志初稿》)王陽明等人聚徒講學，傾動朝野，東南景附，遠近相望，流風所被，書院頓盛。至東林書院興，其講學力主「諷議朝政，裁量人物」。朝廷又採取了粗暴地禁毀措施，然而又禁而不能止。