元代的「漢化」方針在元初已初步形成，「尊孔崇儒」是「漢化」的基本內容。不過在元初，由於當時南北「聲教不通」，宋代理學還未傳到北方，北方仍是「句讀」之學。在入主中原、進兵南宋之後，理學才逐步北傳。「尊孔崇儒」發展為「尊崇理學」，這一變化與書院的發展有著密切關係。
元代首創的太極書院，既是北方創辦書院之始，又是理學在北方傳播的第一個基地。
郝經在《太極書院記》中說：「乃於燕都築室，貯江淮書，立周子(敦頤)，刻《太極圖》及《通書》、《西銘》等於壁。請雲夢趙復為師儒，右北平王粹佐之，選俊秀之有識度者為道學生，推本謹始，以太極為名，於是伊洛之學遍天下矣。」
《宋史·趙復傳》也稱：「復以所記程朱所著諸經傳注，盡錄以付樞(姚樞)」，「由是許衡、郝經、劉因，皆得其書而尊信之」，「北方知有程朱之學，自復始」。
許衡是趙復百餘名門徒中的佼佼者。當他從趙復處得理學義旨後，曾對弟子說：「昔所授受，殊孟浪也。今始聞進學之序。若必欲相從，當悉棄前日所學章句之習，從事於小學洒掃應對，以為進德之基，不然當求他師。」於是眾弟子「遂悉取向來簡帙焚之，使無大小，皆自小學入。」「自得伊洛之學，冰釋理順，美如芻豢，嘗謂終夜以思，不知手之舞，足之蹈。」在他的努力下，程朱理學被定為科場試士的程式，列為教育官定內容。
趙復的弟子門徒除許衡外，還有姚樞、郝經、竇默、劉因、梁樞、趙彧〔yu玉〕等。這些人都對元代書院的發展有重要影響。有的本人創辦書院，有的由他們的弟子創辦書院，而且均以程朱理學為講學宗旨和內容。如：劉因，保定容城(今河北徐水)人。入元終身不仕，一生隱跡鄉野，創建靜修書院授徒講學達25年之久。他極力推崇理學大師，「邵(雍)至大也，周(敦頤)至精也，程(二程)至正也，朱子，極其大，盡其精，而貫之以正也。」據說他教學中，「師道尊嚴，弟子造其門者，隨材器教之，皆有成就」。
南方諸儒，創建書院，傳播程朱理學之風更盛。如：金華王柏，得朱子三傳之學。講學於上蔡書院；許謙，居東陽八華山，學者從之甚眾，江浙中書省為請於朝，建四賢書院；徽州胡炳文，於朱熹所著「四書」，用力極深，東南學者深慕其學，願從之游者眾，建明經書院並任山長；黃澤，居九江，以明經學道為志，義理一宗程朱，授江州景星書院山長，又為東湖書院山長，從學者益眾；同恕，入元不仕，陝西行台侍御史趙世炎，請即奉元置魯齋書院，先後從學者殆千餘人；周仁榮，受性理之旨，工為文章，授美化書院山長。
對元代書院和傳播程朱理學影響甚大的還有程端禮。程端禮先後任稼軒書院和江東書院山長。程端禮從學於史蒙卿，傳朱熹「明體達用」之學，學者及門人甚眾。他所著《程氏家塾讀書分年日程》遵循朱熹「讀書窮理」，「達於日用」的治學精神和方法，成為元代書院和各級官學通用的教學指導綱要。他的《集慶路江東書院講義》更進一步集中闡發了程朱的為學之道和治學之方，逐條闡述了朱熹的讀書法，概括為：循序漸進，熟讀精思，虛心涵泳，切己體察，著緊用力，居敬持志六條，號稱「朱子讀書法」。他自稱：「惟精廬(即書院)初建，端禮荒陋匪材，夫豈其任。承乏之初，敢以朱子讀書法，首與同志講之，期相與確守焉，以求共學之意，使他日義精仁熟，賢材輩出，則朱子之訓不為虛語，精廬不為虛設，顧不美歟！」
元代書院絕大部分是以傳授程朱理學為宗旨的。但元代的程朱理學已經發生了深刻的變化。書院的講學，都不同程度地具有「和會朱陸」的傾向和特色。
主講於太極書院的趙復，是傳朱學於北方的第一位學者。然而，在他的學術教育思想中，已兼陸學的因素。人稱趙復「樂易而耿介」，易即簡易、直截。他主張「博溺心，末喪本」，教人「自修讀《易》求文王、孔子之用心」。在博約和本末關係上，不同於朱熹的泛觀博覽、支離瑣碎，而溶入直求本心之意，近似陸學的簡易工夫。從學於趙復的許衡，被譽為「朱子之後第一人」，也被視為是謹守朱學的。事實上，他也並未嚴守朱學門檻，而是同意了天理賦予人心的命題，強調了盡心知性，知之其方可行之力。與許衡並稱「二許」的許謙也非「株守一家」，雜入了陸學的心本論。他甚至認為求之心外，天下事物不可能窮盡，「執詞泛求」等於棄本逐末，「非尊德性，則不能道問學」。幾乎否定了程朱的「格物致知」，「讀書窮理」的重要命題。
吳澄是元代理學在南方的主要代表人物，與北方的許衡齊名，有「南吳北許」之稱。吳澄從學於饒魯的門人程若庸。而饒魯本是朱熹高足黃榦的弟子，但他不株守朱學門戶，「晚年多不同於朱子」。程若庸主講臨汝書院20餘年，雖以朱熹學說教人，但「不盡合朱子之意」。吳澄在偏離朱學，「和會朱陸」的道路上走得更遠，以至有「宗陸背朱」之嫌。吳澄認為，所謂朱陸之爭，實際上是朱陸的庸劣門徒們製造出來的，朱熹與陸九淵「二師之為教一也」。
吳澄對元代書院的發展影響很大，他早年就讀於臨汝書院，從師於程若庸，留下了美好的回憶和深刻印象。他在《送臨汝書院山長黃孟安序》中追憶說：「余昔游處其中，有宿儒揭領於上，有時彥曳裾於下，肩相摩，踵相接，而談道義、論文章者彬彬也。晝之來集者如市，夜之留止者如家。」後又曾從師於程紹開。程紹開「嘗築道一書院，以和朱陸兩家之說」。
吳澄對書院有深厚的感情和充分的了解。他本人長期以「草廬」為名從事講學，還熱心幫助和支持別人創辦書院。如：大德四年(公元1300年)安樂夏友蘭籌建鰲溪書院，吳澄「與聞其議」，親自審閱舉諫申辦書院的公移文書；延祐七年(公元1320年)曾到王氏義塾講學並代訂義塾規則，王氏義塾於泰定元年(公元1324年)獲賜額江東書院。他多次應邀赴外地書院講學，如：延祐五年(公元1318年)講學於永豐武城書院；次年講學於江州濂溪書院。
吳澄的弟子門人大都熱心於書院教育，積極傳揚「和會朱陸」的宗旨。
虞集是吳澄最得意的弟子。 自至元二十三年(公元1286年)15歲起，直至元貞二年(公元1296年)25歲，整整10年隨吳澄遊學。虞集對書院講學十分重視，早年曾自號書屋為「邵庵」，晚年講學於崇仁山中仍以「邵庵」為名，因來學者日眾，至不能容，弟子們助其擴建規模，作邵庵書院。他經常應邀到各地書院講學，關心各地書院的發展，對書院教育有許多精闢的見解。他先後撰寫了書院記等有關書院的文稿10餘篇。如：至大二年(公元1309年)作《慈利州天門書院記》，延祐四年(公元1317年)作《西山書院記》，泰定元年(公元1324年)作《故丹陽書院山長馬君墓碣銘》，至順元年(公元1330年)作《鶴山書院記》、《滕州性善書院學田記》，至順三年(公元1332年)作《光澤縣雲岩書院記》、《蘭山書院記》，至元元年(公元1335年)作《重修張岩書院記》，至元三年(公元1337年)作《尼山書院記》，至元五年(公元1339年)作《南軒書院新建藏書閣記》，至正元年(公元1341年)作《屏山書院記》、《考亭書院重建文公祠堂記》、《撫州臨汝書院復南湖記》。為元代書院留下了寶貴的史料文獻。
吳澄的門人中還有不少創建書院或在書院中講學，闡述「和會朱陸」的人。如：夏友蘭，捐田500畝創鰲溪書院，書院宗旨為「必先孝弟忠信，禮義廉恥，收斂此心……其求端用力之方，在研讀四書、五經、初非記覽無益之書以誇情洽，雕琢無用之文以炫華藻」。吳澄贊其「悉明孔子之道，故其於先宋後宋所創書院之意皆兼而有之。」實際上是充分肯定其兼取朱陸之長而遜兩家之短。又如：虞槃〔pan盤〕，虞集之弟，曾任全州清湘書院山長。包希魯受教於吳澄，曾任龍溪書院山長，主張「教人必先德行而後文藝」。張鑒，深得吳澄賞識，曾任景星書院山長。
值得注意的是，饒魯、程若庸、程紹開、吳澄、虞集等都是有感於朱學的「支離」偏頗日甚，探索如何吸收陸學之長，以補朱學之短，從而力求發展和完善朱學，而走上「和會朱陸」的道路，也可以說是「由朱入陸」的。
元代還有一批主張「和會朱陸」的學者，是「由陸入朱」的。他們同樣有感於陸學的弊端叢生，欲以朱學之長補陸學之短，以發展和弘揚陸學。其重要代表人物有史蒙卿、鄭玉等。他們對元代書院的發展，也有重要影響。史蒙卿，自號靜清，入元不仕，設教於鄉，講學不輟，眾學者從之。在天台山講學達八年之久。其門人為建靜清書院。他主張：「學問進修之大端，其略有四：一曰尚志，二曰居敬，三曰窮理，四曰反身」(《宋元學案·靜清學案》)。明顯反映了「和會朱陸」的學術特色。鄭玉，講學於師山