清代學者朱彝尊的《日下舊聞》稱：「書院之設莫盛於元，設山長以主之，給廩餼〔xi戲〕以養之，幾遍天下。」據《文獻通考·學校考》記載，太極書院為元建書院之始，其後，興建書院蔚然成風。據曹松葉《元代書院概況》統計，元代新建書院143所，興復原有書院65所，改建書院19所，合計227所。今人丁益吾先生查閱大量文獻資料，整理成《歷代書院名錄》，其中載元代計有書院296所，均註明為元代所建。這項統計是比較齊全的，但仍有遺漏。如：王旭為之作記的長蘆中和書院，為元初高伯川所建，即未收錄。考慮到宋代已有書院600餘所，在元代大部分得以保存和復修，估計元代書院約近千所，真可謂「幾遍天下」了。
元代書院不僅數量大增，而且書院的地域分布與宋代相比，也有很大變化。元代書院仍以江南為最多，大部分集中在長江流域。按曹松葉《元代書院概況》統計，在總數227所書院中，152所在長江流域，佔66.96%，仍居第一位；32所在珠江流域，佔14.10%； 43所在黃河流域，佔18.94%。和宋代相比，珠江流域由第二位降為第三位，而黃河流域則由第三位升為第二位。特別是黃河以北地區的書院都是元代以後才興建的。這對於由元代開始的「南學北移」起了巨大的推動作用。王旭在《中和書院記》中稱：「草創以來，國家以伐宋為事，未暇文治，今聖人在上，天下一家，書籍盛於中國，學校遍於四方，斯文其將復興乎！且書院一事，盛於南國，而北方未之有，今高君(伯川)營此，蓋將以為北方倡，而因以上迎乎天意，安知不有好事者隨而和之哉！他日擇形勝之地，盡規模之大，有如白鹿，如石鼓，如嶽麓，稱於天下，名於後世，以惠學者於無窮。」充分肯定了元代書院改變了「盛於南國而北方未之有」的狀況，意義十分重大。
元代提倡私人出錢資、捐田畝建書院。元代不少書院是私人捐資獻田修建的。如：江西吉水張文先捐田興建白沙書院；新樂縣趙氏兄弟捐家資修建壁里書院；建寧路浦城縣甄西山之孫聯合族人捐私田建西山書院等。
元代政府對有些不願在朝做官，退而講學，特別是捐私田建書院者，加以鼓勵，倍加褒獎。如：千奴，乞致仕，退居濮〔pu仆〕上，於歷山之下，聚書萬卷，延名師教其鄉里子弟，出私田百畝以給養之，地方官奏明聖上，朝廷御賜歷山書院額，以示褒賞；段直，割田千畝，置書萬卷，聘名師，招四方來學者，朝廷特命嘉獎；田希呂在天門山麓建講堂，成禮殿，備庖庫，購經書，添祭器，捐田200畝，作為書院膏火之用，朝廷賜名為天門書院。
當然元代各級官府更加強由官方撥資興建或修復書院。元代以前的書院幾乎全由私人或民間創辦，朝廷或官府只是予以承認，支持或部分資助，元代則由官府直接創辦或修復書院，據統計，元代官辦書院占書院總數的52.49%，超過了半數以上，其中有7.8%的書院是由朝廷直接主辦的，民辦書院只佔總數的47.51%。實際上，即使是私人或民辦的書院，朝廷和各級官府也逐步加強了控制。從而造成了元代書院發展的一個最顯著的特點，就是書院逐步官學化。
元代書院官學化的重要體現或主要措施之一，就是官方加強對書院經費的管理和控制。元代各級官府增加經費直接興辦書院，為書院專撥學田，享受與各級官學同樣的官費待遇；對經費困難的民間或私辦書院，也盡量給予經費上的資助；同時，對書院自籌經費和自營田產也加強管理和控制，明確規定：「路、府、州書院，設直學以掌錢穀。」這一措施，表明了官府對書院的重視，並且為書院的迅速發展提供了基本的物質條件。當然，這一措施也導致了書院在經營管理上獨立自主地位的削弱，書院教育的特色日益淡薄。書院與官學相差無幾，僅有書院之名，而乏書院之實了。而且隨著書院數量大增，官府經費有限，時常出現書院經費難以為繼的困境。正如吳澄所言，許多書院「養之之費，官雖總之，而不能盡塞其罅〔xia下〕漏，用匱則止矣。」官方經費不足，又無自籌經費的途徑和能力，不少書院名存實亡。
元代書院官學化的另一項重大措施，是由各級官府為書院委派山長，選任主講。有不少書院的山長、教授直接由各級官府官員兼任。即使是私人延聘的山長或教授，也要由官府認可後才能授以學官之職，也同官學同等對待。這一措施，同樣表明了官府對書院的重視，有利於穩定書院的管理和教學質量，也有助於提高書院管理人員和教學人員的社會地位。這一措施的初期，確實對書院的發展起到某種積極作用。但是，它對書院發展也有消極作用，特別是到後期，其弊端更充分暴露，導致書院管理混亂，師資猥雜。元代學者虞集曾批評說：「今天下學官猥以資格授，強加之諸生之上」，「選用多不精，而稱職者寡」。元代學者程鉅夫也指出：「近年書院之設日加多，其弊日加甚，何也？徒知假寵於有司，不知為教之大，徒徇其名不求其實然耳。」吳澄更明確指出：「今日所在書院，鱗比櫛密，然教之之師，官實置之，而未嘗甚精於選擇」，其根本原因在於書院過多地「受官府之拘牽」，喪失了獨立自主的特點。