朱熹對南宋書院的勃興起了至關重要的作用。影響最大的舉措是復興白鹿洞書院，關心其他書院；總結書院教育的經驗，完善書院教育制度；以書院為基地推動理學各學派的學術論爭和交流，擴大書院的社會影響；鼓勵和支持弟子門人廣建書院，傳播理學思想。這些活動，對南宋書院的勃興做出了重要貢獻。
白鹿洞書院在宋初已是聞名天下的四大書院之一。但自皇祐六年(公元1054年)廢毀之後，竟然僅存瓦礫榛荊、茂草荒丘，屋宇損其七八，遺迹難辨了。
淳熙六年(公元1179年)朱熹受命差知南康軍。上任伊始，即出榜徵詢有關陶潛、劉渙、洪氏義門雷塘書院，以及白鹿洞書院遺址，以便「別行措置」。榜文稱：「按圖經，白鹿洞學館，雖起南唐，至國初時猶有舊額，後乃廢壞，未悉本處目今有無屋宇。」
同年秋天，朱熹親自察看了白鹿洞書院遺址。看到那裡山青水秀，幽靜清雅，「無市井之喧，有泉石之勝」，確是一處隱居、讀書、講學、著述的好地方，於是斷然決定儘快加以修復。隨即發牒分派軍學教授、星子縣知縣籌措興復事宜，並上書朝廷，奏明復興的理由和計畫。他在奏摺中指出：
廬山一帶老佛之居以百十計。其廢壞無不修葺。至於儒生舊館只此一處。既是前朝名賢古迹，又蒙太宗皇帝給賜經書，所以教養一方之士，德意甚美，而一廢累年，不復興起，吾道之衰既可悼懼，而太宗皇帝敦化育才之意亦不著於此邦，以傳於後世。尤長民之吏所不能不任其責者。其廬山白鹿書院合行修立。 (《白鹿洞書院志》卷二)
朱熹的奏議，最初並未引起皇帝重視，於是再次呈奏。奏文反覆強調復興白鹿洞書院的意義和理由。
考此山(指廬山)老佛之祠，蓋以百數，兵亂之餘，次第興葺，鮮不復之舊者，獨此儒館莽為荊榛。雖本軍(指南康軍)已有軍學，足以養士。然此洞之興，遠自前代，累世相傳，眷顧光寵，德意深遠，理不可廢。況境內觀寺，鐘鼓相聞，殄棄彝倫，談空說幻，未有厭其多者，而先王禮樂之官，所以化民成俗之本者，乃反寂寥稀闊，合軍與縣，僅有三所，然則復修此洞，蓋未足為煩。 (《白鹿洞書院志》卷二)
今老佛之宮遍滿天下，大都至逾千計，小邑亦或不下數十，而公私增益，其熱未已。至於學校則一郡一邑僅一置焉，而附郭之縣或不復有。盛衰多寡之相絕，至於如此，則邪正利害之際，亦已明矣。 (《白鹿洞書院志》卷二)
朱熹奏文，在反覆申訴復興書院的理由和願望中，字裡行間，流露出對朝廷和各級官府只重佛道，關心寺觀，而尊儒不力，忽視書院的委婉批評。同時對佛道泛濫、寺觀遍立而危及儒學地位的狀況深感不安，從而表達出決意與之抗衡的緊迫感和焦慮心情。
朱熹的建議和計畫並未得到朝廷的支持，反而遭到了譏笑和反對，「朝野傳喧以為怪事」。
儘管如此，朱熹仍然衝破各種阻力，依靠地方力量著手進行修復工作。
淳熙七年(公元1180年)三月，僅僅用了半年時間，書院初步修復。朱熹率領軍、縣官員同書院師生一起，祭祀先聖先賢，舉行了開院典禮，講授《中庸首章》。
朱熹在南康任職期間，為白鹿洞書院修建屋宇十餘間，並擬定了修建禮聖殿(大成殿)和擴大齋舍的計畫。
朱熹認為購置學田，是書院維持和進一步發展的「久遠之計」，所以十分重視學田建設，制定了購置學田的計畫，並籌集了部分資金。
朱熹還通過多種途徑為書院收集圖書。白鹿洞書院修復後，朱熹曾向南康軍各官府衙門發布文告徵集圖書。收集到的圖書，有的加上跋語，有的刻石為記，以便久存。當時清江劉仁季曾將其先人所收藏的《漢書》四十四通贈送給朱熹，朱熹遂轉送新落成的白鹿洞書院，「使之藏之，以備學者看讀」。
朱熹在修復和主持白鹿洞書院的工作中，有兩個舉措影響最大。
其一，親手擬訂《白鹿洞書院揭示》，也稱《白鹿洞書院教條》、《白鹿洞書院教規》、《白鹿洞書院教約》、《白鹿洞書院學規》，對書院教育的制度化、規範化起了決定性的作用，《白鹿洞書院揭示》總結前人創辦書院的寶貴經驗，又吸收了佛教禪林清規的長處，明確了辦學宗旨、培養目標、為學之要、待人接物、應事處世的基本要求，形成相當完整的書院建設綱領性規章。成為當時和後世書院爭相仿效和履行的標準化規約。
《白鹿洞書院揭示》本文內容如下：
父子有親，君臣有義，夫婦有別，長幼有序，朋友有信。右五教之目。堯舜使契為司徒，敬敷五教，即此是也。學者學此而已。
而其所以為學之序，亦有五焉。博學之，審問之，慎思之，明辨之，篤行之。右為學之序。學問思辨四者，所以窮理也。若夫篤行之事，則自修身以至於處事、接物，亦各有要，其別如左：
言忠信，行篤敬，懲忿窒欲，遷善改過。右修身之要。
正其誼，不謀其利；明其道，不計其功。右處事之要。
己所不欲，勿施於人；行有不得，反求諸己。右接物之要。
——《朱文公文集》
《白鹿洞書院揭示》不僅成為南宋書院的統一學規，而且成為元、明、清各代書院學規的範本，甚至各級各類官學也「一以白鹿洞學規為諸生準繩」。白鹿洞書院也名聲大振，並進一步強化了朱熹復興白鹿洞書院的意義。
其二，朱熹親自主持、主講白鹿洞書院。並聘請名流學者到白鹿洞書院講學，使書院講學的特色更為突出、鮮明。
書院教學突出地體現出教學與學術研究相結合的特點。朱熹在白鹿洞書院講學不再重複傳統經學教學的舊模式，不以章句訓詁、名物考證、文辭聲韻的雕鑿為主旨，而是究明義理，求得德行道藝之實。將理學研究的成果變成書院講授的內容。彙集了朱熹畢生研究成果的《四書集注》，正是朱熹在白鹿洞書院邊講授、邊修訂的。《中庸首章》、《大學或問》、《論孟精義》即是朱熹理學研究與白鹿洞書院講堂講義融為一體的結晶。朱熹講學並非逐經按班講授，而是經過整理、詮釋、歸納成講義，特彆強調將研究所得以講義、筆札、語錄等方式傳授給學生。
書院教學重視質疑問難，討論爭辯。朱熹一向提倡讀書要有疑，疑漸漸解方是進步。在教學中鼓勵、引導學生髮現疑難，經過討論、爭辯，解除疑難。所以質疑問難，討論爭辯貫穿整個書院教學的全過程。據記載，朱熹在白鹿洞書院講學，「每休沐輒一至，諸生質疑問難，誨誘不倦，退則相與徜徉泉石間，竟日乃返」。質疑問難、討論爭辯成為白鹿洞書院講學的特色，也成為南宋書院講學的優良傳統，為後世書院所遵循沿用。明代王陽明曾到白鹿洞書院講學，「每晨班坐，次第請疑，問至即答」。清代仍沿此傳統，「每日升堂會講，主洞官先講，或諸生復講，最後有疑者，以次升問，即問即答」。
書院教學強調學生自學讀書。朱熹認為學問靠自己積累，義理靠自己探索，教師只能做個「引路的人」，只能起到「示之於始，正之於終」的作用。不能代替學生自學。他反覆強調：「讀書是自己讀書，為學是自己為學，不幹別人一線事，別人助自家不得。」他把學習比喻為飲食：「不能只待別人理會，安放自家口裡。」朱熹十分坦率地告訴學生：「某此間講說時少，踐履時多。事事都用你自去理會，自去體察，自去涵養。書用你自去讀，道理用你自去究索，某隻是做得個引路的人，做得個證明的人，有疑難處，同商量而已。」在朱熹的倡導下，以自學讀書為主的書院教學傳統得到進一步發揚。
書院講學實行開放式。白鹿洞書院的教學除朱熹本人親自主講及本院教師講授外，還邀請院外名流來院講學。聽講者除本院師生外，非本院人士也可前來聽講。不同學派的學者也可同在書院講學，以便引起爭辯，促進學術的交流。朱熹和陸九淵曾在淳熙二年(公元1175年)的鵝湖之會展開過公開的學術論爭。淳熙八年(公元1181年)即白鹿洞書院剛剛修復之時，朱熹竟親自誠懇邀請陸九淵到書院講學。陸九淵也高興地接受邀請，在白鹿洞講《論語》「君子喻於義，小人喻於利」一章，勉勵師生「悉心力於國事民隱」，不要「惟官資尊卑，祿廩厚薄是計」，要「專志乎義而日勉」，「深思是身，不可使之為小人之歸，其於利慾之習」。並盛讚朱熹復興白鹿洞書院之舉，是「起廢以新斯堂，其意甚篤矣」。朱熹深受感動，一再表示：「熹當與諸君共守，以無忘陸先生之訓。」讚賞陸九淵「說得這義利分明」，「今人見讀書便是利，如取解後又要得官，得官後又要改官。 自少至老，自頂至踵，無非為利。說得來痛快，至有流涕者」(《陸象山年譜》)。朱熹將陸九淵的講義，刻石永存，以警學者。據後人記載：「陸子靜(九淵)登白鹿講喻義一章，環而聽者千人，田夫野老有聞而泣者。」聽講者達