朱元璋建立明朝以後，很注意吸取前代經驗教訓，尤其因為仰慕唐宋之制，往往進行模仿並加以改造發展。如高層政區學習宋代的路，實行都、布、按三司分立的制度，而都司衛所制度又與唐的府兵制有相似之處。
明初在天下已定之後，在邊疆要害之處遍設衛所，作為軍事布防之用。衛所組織大率是以5600人為一衛，每衛分為前後左中右五個千戶所，每千戶所1120人，下設十個百戶所，每百戶所設總旗二個，小旗十個。衛所所管轄為軍戶，即軍士及其家屬。軍士都是世籍，也就是世世代代為兵，平時墾屯自給，遇有戰事則上疆場。
衛所起初隸屬於中央的大都督府，後來按地區分屬於各省的都指揮使司。不久，元代延續下來的行省又被改造成布政使司，於是都司和布司就分別掌管地方上的軍、民二政。唐代的府兵雖然也是戰時為兵，平時為農，但統兵的折衝府卻與行政區劃無涉，而明代的部分都司衛所卻是一種特殊的行政區劃。
先說衛所。明初洪武年間罷廢部分邊境州縣，建立衛所，這部分衛所有自己的管轄地域和戶籍，俗稱為實土衛所(衛相當於府州，所相當於縣)，成為行政區劃的一種。而內地的衛所則星羅棋布，與府州縣相雜錯，只是單純的軍事組織，俗稱非實土衛所。
實土衛所之外還有實土都司。前面我們已說過，明代的高層政區定製為兩京13布政使司，與13布司同一治所的有13都司，這13都司都是非實土都司，但其中的陝西、四川、湖廣、雲南、貴州五個都司領有部分實土衛所。在13都司之外又有三個與布司無關的都司，其一是遼東都司，置於今遼寧地區，全為實土，領25衛、二州；其二是萬全都司，在河北北部，大部分為實土；其三是大寧都司，即元代大寧路(今冀遼交界處)，原為實土，後來僑治於保定府，已非實土。
在16都司之外，又有五個行都司，設於邊境海疆重地，其中陝西、四川行都司為實土，山西行都司為部分實土，福建和湖廣行都司則非實土。在都司和行都司以外，又有兩個留守司，也分統部分衛所，一是中都留守司，二是興都留守司。中都即安徽鳳陽，是朱元璋老家；興都即湖北鍾祥，為嘉靖皇帝父親陵墓所在。二留守司俱非實土。
這樣，明代分統衛所的地方軍區共有23個單位，即16都司、五行都司和二留守司。其中的實土都司和行都司以及實土衛所的名目都列在《明史·地理志》當中，表明是行政區劃的一種。無實土的行都司、留守司和衛所都不列於《地理志》中，以示與政區無涉(非實土的13都司則與13布司並列)。如赫赫有名的天津衛，在《明史·地理志》中就找不到。
明代都司衛所制度十分複雜，上面所說只是梗概。除羈縻都司衛所外(詳後)，明代後期正式版圖是由兩京13布政使司和兩個實土都司(遼東和萬全)所組成。實土的行都司和非實土的都司都不作為行政區劃單位看待，如陝西都司和陝西行都司轄區之和就算陝西布政使司的範圍，故只以陝西布政使司為一個政區計算。
都司衛所制度對御外和靖內都起過一定的作用，但到明代後期，這一體制已漸漸鬆弛。清代初年都司已廢，而衛所尚存，但性質也變成純粹的軍事組織，與行政區劃無關。至雍正年間，衛所都已改為府州縣。如西寧衛改為西寧府，天津衛改成天津直隸州，上海附近的金山衛也輾轉變為金山縣。但是衛所制度行之300年，許多地名已留下很深的烙印。