明朝初建，西藏的政教領袖烏思藏攝帝師喃加巴藏卜在洪武五年(公元1372年)遣使納貢，第二年就親自入朝，受封為熾盛佛寶國師。明朝曾多次派使者去西藏地區，並在今西藏大部設置了烏思藏都指揮使司，在今西藏的昌都地區東部、四川甘孜藏族自治州和青海西南部設置了朵甘都指揮使司，在今克什米爾地區東北部和西藏西部設置了俄力思軍民元帥府；以下分別設有主管或兼管宗教、軍事、民政的機構，授予當地僧俗首領以國師、法王、都指揮、宣明時期形勢圖慰使、招討使、元帥、萬戶等官員，根據當地的風俗習慣實行治理。烏思藏、朵甘二司由闡化、贊善、護教、闡教、輔教五王和大寶、大乘、大慈三法王分治，在今四川西部的甘孜、阿壩州還設有董卜韓胡、長河西魚通寧遠二宣慰司。宣德後護教王因無繼承人而斷絕，而黃教首領鎖南堅措的威望越來越高，被奉為活佛，並獲得韃靼俺答汗所贈達賴喇嘛的尊號，成為三世達賴喇嘛，大寶等三法王和闡化等四王都俯首稱弟子。從此，三法王、四王等都徒有虛名，不再能發號施令，達賴喇嘛成為藏族地區政教合一的最高首領。儘管在明朝中期後因國力衰退，朝廷與西藏的聯繫不如前期密切，但始終掌握著西藏的主權，西藏一直是明朝疆域的一部分。