基督教與伊斯蘭教、猶太教不同，後者早期來華以移民為主，組成自治的小社團，並不對外傳教，而基督教來華的傳教士，以傳教為目的，因而與中國傳統的思想、信仰、風俗、習慣直接發生衝突。明末清初利瑪竇等人來華傳教，曾極力調和基督教教義與儒學的矛盾，迎合統治者和士大夫階層，以打開傳教的局面。迄至黃貞、沈(氵隺)等人的反天主教論著出現，驅教呼聲日漸向民間擴散。那種維護儒學正統，抵制西方「邪教」傳播的輿論和行動，也非教義儒學化所能抵禦。明朝萬曆年間的南京教案，清朝康、雍、乾、嘉朝的數次大教案，就是這種衝突的表現。基督教新教的傳入，以西方列強的侵華活動為背景。鴉片戰爭以後，西方列強一再用炮艦侵犯中國領土，妄圖瓜分中國。各國的傳教士則仗著不平等條約的庇護，以炮艦為後盾，帶著政治、經濟、軍事的目的，紛至沓來，形成大規模傳教運動。傳教士深入內地，無視中國法律而任意行事，教堂建至窮鄉僻壤，揚言要用基督教征服中國。封建官紳擔心基督教的傳播會引起「人心大變」，從而打亂現有的統治秩序，因此他們多把基督教斥為異端邪教，極力維護封建禮教對人民群眾的精神統治。傳教士則企圖改變中國傳統禮俗，反對敬祖、祀天，詆毀深入群眾生活的佛教和道教，干涉民間的迎神賽會等舊俗，經常引起民教衝突。當西方列強加劇侵略活動時，外國傳教士的活動引起各階層的不安和憤恨，地方官紳積極發動和組織的反洋教鬥爭，許多下層群眾也積极參与。
自1860年《中法北京條約》規定「還堂」以來，天主教傳教士在各地妄指廟宇、會館、官衙和民宅為舊置教產，逼令歸還。同時利用「租買田地，建造自便」的特權，霸佔公產，強買民田，硬立契約，逼令捐獻，致使交涉案件不斷發生。西方傳教士在各地傳教時，以戰勝者自居，干預地方政事，藐視地方官員，包攬訴訟，從人命案件到民間糾紛無不插手。少數教民依仗教會勢力，橫行鄉里，甚至挾制官府，欺凌孤弱，泄忿報怨，因而民教爭毆趨於激烈。民教糾紛一起，外國領事、傳教士則不問是非曲直，一意曲庇教民、教士，即使有干清律，也百般為之開脫。清朝官吏不敢得罪洋人，總是袒教抑民。「遇有民教爭鬥，平民恆曲，教民恆勝。教民勢焰愈橫，平民憤郁愈甚。」英國記者宓〔mi密〕克曾指出：「傳教一事，其謀始不臧，在以兵力強之使從，致中國國家，慚其臣庶。復因立約保教，此事愈為怨怒之媒，而耶穌教門，遂為舉國所憤毒。」
在這種背景下，自1856年西林教案至1899年肥城教案，歷40餘載，幾乎年年有教案，處處有教案，在全國形成由各階層人民參加的反洋教運動。整個運動，可按其發展過程大體分為三個階段。
第一階段從1856年西林教案起，至1870年天津教案止。鴉片戰爭後簽訂的不平等條約規定，外國人可在五個通商口岸「建堂禮拜，斷不越界傳教」。可是，傳教士違約非法潛入內地，引起民教糾紛，如福州黃竹岐(1848年)、江蘇青浦(1848年)、浙江定海(1851年)、江西南昌、鄱陽(1855年)都發生了民教衝突，而以西林教案影響較大。1853年，法國巴黎外方傳教會教士馬賴由香港潛入貴州活動，1855年又到廣西西林「糾伙拜會」，引起地方官員的恐懼。兩廣總督葉名琛奏稱：「連年倡亂，蔓延數省，即由廣西上帝會而起，上帝會乃天主教之別名。」1856年，新任西林縣知縣張鳴鳳根據村民呈控，逮捕馬賴及教徒25人，並將馬賴和兩名教徒處死。法國政府以此為借口，與英國聯合挑起第二次鴉片戰爭，迫使清政府簽訂《中英天津條約》和《中英北京條約》。其中包括將西林知縣張鳴鳳革職，永不敘用；外國傳教士可以自由進入內地傳教；歸還天主堂、學堂、墳塋、田土、房廊等以前沒收的教產。西林教案始開列強以武力保護傳教並攫取中國其他權益的先例。
自此以後，傳教士便有恃無恐，恣意妄為。1861年3月，巴黎外方傳教會貴州代牧區主教胡縛理乘坐紫呢大轎，肩披紫帶，在100多名教徒前呼後擁下，招搖過市，謁見巡撫和提督，要求承認傳教自由，保護天主教在貴州的「合法」權利。自1756年至1860年，貴州已發生教案16起，群眾反洋教的情緒十分高漲。貴州巡撫何冠英和提督田興恕聯合致函全省官吏，把天主教斥為異端邪教。候補道繆煥章撰刻《救劫寶訓》，倡議驅逐天主教。6月，在田興恕的指令下，團務道趙畏三率團丁焚毀青岩姚家關天主堂大修院，7月捕殺四名教徒。法國公使逼迫清政府派專員攜《中法天津條約》和《中法北京條約》20份前往貴州張貼，但遭新任巡撫韓超拒絕。次年2月，開州(今四川開縣)知州戴鹿芝將唆使教民違抗禮俗、拒交龍燈捐的法國傳教士文乃耳及三名教徒處死；興義、普安、永寧等地官員也聞風響應。法國公使聯合英、美、俄三國公使，要求賠償一切損失，處死田興恕、戴鹿芝、趙畏三三人，並嚴懲保教不力或查處不嚴的有關官吏。1863年，清政府屈服於法國的武力恫嚇，將韓超交部議處，田興恕發配新疆，提督公廨撥給教堂使用，繆煥章永不敘用，《救劫寶訓》書版追繳銷毀，賠償白銀1.2萬兩。
貴州反天主教的鬥爭迅速波及湖南、江西、四川等省。1862年，湖南士紳公議，凡「有畀〔bi幣〕屋居住者，火之；有容留詭奇者，執之；有習其教者，宗族不齒，子弟永遠不準應試」。又發布合省公檄，號召驅逐天主教士。檄文傳入江西，法國遣使會傳教士羅安當正在南昌索賠教產，並強令地方官張貼傳教布告。齊集在省城考試的生童，聯合前翰林院檢討夏廷榘〔ju舉〕、在籍甘肅臬司劉於潯等，連夜趕印湖南公檄數萬份，貼遍省城內外通衢，並發布行動的揭帖。於是，江西南昌、湖南湘潭、衡陽、清泉、衡州等地教堂、育嬰堂、教士和教民房屋多處被毀。
巴黎外方傳教會川東主教範若瑟，在重慶強拆寺廟會館，霸佔民房，修建教堂，該教堂在1863年被群眾搗毀。范若瑟利用重慶教案，索取在川東境內廣建教堂的權利。傳教士在酉陽等地組織教民武裝，橫行鄉里，欺壓民眾。1865年，在酉陽富紳張佩超等人支持下，劉勝超率眾拆毀天主教公信堂(公館)，土家族頭人冉從之毆斃法國傳教士瑪弼樂，彭水、酆〔feng風〕都等地起而呼應。1868年，酉陽教民欺凌非教百姓，逼勒退婚，搶掠家財，燒毀民房，激起民憤。團民何彩率眾焚毀教堂，殺死法國傳教士李國及教民39人，團民亦死傷68人。天主教中國教士覃輔臣乘民團解散之機，指揮教堂武裝槍殺民眾145人，打傷700餘人，並縱火燒毀民房。在此期間，貴州遵義、永寧，台灣鳳山，江蘇揚州，安徽安慶，湖北天門，福建福州、漳浦、羅源，廣東雷州，江西貴溪、定南廳、廬陵，直隸永年等地都發生反教毀堂事件。全國反洋教情緒日益高漲，1870年終於爆發了震動中外的天津教案。
1860年，法國在天津強佔望海樓皇宮故址為領事館。法國傳教士乘機在天津東部建造仁慈堂，1869年又在領事館旁強佔寺廟舊址建造聖母勝後堂(俗稱河樓教堂)，並要中國官員參加開堂典禮。次年，天津盛傳有人用藥迷拐幼孩事件，仁慈堂收容幼孩中有數十名死亡。這些拐賣並虐待幼孩事件，群眾懷疑是傳教士所為，而被捕拐犯亦供認受教堂門丁指使，事與修女有牽連。於是，士紳集會，書院停課，群情激憤，反洋教呼聲高漲。6月21日，天津官員押帶拐犯到教堂查看對質，遭到法國駐津領事豐大業的阻撓。午後，群眾聚集教堂前抗議，並推派代表找豐大業論理。豐大業要求派兵彈壓不成後，攜手槍闖入三口通商大臣 崇厚官署，咆哮如雷，向崇厚連開兩槍未中。歸途中又向天津知縣劉傑開槍，擊中隨員一人。秘書西蒙則向群眾射擊。積忿難忍的群眾至此怒不可遏，當場將二人毆斃。隨後鳴鑼聚眾，焚毀法領事館、河樓教堂、仁慈堂，以及英美四所小教堂，先後打死法領事一人，隨員三人，教士、修女十二人，法國居民二人，俄國居民三人。6月24日，法、英、美、俄等七國公使聯合照會清政府提出抗議，並調派軍艦進行武力恫嚇。清政府雖知此案是「由豐領事倉猝激變」，仍堅持「嚴拿兇手，以懲煽亂之徒，彈壓士民，以慰各國之意」。最後判處20人死刑，包括府縣官員在內的25人充軍，賠償白銀50餘萬兩，並特派崇厚赴法道歉，始得結案。
這一階段的反洋教鬥爭大多由傳教士恃仗外國侵略勢力，橫行不法激起的。核心事件是借「還堂」而強買、侵奪房地產，或包攬詞訟，侵犯中國司法權。地方官吏和士紳，或公開號召，或暗中指揮，發動民眾打教毀堂，主要矛頭針對法國的天主教勢力。清政府開始態度曖昧，交涉時頗費躊躇，但在外國侵略者的壓力下，妥協讓步，「殺民以謝敵」。
從天津教案至1891年長江中下游的反洋教鬥爭，是第二階段。天津人民在教案中所自發迸發