基督教新教的來華，遠較天主教和東正教為晚。17世紀初，荷蘭殖民主義者侵佔我國領土台灣，荷蘭傳教士也接踵而至，在台灣傳教20餘年，曾發展教徒千人左右。1622年，鄭成功收復台灣，將荷蘭殖民者驅逐出境，新教在台灣的傳教活動即隨之終止。19世紀初，隨著西方殖民主義的擴張，新教興起大規模傳教活動。新教各宗派相繼成立向國外佈道的差會組織，致力於世界各地、特別是亞洲和非洲地區的傳教活動。在傳教過程中，一些傳教士充當了殖民主義和帝國主義侵略的先鋒和謀士，通過傳教為殖民擴張和殖民統治效勞。基督教新教傳教士就是在這樣的背景下來到中國的。
1807年(嘉慶十二年)，英國倫敦佈道會派遣馬禮遜來中國，是為第一個到中國大陸的新教傳教士。馬禮遜是英國諾森伯蘭人，1804年加入倫敦佈道會，1807年被按立為牧師，同年9月到達廣州。來中國之前，他曾向一個名叫容三德的中國人學習中文，並在不列顛博物館借出一本《聖經》的天主教中譯本 ，親手抄錄30頁。容三德替他抄錄到《希伯來書》為止。他把這個抄本帶到中國，作為翻譯《聖經》的依據。1809年，他任廣州東印度公司商館中文翻譯兼秘書，此後25年一直以這一身分為掩護，一邊從事商務，一邊傳教著書。他的傳教活動始於編著宣教小冊子，曾著有《神道論贖救世總說真本》、《問答淺注耶穌救法》、《古時如氐亞國(即猶太國)歷代略傳》、《養心神詩》等。因為廣州清朝官吏嚴禁傳教印書，又受到天主教勢力的排擠和英屬東印度公司的反對，馬禮遜只得將印刷工作放到馬六甲。他從1810年開始翻譯《聖經·新約》，並刻版刊印他修訂的《使徒行傳》中譯本。1813年，倫敦佈道會派遣牧師米憐來華與馬禮遜一起活動。他在馬六甲創辦印刷局，刊印馬禮遜譯成的《新約》及其他譯著。1815年，他們在馬六甲建立英華書院(後遷至香港)，培養傳教人員和刊印傳教印刷品，作為對華傳教的基地。米憐還開辦中文月刊《察世俗每月統記傳》和英文刊物《印度支那拾錦》。同時，在米憐的協助下，馬禮遜開始翻譯《聖經·舊約》，當時取名為《神天聖書》。全書於1819年譯完，1823年刊行，史稱第一部基督教新教《聖經》中譯本 。馬禮遜在譯書過程中編著《華英字典》，由東印度公司出資於1815—1823年間陸續刊印，此為第一部漢英詞典。馬禮遜死於1834年，前後在中國傳教27年，還著有《新約歷史總綱》、《讚美詩》、《聖教問答》、《天國之道》、《公用禱文》等19種大小作品，這方面他堪與明代的利瑪竇相媲美。
但在傳教活動中，馬禮遜卻遭到中國人的冷眼，因而領洗者寥若晨星。至1814年他才在澳門收得第一名新教信徒蔡高。蔡高後遭天主教陷害，病死獄中。1816年，梁發在馬六甲由米憐施洗入教，成為第二名中國信徒。次年，米憐又收納另一名中國信徒屈昂。梁發在1823年底由馬禮遜按立為新教宣教士，一般稱為第一個新教華人牧師 。梁發幼年讀過村塾，15歲進省城做雕版工人，1810年起，不顧清政府嚴禁外國人及其僱員秘密印發書籍傳教的禁令，私自為馬禮遜刻印《聖經》中譯本。1824年，他繼承馬禮遜在廣州的傳教工作，經常利用生員在省城考試的機會，散發《聖經日課》和他自編的佈道小冊子。在宗教信仰上，他夾雜有中國傳統的儒、佛、道的影響，即馬禮遜所說的「異教色彩」，但仍是一個虔誠的教徒，熱衷於傳教佈道。他著有多種通俗佈道書，其中最重要的是1832年由馬禮遜校訂印行的《勸世良言》。該書包括九種小冊子，並不是對《聖經》和基督教教義的系統宣講，只是在60多個互不聯貫的小節中，摘引《聖經》的某些經文，針對中國的習俗和時弊，附會儒家經典和歷史典故，通俗地闡發基督教教義。書中反覆宣傳的，是崇拜「神天上帝」、相信耶穌贖罪、反對偶像邪神以及天堂地獄、賞善罰惡等說教，只是一本淺薄的佈道書。但就是這本書，後來卻對洪秀全發生了重要的影響。
在馬禮遜和米憐以後，倫敦佈道會又派遣理雅谷來華，至馬六甲任英華書院院長。1843年該院遷往香港，改稱神學院，理雅谷繼續在香港任神學院院長，致力於建立教會和培養傳教人員，由屈昂幫助他辦理印刷事務。此後倫敦佈道會又陸續派遣楊格非(即楊篤信)、韋廉臣、麥都思、米憐之子米利尼、艾約瑟等至上海、寧波、武漢、重慶、煙台、北京等地，傳教活動由南而北向全國滲透。1830年，美國新教傳教士也開始進入中國。美國公理會教士裨治文於1830年至廣州，後創辦並主編《澳門月報》，刊載有關中國的政治、經濟、地理和文化等資料。另一名教士伯駕於1834年至廣州，與裨治文合作在1838年開設博濟醫院。衛三畏也是公理會教士，1833年來廣州參加編輯《澳門月報》，後著有《中國總論》、《中國商務指南》等書。還有浸禮宗傳教士羅孝全、長老會傳教士倪維思、聖公會傳教士文惠廉等人相繼來華。屬於荷蘭傳教會的德國路德會牧師郭士立，也在此時作為自立傳教士來華，主編《東西洋考每月統記傳》月刊，1834年與裨治文共同組織益智會，1844年在香港設立漢會(又名福漢會，意為漢人信道得福)，專門訓練中國傳教人員到內地佈道。但到1840年，由於清政府的禁教政策，在華傳教士總共只有20人，代表四個差會，30餘年中所收信徒也不滿百人。這一時期，英美等國新教傳教士來華的主觀動機可能各自有所不同，但客觀上總是起著配合殖民主義侵略的作用。他們的活動主要是：廣泛收集中國的政治、經濟、文化和軍事方面的情報；著書、譯經、辦報、興學，為大規模傳教活動作準備；鼓吹武力干涉中國內政和強迫清朝政府放棄禁令，以實現在中國自由傳教的目的。
鴉片戰爭後，清政府被迫簽訂了一系列喪權辱國的不平等條約。許多傳教士不僅是侵華戰爭和訛詐的直接參与者，而且也是不平等條約的起草和策劃者。他們認為「只有戰爭能開放中國給基督」，借著殖民主義的武裝侵略，將傳教活動作為特權列入條約。條約訂立後，來華傳教士人數急劇上升，英、美、德、加拿大等國傳教士絡繹不絕地來到中國各通商口岸，並以條約為護符進入內地活動。據統計，1858年新教傳教士僅有81人，至1889年增加到1296人，其中英國傳教士約佔3/5，美國傳教士約佔2/5，代表41個差會。新教各主要宗派相繼傳入，傳教者足跡遍及全國。公理宗系統的倫敦佈道會傳入最早，它在鞏固香港、澳門、廣州的傳教基地後，又在浙江、江蘇、福建、湖北、直隸開闢了教區，在陝西、湖南、四川建立了傳教據點。美國公理會(也稱美華會或美部會)在上海、福建、台灣、山西、直隸、山東建立教區或傳教點，還深入張家口、內蒙活動。路德宗(信義宗)系統則從港澳擴展至內地，其傳教區域分為豫鄂、湘中、湘西、豫東、豫中、粵南、陝西、東北等處，分屬美國、德國、丹麥、瑞典、芬蘭、挪威等國差會。安立甘宗(聖公宗)系統把其在中國傳教的地區分為11個轄區：浙江、福建、港粵、華北、山東、四川、桂湘屬於英國聖公會；江蘇、鄂湘、皖贛屬於美國聖公會；屬於加拿大聖公會的，只有河南一轄區。浸禮宗系統在中國分為英浸禮會、美浸信會(傳自美國南浸會)、美浸禮會(傳自美國北浸會)、瑞典浸信會等，其傳教區域分為華南(兩廣、山東)、華東(江蘇、浙江)、華北(山東一部分、山西、陝西、東北)、華西(四川)、華中(河南、安徽)五區，教徒人數以山東、廣東兩省為最多。歸正宗(長老宗)的傳教區域與公理宗、路德宗大致相仿，絕大多數教徒分布在沿海地區。衛斯理宗(循道宗)先後有八個差會傳入中國，最早的是美以美會，建立福建、江西、北京和四川的傳教年會。監理公會以上海為據點，擴展到東北和雲南。聖道公會在天津立足，除傳播於直隸、山東、浙江、兩廣外，還深入到湖南、湖北、雲南、貴州一帶。內地會是一個跨宗派的差會組織，1865年由英國自立傳教士戴德生創立，專門從事中國內地的傳教活動，在短短的10多年裡，該會傳教區域擴展到19個省，並深入到邊境少數民族地區，直至新疆、西藏。不過，迄19世紀末，新教教徒人數僅八萬人，遠不能與天主教相比。
清朝末年，天主教仍被嚴厲禁止傳教，但法國與葡萄牙卻在激烈爭奪中國保教權。1834年4月，教皇格列高利十六世以葡萄牙不能履行保護者的義務為理由，頒布教諭取消其保教權。1838年，教廷不顧葡萄牙的反對，正式廢除其在中國的保教權，並由法國教士孟振生取代葡萄牙派任的主教，就任北京教區主教。鴉片戰爭後，中法簽訂《中法黃埔條約》，准許法國人可在通商口岸建造教堂，並且中國地方官員有義務加以保護。1844年和1846年，在法國的壓力下，清朝政府被迫宣布天主教弛禁，發還「所有康熙年間各省所