基督教在元代再次進入中國廣大地區，並復盛一時。11世紀下半葉，由於遼朝統治者的允許，基督教才在中國北方重新出現。至13世紀中葉，蒙古族入主中原，基督教隨之在中原地區流傳。元時入華的基督教分為二支，一支即繼續流行於中亞、蒙古諸地的唐代習稱的景教，屬基督教聶斯托利派的東方教會；另一支是羅馬天主教會派遣來華傳教的方濟各會 修士。元朝蒙古人統稱之為「也里可溫」。「也里可溫，教名也。」(元至順《鎮江志·大興國寺記》)其教士和教徒，也稱「也里可溫」。因兩派都崇敬十字架，故又稱「十字教」，教堂稱為「十字寺」。
蒙古語「也里可溫」的含義，至今還無法得知。蒙古人在進入中國內地以前，稱基督教徒為「迭屑」，源自波斯人對基督教徒的稱呼。自元世祖忽必烈時起，「迭屑」一詞棄而不用，文獻和碑銘中都改用「也里可溫」。陳垣引清代《敕定遼金元史語解》，認為按蒙古語應作「伊嚕勒昆」，「伊嚕勒」，福分也；「昆」，人也。「也里可溫」意為有福緣的人或信奉福音的人。現在多數學者均採用此說。張星烺認為，「伊嚕勒昆」與「也里可溫」讀音全不相近，判為一詞過於武斷。另引屠寄所著《蒙兀兒史記·乃顏傳》也里可溫注，擬為景教碑中「阿羅訶」的轉音。阿羅訶系佛經中阿羅漢之別譯，唐朝景教徒借用為敘利亞文「埃洛赫」(Eloh，即希伯來文Elohim)的譯音，意為「上帝」。因此，也里可溫當指「上帝教」或「信奉上帝的人」。從元代史籍和碑銘看，也里可溫意為「長老」，本為對教士、司鐸的尊稱。
蒙古興起前後，分布於土拉河和鄂爾渾河流域的克烈部、阿爾泰山附近的乃蠻部和色楞格河流域的蔑兒乞部，都信奉西方傳來的景教。居住在陰山以北的汪古(或雍古)部，也信奉景教。此外還有畏吾兒族，曾信奉摩尼教。太平興國六年(公元981年)，王延德出使高昌，在那裡見到的「波斯僧」，便是景教徒。據西方記載，在11世紀初，我國西北的突厥人中盛行景教。13世紀蒙古強盛時，畏吾兒人已有很大一批人改宗景教。畏吾兒人文化比較發達，對蒙古諸部有較大影響。乃蠻部很早就已任用畏吾兒官員，使用畏吾兒文(特爾賽文)記事，並崇信景教。據敘利亞基督教作者艾布·法蘭基斯記述，約在公元1001—1012年間，克烈部酋長率領部眾20萬人皈依基督教，並請巴格達東方教會派教士前往。這件事發生在北宋初年，正是遼國統治漠北之時。元初著名儒家學者馬祖常，屬汪古部，先祖和祿冞〔mi迷〕思原是西域的景教貴族。遼道宗咸雍年間(公元1065—1074年)始遷入內地，定居於甘肅臨洮。曾祖帖穆爾越哥曾任金朝馬步軍指揮使，因而得名馬氏。馬氏世代都是景教徒。與馬祖常齊名的趙世延，也出自汪古部，同為遼代遷居內地的景教世家。因此，元定宗貴由登位時，亞美尼亞國王遣使赴和林朝賀，使者報告說：「當今大汗之祖未生時，基督教徒已流衍四方。」基督教在中國西北草原的流傳，當在成吉思汗崛起之前。
約在同時，歐洲流傳著一個有關「長老約翰王」的傳說。當時西方的基督教各國，盼望東方有個強大的基督教國家，能配合西方進攻穆斯林國家，共同收復「聖地」。1145年，敘利亞加伯拉地方主教奉亞美尼亞國王之命，出使教皇尤金三世宮廷，乘機宣傳遠東有「長老約翰王」，虔信景教，曾出征波斯、米底諸國，攻佔愛克巴塔那(今伊朗的哈馬丹)，準備進軍耶路撒冷，因受阻於底格里斯河而歸。20多年後，歐洲各國君主和教皇忽然收到了「長老約翰王」本人發來的正式信件，但沒有註明地點和日期。於是歐洲盛傳東方有個強大的「約翰長老國」，「約翰王」這個「看不見的使徒」將來會幫助西方基督教國家戰勝穆斯林。「約翰長老國」在12世紀指西遼，在13世紀指克烈部，到14世紀初，鄂多立克 又把汪古部稱為約翰長老國。這個傳說從側面反映了景教在東方的勢力強大。
成吉思汗統一漠北諸部以後，與克烈部等聯姻，后妃、貴戚、將相大臣中，景教徒代不乏人。朮赤太子和睿宗拖雷二人的王妃都出自克烈部，蒙哥、忽必烈、旭烈兀等人的生母、睿宗庄聖皇后晙〔jun俊〕魯禾帖尼(別吉太后)，是克烈部王罕的侄女，死後停柩於甘州(治所在今甘肅張掖)十字寺內。《元史》卷三十八《順帝本記》載：「至元元年(公元1264年)三月，中書省臣言，甘肅甘州路十字寺奉安世祖皇帝母別吉太后於內，請定祭禮。從之。」《甘州志》卷二說：「初世祖定甘州，太后與在軍中。後沒，世祖使於十字寺祀之。至是歲久，祀事不肅，故議定之。」《元史》卷三十二《文宗本記》又載：「天曆元年(公元1328年)九月，……又命也里可溫於顯懿庄聖皇后神御殿作佛事。」這裡所謂作佛事，應是基督教的彌撒祭。還有太宗窩闊台的皇后、定宗貴由的生母脫列哥那，原系蔑兒乞部首領之妻，成吉思汗滅該部被俘，賜給窩闊台為妻，也是景教徒。貴戚如汪古部首領阿剌兀思·剔吉忽里家族，都是景教徒。阿剌兀思子孫世代與皇室聯姻，其子孛要合娶成吉思汗女阿剌海別吉公主，其孫愛不花娶忽必烈女月烈公主，生子闊里吉思，封為高唐王，即歐洲傳聞的喬治王。大臣中著名的景教徒有太宗和定宗朝的中書右丞相、克烈部(一說畏吾兒)人鎮海，憲宗時宣布號令、掌管文書及朝內外聞奏諸事的孛魯歡。太宗朝的元帥按竺邇，世祖朝的禮部尚書月合乃，也都是景教徒。按竺邇之孫趙世延，月合乃曾孫馬祖常，在元代並稱為兩大文豪。
元朝建立後，景教隨蒙古族入主中原，在中原地區各地傳播。自成吉思汗以來，蒙元統治者對各種宗教採取「一視同仁，皆為我用」的政策。元世祖忽必烈曾對馬可波羅說：「有人敬耶穌，有人拜佛，其他的人敬穆罕默德，我不曉得哪位最大，我便都敬他們，求他們庇佑我。」1235年春，在鄂爾渾河畔回鶻汗國古城舊址附近興建的哈剌和林，是早期蒙古帝國的中心。城內居民區分為兩部分，一部分是穆斯林商人和使臣的住區，也是市場的所在地，另一部分主要是漢人工匠的住地。城內除清真寺和佛寺外，還有一所景教寺(禮拜堂)，建在大汗宮殿萬安宮的附近。信奉景教的多系蒙古貴族、諸王近侍、御醫、官吏及一些色目人。景教徒作為色目人，在政治上、法律上享有僅次於蒙古人的優越待遇。景教教士同和尚、道士、答失蠻 一樣，可免除賦稅差役。在元代，雖然有佛教和道教的競爭、排擠，但有統治者的支持，景教仍然成為全國流行的宗教。元朝景教的發展與政治勢力的關係，從馬薛里吉思的例子可以得到說明。
馬薛里吉思是今烏茲別克的撒馬爾罕人。元至順元年(公元1330年)《鎮江志·大興國寺記》載：
薛迷思賢(今撒馬爾罕)，在中原西北十萬餘里，乃也里可溫行教之地。愚問其所謂教者，雲天地有十字寺十二，內一寺佛殿四柱，高四十尺，皆巨木；一柱懸空尺余，祖師麻兒也里牙靈跡，千五百餘歲。今馬薛里吉思，是其徒也。
撒馬爾罕當時是景教盛行地區，東方教會大主教的駐地，1220年歸降成吉思汗。祖師麻兒也里牙是撒馬爾罕大主教，於希臘歷1501年(公元1190年)去世，故稱「千五百餘歲」。這裡清楚說明馬薛里吉思是景教徒，即蒙古人所稱「也里可溫」。《寺記》說：
公之大父可里吉思，父滅里，外祖撒必，為太醫。太祖皇帝初得其地，太子也可那延病，公外祖(進葯)舍里八 ，馬里哈昔牙 徒眾祈禱，始愈。充御位舍里八赤 ，本處也里可溫答剌罕 。至元五年，世祖皇帝召公馳驛進入舍里八，賞賚甚侈。舍里八煎諸香果、泉調蜜和而成。舍里八赤，職名也。公世精其法，且有驗，特降金牌以專職。九年，同賽典赤平章往雲南，十二年，往閩浙，皆為造舍里八。
由此得知，馬薛里吉思家族世代習醫，外祖撒必是撒馬爾罕名醫，善調製香果蜜丸舍里八。成吉思汗占撒馬爾罕後，其幼子拖雷(稱號為也可那延，一譯也客那顏，即大那顏)染病，撒必進葯舍里八，景教徒為他祈禱，才告痊癒。撒必因此成為御醫，取得「答剌罕」的身分，不僅免除人身隸屬關係和賦稅差役負擔，而且可享有各種特權，實際升入統治階級。1268年，拖雷子忽必烈召馬薛里吉思進宮，成為專職調製舍里八的醫官。至元十四年(公元1277年)，封他為宣命虎符懷遠大將軍，鎮江府路總管府副達魯花赤 。馬薛里吉思由醫而官，以「忠君愛國」為名，開始建造教堂，「推廣教法」。《寺記》說：
馬薛里吉思雖登榮顯，持教尤謹，常有志於推廣教法。一夕，夢中天門開七重，二神人告云：汝當興寺七所。贈以白物為記。覺而有感，遂休官，務建寺。
馬薛里吉思於至元十五年(公元1278年)正月至鎮江，八月改授明威將軍。至元十八年，在鐵瓮門夾道巷「舍宅」建大興國寺。再於豎土山建雲山寺和聚明山寺(據