孔子的時代，周天子的權威沒落了，周人所尊崇的至上神——天的權勢也沒落了。先進的人們在考慮施政方針和個人行動的時候，只看現實的需要和可能，而不再顧忌上天的意旨了。孔子就屬於這種人，在他看來一個人有沒有道德修養，一個國家政治是不是清明等等都是由人決定的，跟天沒有關係。他說：「仁遠乎哉？我欲仁，斯仁至矣。」(《述而》)這是說一個人是否能達到仁的境界，不依賴外部因素，就看他有沒有「欲仁」的堅強信念，如果有，一定會成為仁人。孔子又主張「為政在人」(《禮記·中庸》)，也就是說不在神。以衛國為例，衛靈公昏庸無道，但衛沒有亡國，是不是神佑的結果？孔子認為不是，原因在衛國有幾位賢大夫分管幾個重要部門，就把衛國政局給支撐下來了。主張有神論的墨子批評道：「儒以天為不明，以鬼為不神。」(《墨子·公孟》)這就從另外一個方面說明，孔子否認天和鬼神對社會生活的支配作用。
但孔子並不是一個真正的無神論者，他從不否認神、鬼的存在。例如天就在他的心裡佔有崇高的地位，危險時，他要用天來鼓舞自己，宋大夫桓魋要殺他，他說：「上天給了我美德，桓魋能把我怎樣！」(《憲問》)在諸侯不支持、眾人不理睬的情況下，他說：「老天是了解我的！」(《憲問》)發誓時要提到天：「如果我做了虧心事，讓天厭棄我！」(《雍也》)他還說：「得罪了老天，禱告是沒有用的。」(《八佾》)應該說這些都反映了舊的宗教觀念的殘餘。昔日全能的上天，對孔子來說只能是在必要的時候呼喚一下，由這個想像中的存在，慰藉、支持他這個孤獨的行道者。
在至上神天的下面，還有各種各樣的神鬼，傳統觀念認為它們都有福善禍淫的能力。孔子對它們的基本態度是「敬而遠之」。弟子樊遲問什麼是智？孔子答道：「務民之義，敬鬼神而遠之，可謂知矣。」(《雍也》)聰明人集中力量做與民生有關的事，而不是去諂媚鬼神，對它們要敬而遠之。這就是說，他對鬼神持懷疑和疏遠的立場，既要擺脫舊宗教觀念的束縛，又不肯與它決裂。所以凡是遇到這類問題，孔子都把它擱置起來。子路問如何事奉鬼神，他答道：「未能事人，焉能事鬼？」又問人死後是怎麼一回事，他答道：「未知生焉知死？」(《先進》)教導子路努力了解人生，學會事奉人，把鬼神等問題放在一邊。子貢問死人是有知還是無知？孔子說，說有知，我怕孝子厚葬父母，損害活人；說無知，我怕不孝子孫不葬父母，棄屍荒野。所以不能說。你如果真想知道答案，等你死時慢慢體會去吧。(見《說苑·辨物》)
殷周以來的宗教觀念中有天命之說。所謂天命就是至上神的命令。孔子心目中的天已經不是活靈活現的神，能發布命令，擺布人類了，命當然就有了新的意義。他認為命是一種不可知、不可抗拒的外在力量，命能夠帶給人幸或不幸。他的一些談到天的話，那個天其實也指的是命。伯牛是賢人，卻得了惡疾，孔子去看望他，就說這是命：「亡之，命矣夫！斯人也而有斯疾也，斯人也而有斯疾也！」(《雍也》)好人得惡疾，不應該是上天的安排，這種不合情理的事只能歸結為命。那麼命運能對人生的哪些方面起作用呢？子夏說：「商(子夏姓卜名商)聞之矣：死生有命，富貴在天。」(《顏淵》)子夏聽說並且當作正確道理講出來的，應該是孔子所傳授的。這就是說在孔子看來生死壽夭、富貴貧賤等等生活遭遇，是命、天(也是命)決定的。但命不能決定人的精神生活、道德生活。人在現實生活領域沒有自主權，但他在道德生活中是有自主權的，他可以選擇善或惡，可以通過艱苦努力達到很高的道德境界。在社會生活中，命也能對許多事情起作用，譬如說，道在一定時間的行與廢便是命決定的。孔子說：「道之將行也與，命也；道之將廢也與，命也。」(《憲問》)那麼人在這種情況下，是否要聽從命運安排，不去行道？不。子路說：「君子之仕也，行其義也。道之不行，已知之矣。」(《微子》)君子儘管已經知道道在現今行不通，但他還是應該盡其義務，也就是行道。孔子本人正是這樣，他50歲之後用了14年的時間周遊列國，遊說諸侯，但遭到的是冷淡、白眼，在他已經知道他的道不能行時，仍然繼續奔走，不怕挨餓受苦，不顧生命危險，堅持行道。從他個人說，這是從道德良心出發，盡自己應盡的義務，從社會方面說，他是相信道終究是可以大行於天下的，他個人的努力雖然一時見不到成效，但畢竟不會是徒勞的，對於道在未來的行時必定會起積極的作用。
總之，孔子承認有命，但卻不是命定論者。在富貴壽考方面他無所求，一切聽其自然，他顯出的無所作為是不想爭，而不是不敢爭。在道德修養和行仁禮之道方面，他有強烈的追求，百折不撓，奮鬥到底，雖說有命，但並不把它當作一回事。所以從這個角度說，命不是人屈從的對象，而是人抗爭的對象。服從內在的道德良心，搏擊外在的命的盲目力量，這是人生的真諦。