今文學家傳經的主導思想是「通經致用」。「致用」的觀點本來無可非議，但是今文學家把它作了簡單化、庸俗化、神秘化的理解，也就是學什麼用什麼，並且立竿見影，於是就出來以《春秋》斷獄，以《禹貢》治河，以《洪範》預察政變的奇事。
《洪範》是《尚書》的一篇。憑它來預察政變是今文《尚書》學者夏侯勝的故事。原來，漢昭帝死後，大將軍霍光迎立昌邑王劉賀為皇帝。劉賀荒淫無度，即位不滿一個月又被霍光廢掉，從民間迎立了漢武帝的玄孫劉洵，就是宣帝。在漢朝，這是一件重大的政治事件。據《漢書·夏侯勝傳》記載，在霍光策劃廢立時，天氣久陰不雨。夏侯勝就勸阻劉賀不要外出，說是有人想搞掉他。霍光聞訊以為事情泄漏出去，派人去問夏侯勝是怎麼回事，夏侯勝說他是根據他老師夏侯始昌的《洪範五行傳》上「皇之不極，厥罰常陰，時則下人有伐上者」的話推論出來的。因為夏侯勝最後也贊成廢立，所以霍光對他優禮有加，並且叫他用《尚書》輔導幼帝和太后。今文學家的「致用」，由此可見一斑。
今文學家「通經致用」的根本理論是「天人感應」說。認為：上天是有知的。人間的重大活動，上天不但可以感應得到，而且還會作出種種反應(叫做「天變」)來昭示世人。西漢今文學大家、《公羊春秋》學者董仲舒就是這一派學說的代表人物。《漢書·董仲舒傳》記載著他回答漢武帝問政的話，大意說：《春秋》上有許多古代的事例反映了上天對世人的昭示，甚是可畏。如果國家無道，上天首先用災害來譴責；如果不覺悟，再用怪異來警告；還不改正，就要自取滅亡了。所以各種天變都是上天對人主的關懷，不願意叫他滅亡。只要不是不可救藥，上天總是救助的。問題在於自己要努力。努力問學則認識日明；努力行道則德行日高。《詩經》上說「夙夜匪懈」，就是叫人努力。這就是董仲舒有名的「天人三策」的主旨。
「天人感應」說，或許是為了借「天威」以鎮懾皇帝，因為他是「天子」，沒人能管他。所以有時也確實能迫使皇帝下詔「罪己」。但是這種作用畢竟有限，而且這種理論的極端發展就和戰國以來方士的神仙迷信合而為一了。
為了通經致用，就要揣摩經書里的所謂「微言大義」。「微言」就是「簡單而微妙的用詞」；「大義」就是「大道理」。因此就難免出現許多穿鑿附會之談，使經文的講解煩瑣而無稽，甚至到東漢竟發展到一句話的講解會多達數萬字。據唐代學者顏師古《漢書》注引漢代桓譚的《新論》說，有個叫秦延君的經師講《尚書》中《堯典》這一篇兩個字的題目就講了三萬字，可見其煩瑣。今文經說流傳至今的，除《公羊》、《穀梁》兩傳外，還有《韓詩外傳》、《春秋繁露》、《白虎通》等可供參考。
一個是追逐利祿，一個是迷信妖妄，一個是煩瑣無稽，漢代今文經學有這三個致命的弱點，最後由盛而衰，走上它的反面，就是應有之義了。
東漢以後，學者們漸漸傾向於古文經。著名的經學家如賈逵、鄭眾、馬融，以及賈逵的學生許慎等都是古文派大師，而今文派除何休之外就沒有什麼著名的大學者了。
古文經派學者努力恢複他們心目中的儒學正統，為此就要正確地理解經典文字，以期用「三代」的典章制度來服務於時政。因此可以說古文經派是把經書作為歷史文獻來研究的，注重字義的解釋，名物的考辨，典章的尋繹。我們從流傳至今的許慎的《說文解字》來看，那確實是為了正確地把握字義而下過實實在在的研究功夫的。《說文解字》從和帝永元二年(公元100年)到安帝建光元年(公元121年)歷時22年完成。許慎在自敘中說：「要了解古人的意思，必須了解古人的文字，而不能作穿鑿附會的解釋。文字是經義的根本，是溝通古今的橋樑。只有從根本上弄懂字義，才能真正了解經文。」漢代古文經派治經的基本觀點大體就是如此。
到了東漢末年，馬融的學生鄭玄(字康成)解經兼采今古文兩派之說。他學識淵博，遍注群經，在名物訓詁上做了許多有益的工作，但也有一些今文派的怪誕之論。
魏晉時代，老子、莊子的學說盛行，儒經的解說又受到道家的影響。特別是王弼、何晏注《易經》，糅合了許多道家的觀點。這時有一個比鄭玄晚進的曹魏貴戚經學家王肅，他治經也是兼用今古文說，但有意反對鄭玄。於是形成魏晉經學上的鄭王之爭。不過王肅的影響不太大。
到了南北朝，經學分為南北兩派。南派行以王弼、杜預為代表的魏晉經學，北派行以鄭玄為代表的東漢經學，稱為「南學」、「北學」。
隋朝統一後，南北學合流。到了唐代，出於統治的需要，很重視經籍的整理。據《舊唐書·儒學傳》記載，唐太宗因為「儒學多門，章句繁雜」，於貞觀十六年(公元642年)命當時著名學者、國子監祭酒(太學的主管官)孔穎達等一批儒臣編撰了一部《五經正義》，作為明經科考試的標準。這部書初名《五經義贊》，編成後，太宗改名《五經正義》。據《舊唐書·高宗紀》記載，《五經正義》里有一些錯誤，孔穎達死後，幾經討論、修訂，直到高宗永徽四年(公元653年)才正式頒發。從此《五經正義》就成為天下讀書人必遵的法定經文註解本。它們是：《周易正義》、《尚書正義》、《毛詩正義》、《禮記正義》、《春秋左傳正義》。
此外在高宗永徽年間還由儒臣賈公彥撰成《周禮註疏》、《儀禮註疏》，稍後又有楊士勛作《春秋穀梁傳註疏》。此外還有徐彥作《春秋公羊傳註疏》。《五經正義》加這四部書，合稱《九經正義》，這是唐代對經學的一次大總結。
宋人研究經書不重訓詁考證而重義理探討。朱熹廣注典籍，其中《四書章句集注》、《周易本義》、《詩集傳》，以及朱熹弟子蔡沈的《書集傳》對後代有很大的影響。但是宋初科舉考試仍沿用唐代《九經正義》。到宋真宗咸平二年(公元999年)，命國子祭酒、經學家邢昺〔bing丙〕等作《論語註疏》、《孝經註疏》、《爾雅註疏》。此外還有一部題名孫奭〔shi式〕作的《孟子註疏》。至此，13部經典都有了法定的經文和註疏本，並且宋代已各有刻本了。到了明代始匯刻《十三經古注》及《十三經註疏》兩套叢書。到清代，學者阮元取宋刻本校勘，並寫出校勘記，作了最後的總結。這就是我們今天見到的通行本《十三經註疏》。現在常見的1980年中華書局據原世界書局縮印本影印的本子，就是以清代阮元的刻本為底本的。
「注」是「註解」的意思，起源於戰國。現行的經注，除唐玄宗的《孝經》注以外，大體是唐以前的人作的。這些註解名稱不一，或叫「傳」，或叫「箋」，或叫「解」，或叫「注」。後來統稱為「注」。
「疏」是「疏通」的意思。經疏起源於南朝。現行的經疏大體是唐以後的人對前人的注以及經文的進一步解說。名稱也不一樣。或叫「正義」，或叫「義疏」，或叫「義贊」。後來統稱為「疏」。
經典原文和註疏文字本來是別本單行的。宋以後為了讀者方便才把註疏文字分排在被解說的經文文句之下，成為現在的樣子。《十三經註疏》是自漢至宋有代表性的註疏總集結。它們是：
《周易正義》(10卷) ［魏］王弼、韓康伯注 ［唐］孔穎達等正義
《尚書正義》(20卷) ［漢］孔安國傳 ［唐］孔穎達等正義
《毛詩正義》(70卷) ［漢］毛公傳、鄭玄箋 ［唐］孔穎達等正義
《周禮註疏》(42卷) ［漢］鄭玄注 ［唐］賈公彥疏
《儀禮註疏》(50卷) ［漢］鄭玄注 ［唐］賈公彥疏
《禮記正義》(63卷) ［漢］鄭玄注 ［唐］孔穎達等正義
《春秋左傳正義》(60卷) ［晉］杜預注 ［唐］孔穎達等正義
《春秋公羊傳註疏》(28卷) ［漢］何休注 ［唐］徐彥疏
《春秋穀梁傳註疏》(20卷) ［晉］范寧注 ［唐］楊士勛疏
《論語註疏》(20卷) ［魏］何晏等注 ［宋］邢昺疏
《孝經註疏》(9卷) ［唐］玄宗御注 ［宋］邢昺疏
《爾雅註疏》(10卷) ［晉］郭璞注 ［宋］邢昺疏
《孟子註疏》(14卷) ［漢］趙歧注 ［宋］孫奭疏
《十三經註疏》共416卷，是我們研究儒家經典的基本材料。遺憾的是其中《尚書》的一部分經文和所謂孔安國的傳都是東晉以後的人偽造的，未免是白璧之玷。這個失誤出於唐人作《五經正義》時失察。他們太迷信孔壁古文經，以致選了這麼個偽本，而未採用馬融、鄭玄的注本。這樁公案直到清代才算弄清。
元明兩代規定科舉用宋人經說。明永樂間頒行《四書五經大全》，廢漢唐註疏不用，專宗宋人之說，以應付科舉。顧炎武《日知錄》批評它：「自八股行而古學