經書的傳習，從先秦時代起就有了不同學派。歷經秦漢，各個學派又演變出諸多的支派。據《漢書·儒林傳》記載，西漢時代重要的派別有十五六個：
《易經》：有施讎、孟喜、梁丘賀、京房四家。其中施、孟、梁丘三家是從漢初學者田何一派演變出來的。武帝時只立了一個《易經》博士，即田何派；宣帝時施、孟、梁丘三家分別立了博士。京房一派傳者叫焦延壽，元帝時立了博士。此外還有費直一派，未立博士。
《書經》：有歐陽和伯、夏侯勝(又稱大夏侯)、夏侯建(又稱小夏侯)三派。是由秦入漢的秦朝博士伏生傳下來的。武帝時歐陽氏立了博士。宣帝時大小夏侯氏也立了博士。
《詩經》：有申培、轅固、韓嬰三派。其淵源都在漢朝以前。申培是魯人，所以他傳的《詩》叫「魯詩」。轅固是齊人，所以他傳的《詩》叫「齊詩」。韓嬰是燕人，但他所傳的《詩》不叫「燕詩」，而叫「韓詩」。魯、韓兩家，文帝時立了博士，「齊詩」到景帝時也立了博士。
《禮經》：當時《禮經》指漢初學者高堂伯所傳《士禮》(即《儀禮》)17篇，後來分成戴德(又叫大戴)、戴聖(又叫小戴)、慶普三家。武帝時只立了一個《禮經》博士。宣帝時大小戴分別立了博士。《後漢書·儒林傳》說「三家皆立博士」。
《春秋經》：《公羊傳》有嚴彭祖、顏安樂兩家，傳人叫胡毋子都。武帝時只立《公羊春秋》博士。宣帝時嚴、顏兩家分別立了博士。《穀梁傳》有瑕丘江公一家，傳人是申培，宣帝時立了博士。
總的說，西漢時這些主要的經書學派都立了博士，他們用的經書都是拿隸書寫的通行本。
景帝以後各地陸續發現了一些先秦時代的古經書。據《漢書·景十三王傳》記載，喜好古籍的河間獻王劉德就曾搜集到許多先秦舊書，有《周官》(即《周禮》)、《尚書》、《禮記》、《孟子》、《老子》等等。此外還有一個喜歡營建宮室的魯恭王，曾經拆毀孔子舊宅擴建王宮，在牆壁里也發現過古經。據《漢書·劉歆傳》記載，其中有《逸禮》(即《周禮》)、《尚書》、《左傳》。又據《漢書·藝文志》說還有《禮記》、《論語》、《孝經》等。此外民間也時有古籍發現。據《論衡·正說》記載，宣帝時河內女子拆老屋，發現過《易》、《禮》、《尚書》各一篇。
新發現的這些古經都是用先秦的古文字書寫的。就是博物館中展覽的先秦銅器上泛稱「大篆」的那種文字。相對漢朝的隸書來說，大篆是古文字，所以就把這些古經叫「古文經」，把用隸書寫的通行本經書叫「今文經」。「今文」就是「當代文字」的意思。
無論是古文經還是今文經，那時的寫本早就失傳了。但是1973年在湖南長沙的馬王堆發現了一座西漢軑〔dai帶〕侯利蒼妻子的墓，從中出土一批西漢時代的古籍，其中有《易經》殘本和老子《道德經》等等，都是用隸書寫在帛上的，叫做「帛書」。據此我們知道西漢的今文經寫本大體就是那個樣子。
通過比較研究，馬王堆出土的隸書本古籍和今天通行的楷書本古籍不但字體不同，有的字句也不同，甚至篇章次第都不同。拿《易經》來說，「八卦」的排列次第和今本《周易》就不一樣。《道德經》也不同於今本。今本是「道經」在前，「德經」在後，所以叫《道德經》。古本正好相反，是「德經」在前，「道經」在後，成了「德道經」。用今天的眼光看，那出土的隸書本經書就是今天的古文經，而現在通行的楷書本經書就是今天的今文經。漢代經書的今古文之別，說穿了也不過就是這麼回事。
從今天古籍整理的立場看，不管有怎樣的古今差異，把所有的書拿來比較研究就是了。但是漢代傳經可不是搞古籍整理。那時把孔子看成為萬世立法的大政治家，「五經」是被作為國家施政的指導原則來遵奉的。因此，經書的講解有著濃厚的政治色彩。而且那時的太學是官署性的機構，所以把在太學設置某一經博士稱為「立於學官」。某一家經說一旦立於學官，就意味著取得了法定地位，就成了「官學」，相對民間的「私學」來說，就有政治上的權威性。
就經師個人來說，也有很大的利害關係。那時，往往只憑「通一經」就可以飛黃騰達。武帝時有個叫公孫弘的人就憑著一本《公羊傳》，官至卿相。據《漢書·夏侯勝傳》記載，夏侯氏講學時常對學生鼓吹：「只要讀懂經書，作官就不費吹灰之力。經書讀不通，不如回家去種地。」還有個叫韋賢的說：「留給兒子滿筐金，不如教他一本經。」可見掌握一本經書對一個人的前途有何等重要。可以想見，他們費了九牛二虎之力，好不容易讀熟了今文經，忽然又跑出個古文經來和他們唱對台戲，不是要侵犯他的地盤，分奪他的利祿么？所以經書今古文之異，往往牽涉到不同的人乃至不同的學派、不同的政治集團的利益。尤其是在「立於學官」的幕後，往往存在著尖銳複雜的政治鬥爭。今文經師所把持的學官，古文經派是很難插足的。因此那些被發現的古文經雖然報送到朝廷，卻一直束之高閣，沒有得到應有的重視，直到西漢末年才被當時的學者劉向的兒子劉歆重新發現。劉歆本來是今文經學家，但是他較早地接觸了古文經書。據他的朋友桓譚的《新論》記載，劉氏父子本來就讀過《左傳》，甚至家中婦女皆能諷誦。西漢哀帝時，劉歆在中秘(皇室藏書處)校訂圖書，看到更多的如《周官》、《毛詩》等古文經書。於是向哀帝建議設博士，加以傳習，但遭到今文派博士的一致反對。哀帝讓劉歆和博士討論一下，博士們根本不予理睬。於是劉歆寫了一封信批評他們(史書稱《移讓太常博士書》，見《漢書·劉歆傳》)。信中說他們「保殘守缺，挾恐見破(怕被否定)之私意，而無從善服義之公心」，「專己守殘，黨同門(搞宗派)，妒真道(仇視真理)」，並且還扣了一頂「違明詔，失聖意(違背聖旨)」的大帽子。博士們也不示弱，反過來說劉歆「亂改舊章，非毀先帝所立(誣衊老皇帝立的博士)」。雖然哀帝為劉歆解圍，說他無非是想弘揚經術，說不上「非毀先帝所立」，但劉歆自知觸怒了當權大臣不會有好下場，於是要求下放外任，離開了朝廷。
從此以後，今古文兩派之間一直處於水火不容的敵對狀態。據《漢書·儒林傳》說，《左傳》、《毛詩》、《尚書》、《逸禮》等古文經在西漢末年王莽當政時曾一度立於學官，但到東漢又都撤消了。東漢光武帝時也一度立過《左傳》博士，但由於鬥爭激烈，只保留了李封一任，李封死後就不了了之了。
今古文經學派之間的鬥爭不但在漢朝的學壇、政壇上演出過種種活劇，在此後一千多年的中國封建社會裡，也曾不斷地被某些政治家利用，直到清末的康梁變法還能看到它的影子。