儒家的典籍在秦始皇的時代曾經歷過一次歷史的浩劫。
秦始皇統一中國以後，廢除了商周以來的分封制，改行皇帝直接任命地方官的郡縣制。這是我國政治體制上一次重大的改革，標誌著我國從奴隸制向封建制的轉化進入一個新的歷史階段。
據《史記·秦始皇本紀》記載，秦始皇三十四年(公元前213年)，在一次宮廷宴會上，有個官員叫周青臣的，頌揚秦始皇改行郡縣制說：「陛下一統天下，四海臣服。改分封為郡縣，可以避免諸侯互相攻伐，從此百姓得以安居樂業，帝位可以傳之永久。陛下的威德為上古聖王所不及！」秦始皇很高興。沒想到有個博士官叫淳于越的反駁道：「商周兩代享國千年，實因分封宗室功臣以拱衛中央。陛下改分封而行郡縣，皇族子弟毫無權位，一旦天下有事，誰能保衛朝廷？治國不遵古制是不會長久的。周青臣諂言媚上，不是忠臣！」於是秦始皇叫群臣議論。丞相李斯說：「三代帝王治國因時而異。陛下建曠古未有之業，非腐儒所能理解。過去諸侯並立，各自養士自保，徒使以古非今，擾亂天下。如今陛下統一四海，法令歸一，百姓應努力生產，士人應研習法令。倘仍聽任他們各憑一己之學，是古非今，誹謗法令，皇帝還有何權威可言！所以臣以為除朝廷博士用書以外，六國史籍、民間《詩》、《書》之類百家之言應通通燒掉！此後有敢談論《詩》、《書》者，殺。有敢以古非今者，滅門。知情不舉者，同罪。令下三十日不燒者，刺配長城。至於醫、卜、農、林之書，可以保留。有研習法令者，以吏為師。」於是秦始皇批准了李斯的建議，下令焚書。這就是有名的秦始皇焚書事件的緣起。此後，除《易經》屬卜筮之書倖免之外，其他大部被焚。後來項羽攻破秦都咸陽，放火燒宮，秦廷的藏書也被付之一炬了。這是我國文化史上第一次浩劫。
但是，文化是毀滅不了的。據《史記·儒林列傳》記載，在秦朝覆亡之前，以孔子八世孫孔鮒〔fu負〕為首的一批山東儒生就帶著禮器投奔了陳勝起義軍。此外，各地私藏經籍的也大有人在。而且那時讀書著重背誦，記在肚裡的經書是燒不掉的，所以秦亡以後，又有些學者出來傳授儒典。到漢惠帝四年(公元前191年)政府正式宣布廢除秦始皇的禁書令，並且求訪古書。之後，這些私藏的經書又漸漸流傳起來，不過有許多已經殘缺不全了。
漢朝初年，訪求儒家經籍也是出於政治上的需要。據《史記·陸賈傳》記載：漢高祖劉邦手下的一個儒生陸賈很有口才。他曾經奉劉邦之命出使南越(今兩廣一帶)，說服南越王趙佗接受漢朝的冊封，因此深受劉邦器重。但是陸賈和劉邦討論問題時常常提到《詩》、《書》等儒家經典，劉邦對此卻大不以為然。他曾經訓斥陸賈說：「老子騎馬打天下，要你那《詩》、《書》幹什麼用！」陸賈不慌不忙地反問劉邦：「陛下騎馬打天下，也能騎馬治天下么？湯王、武王騎馬打天下，但是以仁義治天下，文武並用才能長治久安。倘使當初秦始皇統一天下之後學習古代帝王以仁義治天下，陛下能推翻他么？」幾句話頂得劉邦無言答對，只好說：「那你就把秦皇何以失天下，我何以得天下，還有古人成敗得失的教訓都寫給我看看！」於是陸賈一連寫了12篇論述治亂興亡之道的文章送給劉邦，劉邦每看一篇都說「好得很！」
這個故事說明劉邦統一中國之後迫切需要一種政治理論來鞏固政權，而儒家思想正好適合這種需要。不過在漢朝初年，儒家思想並沒有在朝廷佔上風，倒是道家、法家的理論頗受青睞。儒家理論是經過惠帝、文帝、景帝三朝逐步加強其影響，直到武帝時代罷黜百家，獨尊儒術，才取得統治地位的。這時距漢朝開國已經有半個多世紀了。
漢朝尊崇儒家學說，就鼓勵人們學習經書。政府在太學設置通曉各種經典的博士官，招收學生講習，經過考試，成績好的可以擔任各種官職。由於政府的提倡，民間講學的風氣也日盛一日。據《後漢書·儒林傳》記載，到東漢極盛時代，有名的經師門下，弟子多達幾千人，在太學攻讀的學生曾經多到三萬人以上，連匈奴也選派貴族子弟來洛陽留學。本世紀50年代在洛陽發現了東漢太學遺址，鄭振鐸先生曾實地考察過，可見史書的記載是可信的。
由於儒家經書有如上所述的曲折經歷，所以到漢代就產生了通行本和古本的不同，從而出現了世界文化史上絕無僅有的持續一千多年之久的經書今古文學派之爭。