儒家學派最初有四門功課，也就是孔子教學生的四門必修課。它們是《詩》、《書》、《禮》、《樂》，漢儒稱之為「四術」。這是中國傳統的教育科目，孔子以前大約也是如此。因為《禮記·王制》說，古代「樂正(主管大學教育的官)崇四術，立四教，順先王《詩》、《書》、《禮》、《樂》以造士(造就人才)」。「四術」之中，《詩》、《書》是誦讀的，《禮》、《樂》是演習的。這四者就是當時的文學課、古代史課、政治課、音樂課。後來又增設了《易》和《春秋》，就是當時的哲學課和近代史課。這六門功課後人稱為「六藝」，也叫「六經」。
因為古代沒有樂譜，《樂》沒有留傳下來，到了漢朝只剩下「五經」。在漢朝的中央教育機關——太學裡，經書設有專任教官講授，稱為「博士」。漢文帝時開始立《詩經》博士，歷景帝至武帝，「五經」都立了博士。據《史記·武帝本紀》記載：「建元五年(公元前136年)春……置『五經』博士。」所以「五經」這個名稱完成於武帝時代，一直流傳至今。
前邊說過，《禮》有「三禮」，《春秋》有「三傳」，如果分開單算，再加《易》、《書》、《詩》，廣義的「五經」實含九種典籍，所以到了唐代就出現了「九經」之名。唐朝科舉的「明經」科，考的就是這「九經」，不過只是從中任擇一經，並不全考。
到了唐文宗開成年間(公元836—841年)曾經刻了一部石經，立在太學裡作為標準的經文。在「九經」之外，又增加了《孝經》、《論語》和《爾雅》三部書，共是12種經書。《論語》已經介紹過了。《孝經》是一部講孝道的書，成書時代在《孟子》以後，《呂氏春秋》以前，大體在公元前3世紀。儒家以孝悌為立身之本，孝道是封建倫理教育的基本內容，所以《孝經》也被列入經書。《爾雅》本不是經典，只是一部按意義分類解釋的古籍字典。因為對讀經很有用，所以也被尊為經書。實際上，《爾雅》是漢朝人在戰國時代學者們積累的訓詁資料的基礎上編定的。
到了宋朝，《孟子》又被列入經書，共13種。至此，儒家的經典才算集結完畢，以後再沒有增加。但是宋代還沒有「十三經」這麼個專名。一直到明朝匯刻《十三經註疏》和《十三經古注》(即去掉唐代以後的「疏」，只保留「注」)，才正式有「十三經」的名稱。明末清初的學者顧炎武《日知錄》卷十八提到至「國朝」乃有「十三經」之稱。這個「國朝」，在他的心目中恐怕應指明朝。清高宗乾隆五十六年(公元1791年)至五十九年(公元1794年)，把「十三經」刻了一通石經立在北京國子監。我們今天見到的「十三經」，像書店裡賣的《白文十三經》、《十三經註疏》等就是以此為本的。
「五經」、「四書」所含古籍，實際上包括「十三經」里除《孝經》、《爾雅》之外的全部經典。