當福州由徐樹錚、許崇智及王永泉等聯合光復後，奉系勸孫中山放棄恢複廣東計畫，令福建許崇智部會同駐桂滇軍分向湘贛進窺武漢，奉軍則直搗北京，可是孫認為必需先有自己的根據地，所以電令入閩各軍改編為「東路討賊軍」，以許崇智為總司令，黃大偉為第一軍軍長、許兼第二軍軍長、李福林為第三軍軍長，蔣中正為總部參謀長，襄辦討賊軍部隊整編事宜，每軍編四旅，三軍共12旅。
這時，孫中山派駐香港的人員鄧澤如、古應芬、林直勉、林樹巍、李文范等籌組駐港辦事處，推胡漢民遙領處長，下設三科，古應芬為第一科，林直勉為第二科，鄧澤如為第三科。
11年10月26日，孫中山正式任命鄒魯為駐港特派員，鄧澤如為理財員，要他們兩人和衷共濟，調和其他人的意見，以期達成早日滅陳的目的。關於支用款項手續，由鄧澤如負責把所有款項存於銀行，支用時則須鄧澤如、鄒魯共同簽字。
可是鄒魯還在北京，孫中山電召鄒來滬，鄒抵滬晉見孫中山，表示赴港後將以一個月籌款，一個月進行安排其他，兩個月可完成香港方面的討陳工作。31日鄒魯偕李文范抵港，邀集鄧澤如、林直勉、林樹巍、胡毅生、范其務、蕭冠英會議。滇桂軍將領楊希閔、劉震寰、蔣光亮、劉玉山等均派代表來港接洽。
孫中山曾於10月23日函廣西的滇軍總司令張開儒，略云：
「茲特派鄒海濱（鄒魯）兄回港，與各方策應接濟。海濱於民黨屢次圖粵，皆有力量，且深知粵桂軍之情，故使在港溝通一切，妥為照應，即乞時與接洽為荷。」
11月8日孫再函廣西滇軍將領張開儒、楊希閔把握時機，速圖廣東。
廣西境內有兩支系統不同的滇軍，一支由張開儒所率領，是顧品珍的殘部，從雲南退出來，可是實力很完整，由於人事關係，張開儒雖有總司令名義，卻不能統領這支軍隊，實權在楊希閔手中。著名將領有范石生、楊如軒、楊池生、蔣光亮各部。至於另外一支朱培德部是早就在兩廣的滇軍，曾隨孫北伐，後因陳炯明叛變而退至廣西。
楊希閔曾派代表黃實到香港和鄧澤如聯絡，要求幫助軍餉，11月8日鄧交付黃實港幣4.3萬元，省行券1萬元作為楊部發動討陳的經費。
鄒魯在港，曾和李烈鈞、古應芬、吳鐵城、謝良牧、譚啟秀、廖湘芸、魏邦平等分頭布置討陳事宜，鄒魯並貽書陳炯明，勸陳及時覺悟，撤出東江，否則當兵戎相見。
陳炯明當然時刻擔心孫中山回粵討伐。他的注意集中於福建方面，因為許崇智在福建整軍，隨時準備回師廣東，從前陳炯明也是從福建回師廣東的，他怕許等循他的舊路而來，所以於10月6日派洪兆麟為援閩粵軍總司令，在閩邊戒備。
陳炯明專心注意於粵閩邊境，卻忽略了他的後面。他的後面是廣西，廣西的滇桂軍聯合起來，在孫中山策劃和指導下，由梧州東下。
陳炯明在廣西也有安排，他利用桂軍將領林虎。林虎本身兵力不足，曾到湖南向趙恆惕借兵。他說湖南根據省憲法必須裁兵，可是兵不易裁，不如把一部分湘軍改換桂軍旗幟，讓林帶回廣西，將來廣西即可效法湖南制定省憲，這是一舉而兩得之策。可是趙恆惕沒有被他說動，林虎只好到廣東去見陳炯明，陳正好利用他來對付在廣西境內的滇桂軍，所以除了撥一部粵軍交他統率外，並令駐梧州的粵軍第四師（關國雄舊部）和桂軍第一師（師長劉震寰）均歸林虎節制指揮。
劉震寰早有取得廣西總司令的野心，陳炯明把廣西軍權交給林虎，對劉來說等於是澆了一盆冷水，因此他借口接洽軍火問題到廣州，隨即秘密到香港和鄒魯見面。
孫中山在上海和岑春煊也有接觸，通過岑和莫榮新的關係，沈鴻英也被拉了過來。沈是一個投機軍人，一方面和孫中山聯繫，一方面卻與吳佩孚保持接觸。此外廣西自治軍頭目之一的劉達慶也被吸收過來。
駐梧州、肇慶的粵軍如：陳濟棠、莫雄等部亦已和鄒魯約定，一旦滇桂軍東下，就假作抵抗，且戰且退，作滇桂軍的先導，退到適當地點，即一齊舉義共討陳炯明，直下廣州。
孫中山於是秘密委派楊希閔為討賊軍滇軍總司令，劉震寰為討賊軍桂軍總司令，和許崇智的東路討賊軍總司令合而為三支討陳炯明的主力。
同時孫中山派孫科到香港協助鄧澤如籌款，加派盧師締、鄧泰中赴香港和原在香港的楊蓁共同負責和滇軍接洽。
一切討陳的力量都組織了起來，就等發動了。
滇軍既已決定進攻廣州，可是在表面上則不露聲色。陳炯明所希望的，是滇軍能回雲南，滇軍乃揚言即日離開藤縣、蒙江，由潯州折入柳河，取道柳州回滇。陳炯明正是希望他們這樣做以去腹心之患，所以派人送了一批餉械，表示送行之意。
12月6日楊希閔與范石生、張開儒、朱培德、劉震寰、沈鴻英等將領在白馬廟召開軍事會議，決定討陳，於12月10日發動，作戰計畫為：
（一）沈鴻英軍以兩旅擔任攻擊府河東一帶；
（二）滇軍全部擔任由大河北岸經人和直攻梧州；
（三）劉震寰部由江南岸驅逐藤縣之敵直取廣州。
白馬軍事會議決定作戰計畫後，各軍即採取行動。劉震寰部於9日佔領藤縣，10日與滇軍聯絡一致，宣布討賊，誓師東下，11日各軍攻克容潭。
12日，劉震寰、范石生親率桂、滇軍開抵梧州，梧州的粵軍依照原來所約定，不戰而降，一部分詐退。粵軍第四師團長呂春榮首先響應討賊軍，劉震寰乃派其為粵軍第四師師長。
這時滇軍、桂軍都長驅直進，桂軍劉玉山部受楊希閔指揮，所以楊被推為滇桂聯軍總司令，粵軍呂春榮、陳濟棠等部受劉震寰指揮，所以劉被推為粵桂聯軍總司令。
同時，福建方面的東路討賊軍亦發動攻擊，19日東路討賊軍與王永泉部、臧致平部三方會師，攻克泉州。改編陸清汝降部為一旅。委張毅為東路討賊軍第十三旅旅長。
陳炯明在廣州接到梧州方面的警報後，即派葉舉為西江前敵總指揮，率領一、三兩師前往封川、江口增援設防。不料12年1月2日陳部第一師發生內變，第三師不戰而退，討賊軍連續佔領封川、德慶、悅城等縣。陳炯明見自己所部士氣不振，乃散布「客軍入境，廣東亡省」的流言，以鼓動粵軍加強團結抵抗外軍。
陳炯明寄望於湖南的趙恆惕出兵北江，雲南的唐繼堯出兵桂西，以解救廣東的危機，可是趙和唐都沒有答應。陳又撤回「援閩軍」以自救，但為時已晚。
12年1月初滇桂軍攻擊肇慶，粵軍作了內應，8日討賊軍長驅而入肇慶，10日攻克三水，進逼廣州。陳炯明在廣州召開緊急軍事會議，決定如果河口不守，即放棄廣州退往惠州，同時電請魏邦平回廣州共支危局，一面派李炳榮為省會保安司令，叫他留守廣州。
從13日到15日，三水等各地響應討賊軍通電討陳，粵軍第一師師長梁鴻楷、第三師師長陳章甫通電擁戴魏邦平主持粵局，河口又告不守，15日陳炯明乃通電下野，16日倉皇出走惠州。
12年1月16日，陳炯明離開廣州的當天，魏邦平由香港到了廣州。
也就是這一天，滇桂軍攻入廣州，電請孫中山回粵，復任大總統。北江、南路各重鎮次第為討賊軍所克複，黃明堂克複欽廉，陳繼虞、王鳴亞克複瓊崖。東路討賊軍許崇智、李福林兩部回師潮梅。
1月17日胡漢民由滬抵港，寄寓杜應坤家。鄒魯則赴廣州，在省長公署設立特派員辦事公署。
20日孫中山自上海電委鄧澤如為廣東省長，伍學滉為鹽運使，楊西岩為財政廳長。又另電胡漢民、李烈鈞、許崇智、魏邦平、鄒魯為全權代行大總統職權。鄧澤如是一位華僑，追隨孫中山奔走革命達廿年，洞悉治理，深體商情，這次策劃驅逐陳炯明，居功最大，故以廣東省長相酬。鄧澤如認為自己能力不夠，聲望亦不夠，力辭省長，並請改委胡漢民，情詞懇切，於是孫中山乃任命許崇智為粵軍司令，胡漢民為廣東省長。21日胡漢民、李烈鈞由香港抵廣州。25日胡漢民就任廣東省長。
孫中山在上海積極整理國民黨本部，21日正式任命國民黨本部各部部長，總務部部長彭素民、黨務部部長陳樹人、財務部部長林素民、宣傳部部長葉楚傖、交際部部長張秋白。23日並委居正、孫洪伊、楊庶堪、杭辛齋、覃振、張靜江、于右任、呂志伊、周震麟、廖仲愷、田桐、戴傳賢、陳獨秀、張繼、劉積學、謝持、王用賓、詹大悲、黃復生、朱之洪為參議。
陳炯明的失敗在於低估滇軍的攻擊能力，同時全部注意力偏向於粵閩邊境的許崇智部。而滇軍在桂生計為艱，後無退路，大家都認為攻下廣州，一切困難俱可解決。
11年，唐繼堯曾派張瑞萱（山東人，國會議員，吳景濂手下四大金剛之一，後參加非常國會，隨林森到昆明