廣州發生了陳炯明叛變後，福建也出了問題，福建發生了什麼事情呢？一半是和部分的北伐軍（許崇智等部）退到福建有關，另一半是徐樹錚的介入。現在先把福建和這兩方面的關係敘述一下：
許崇智和福建本有深厚淵源，早在民國2年，他就以第十四師師長在福建駐軍，二次革命時曾擔任福建討袁軍總司令，被革職拿辦。6年12月又隨著陳炯明（援閩粵軍總司令）駐紮漳州，直到9年8月，在這期間他和福建督軍李厚基相處甚為融洽。
至於李厚基呢？他是不折不和的皖系，2年11月他還是第四師（楊善德任師長）第七旅旅長，率部隨劉冠雄到福州。3年7月任福建護軍使，5年3月出任督理軍務（就是督軍）。6年5月督軍團在北京開會，兩次招待議員，都是由他代表致詞。直皖戰後，他和浙江的盧永祥算是皖系的兩支殘餘力量。
在南方他暗中和孫中山示好，與許崇智亦有關係。
李厚基下面有兩股力量，一股是第二師師長、汀漳鎮守使臧致平，另一股是二十四混成旅旅長王永泉。王是徐樹錚的西北參戰軍所培植的。早在7年9月，王永泉以「奉軍補充旅」名義，實際受小徐指揮由洛陽南下，經蚌埠、浦口，轉乘建新、福州兩輪開往福建。
臧致平和王永泉都不是李厚基的直接部屬，對李態度一向傲慢，李當然視他們為眼中之釘。
直奉戰後，奉系戰敗，而南方由於陳炯明叛變，孫中山亦離開了廣東，於是本來是皖系的李厚基乃竭力獻媚吳佩孚以求保全自己的位置。吳則因為福建瀕海，鞭長莫及，正好利用李作為分化皖系和對付廣東的爪牙。李得到了吳的支持，就先對臧致平下手。11年6月5日，他突然到漳州解除臧致平的第二師長兼職，改由自己兼任，令臧專任汀漳鎮守使，臧因此忿而離漳去滬。接著他請北京政府調開王永泉，因此皖系的人罵李忘恩負義。
李背叛皖系不過是自求生路，但他似乎太過火。他和徐樹錚是中表親，又是同鄉，早在10年春天，徐曾秘密到福州，勸李必須與盧永祥忠誠合作，又托李代致陳樹藩一個密電，李收了電稿並未替他照發，對小徐的態度也很冷淡。
11年8月18日徐樹錚在上海，曾有一函致吳佩孚，勸他擁戴孫、段二老共謀統一，吳當然聽不進去。小徐又派人持函到福州去見李厚基有所接洽，李竟拒而不見。有人看不過意對李說：「你們是至親，這樣做不太過分嗎？」李竟大聲說：「有什麼過分，他是一個慣於興風作浪的人，我惹不起他，還是少接觸以免是非。」
10月2日，徐樹錚攜帶80萬元的運動費，由浙江偷越仙霞嶺潛抵延平王永泉軍中，隨小徐同行的有曾任旅長的尹同愈、曾任團長的齊暗農和孫象震，以及曾任營長的汪某。因為事先已洽好，所以小徐抵延平的當天，就通電設立「建國軍政制置府」，自稱總領建國軍政府制置事宜，並宣誓「以至誠至敬，尊奉合肥段上將軍祺瑞、中山孫先生文為領導國家根本人，何日見此二老共踐尊位，發號司令，樹錚即當束身司敗，俾聽質訊。」這是一個不倫不類的組織，是根據徐樹錚所著《建國詮真》一書設立的。
3日小徐電勸李厚基辭職離閩，限於5日以前答覆。同日王永泉、許崇智兩部決定聯合進攻福州。許部擔任左路由建甌進攻古田，王部擔任右路由樟湖坂進攻水口。
福州大為震動。李厚基勒令商會籌餉50萬元，福州發生擠兌風潮，官吏眷屬紛紛避難，離開福州。6日許崇智部佔領古田，會合王永泉旅進攻水口，並派黃大偉，李福林兩部由古田經大湖向福州推進。孫本戎旅由大湖向白沙推進，包抄水口後路，並截斷水口、福州間的交通線。9日李派他的表弟警務處長史廷颺率領留省部隊開赴水口增援。12日許、王兩部佔領水口，閩方唐國謨旅向福安、閩清方面退卻。李福林、黃大偉兩部遂乘虛由甘源里進至洪山橋，前鋒由王懋功率領，輕騎進入福州，李厚基部來不及抵擋，李厚基首先跑到台灣銀行，隨後又逃上海軍軍艦。海軍在薩鎮冰指揮下，勒令李部繳械，並將李厚基軟禁在馬尾海容軍艦上，逼迫李交出他在福州搜刮到的財富。
13日閩方史廷颺部從白沙敗退下來，曾向福州城發動反攻，李、黃兩部因人數不多，倉皇退走，幸好孫本戎部由白沙銜尾追擊史廷颺，李、黃兩部回師應戰，史廷颺腹背遇敵，所部3000餘人遂繳械投降。
李厚基垮台後，福州各團體遂提出「閩人治閩」的口號，推舉薩鎮冰為臨時省長，並通電拒絕「客軍人閩」，阻止南北兩軍在福建境內作戰。
薩鎮冰和海軍本是站在北京政府一方，可是這次驅李戰爭中卻幫助了南方的北伐軍，不過他卻不肯脫離北方，而直系也想利用海軍來驅逐北伐軍，授意北京政府於10月15日任命薩鎮冰為福建省長。於是這個福建省長既是福州各團體所推選，又是北京政府所任命。
薩鎮冰在給北京電報時，把扣留李厚基一事說成是「保護」，而吳佩孚則將計就計地請薩派遣軍艦把李厚基護送到廈門登陸。
福州的易幟，是孫、段、張三角同盟在直系全盛時期打下的一個缺口，北伐軍也算找到了一個立足點，因此張作霖派奉天兵工廠督辦韓麟春到上海，勸孫中山出兵江西、湖南，並約盧永祥進攻江蘇，而奉軍即大舉入關反攻。國民黨人也紛紛電請孫中山到福州組織政府。由於徐樹錚已經有了一個組織，孫不願插足其間。孫的主要目的是要討伐陳炯明，光復廣東，清除後患，才能出兵北伐。盧永祥則頗不以小徐的政府為然，所以也不肯盲目相從。
10月17日，徐樹錚、許崇智、王永泉進入福州，徐樹錚便以「制置府」總領的名義，任命王永泉為「福建總撫」，統轄軍民兩政；並任命王永泉、許崇智、臧致平、李福林、黃大偉為建國軍第一至第五軍軍長。在此以前，孫中山曾任命許崇智為東路討賊軍總司令，下設三軍，由黃、許、李三人分任軍長，所以他們都不肯接受小徐的命令，他們便從10月28日起，改稱「討賊軍」。
薩鎮冰已於10月15日就任臨時省長，照理說，所謂的福建總撫，應該是具有督軍兼省長的性質，但是王永泉、許崇智等並不否認薩的省長地位，他們都參加薩歡迎他們的宴會，因此這個時期的福建便成為孫、皖和北京政府三種勢力和平共處的地區。
10月24日，北京政府下令討伐徐樹錚，任命李厚基、薩鎮冰為討逆軍總司令和副總司令，高全忠為閩軍總指揮。這個命令是在吳佩孚的一再催促下才發表的。本來應該把北伐軍一併列入討伐之列，只因王寵惠內閣不願與國民黨為敵，所以把討伐的對象只集中在徐樹錚一人身上。
妙的是，北京所任命的討逆軍副總司令，這時卻正在福州和被討伐的人和平共處，而總司令卻是一個失去自由的俘虜。
更荒唐的是，北京參陸辦公處已於10月18日電派常德盛為援閩軍總司令，因此現在北京對福建就派出了兩個總司令，一個是援閩總司令，一個是討賊總司令，兩者各不相屬。李厚基雖然被俘，但他的直屬部隊王獻臣旅在上杭、張清汝旅在泉州、高全忠師在廈門，所以吳佩孚依然重視他。此外吳還調動各路人馬，包括駐武穴的魯軍張克瑤旅、駐崇陽，通城的鄂軍第二混成旅寇英傑、北洋第二混成旅胡念先兩部和杜錫珪所屬海軍艦隊以及在江西的周蔭人、常德盛兩師。常師已於10月18日由南城開抵杉關。粵軍尹驥旅開抵平和後擬向龍岩推進，尹於10月16日曾到上杭與王獻臣會商作戰計畫，此時陳炯明希望取得指揮閩、粵、贛各軍的軍事全權，以便統一布置，吳佩孚不願把北軍的指揮權交給陳，因此陳的態度便趨於消極，不肯單獨進攻。
徐樹錚奇襲福建，震動全國，可是不知他是怎樣想法，組織了一個不倫不類的怪政府，名既不正，言又不順，引起了各方的反感。尤其是所謂的「總撫」，更是奇形怪狀的名堂，頗似清朝的總督、巡撫，他所編擬的組織，是總撫之下設軍政、民政、財政三署，這個制度也是根據《建國詮真》的官制篇所規定的。
10月30日，建國軍、討賊軍舉行聯合會議，選舉福建籍的國民黨人、廣州國會議長林森為福建省長，同日，王永泉取消「總撫」名義，改稱福建總司令，並取消建國軍名義，改稱福建第一軍軍長。徐樹錚表示「建國軍政制置府」的職權，類似國務院，將隨軍事之進展而遷移他處，不會長期設在福建。這一表示仍然不能獲得諒解，徐又打算取消制置府，改稱建國軍總司令。
11月1日，徐樹錚通電主張迎接段祺瑞到上海和孫中山見面，並在上海召開聯省會議，解決組織政府和各省共同出兵討伐直系的問題。然而徐的電報卻沒有人響應。
就是這個時候，段祺瑞派王郅隆到福州來，勸小徐取消制置府，離開福州。而王永泉這時也不願意有一個不倫不類的太上皇，自己已是福建的主人，所以便企圖把小徐趕走。許崇智等認為這是皖系自己鬧意見，不