9年7月2日徐世昌正式下令批准靳雲鵬辭職，靳在請假期間，國務總理是由薩鎮冰代理。靳辭職後，亦竭力推薦周樹模組閣，自己願意擔任陸軍總長。靳的堅決求去，是因為安福系三總長遇事和他作對，而在直皖兩系磨拳擦掌，躍躍欲戰的局勢中，他感到左右作人難，更怕皖系以叛徒名之，所以他急於求去。他之所以願意退居陸軍總長地位，是怕他不做，小徐便乘機攫去，他和徐樹錚同名列段手下的四大金剛，可是兩人卻勢同水火。
北京雖忙於新閣問題，而保定關心的卻是小徐解職的問題，張作霖與曹錕裡應外合地催促罷免徐樹錚。吳佩孚宣稱非取銷籌邊使不可，如有反對，決先解散國會，盛傳吳軍已開抵長辛店。
7月4日，徐世昌在總統府舉行特別會議，參陸處員均到，會議結果，對西北軍決用部令改歸部轄。西北軍司令部即撤銷。徐樹錚開去籌邊使，改任將軍，遺缺由李垣署理。散會後即由總統府擬定命令共有三項：
（一）特任徐樹錚為遠威將軍。
（二）徐樹錚應即開去西北籌邊使，留京供職，西北籌邊使著李垣暫行署理。
（三）西北邊防總司令一缺著即裁撤，其所部由陸軍部接收。
這些命令，徐世昌認為是根據29日徐段張三巨頭會談時所決定的，當時段在會談時並未表示反對，可是段祺瑞則認為他在會談中沒有同意這個決定，段認為徐世昌是自己扶起來的傀儡，現在竟依靠「地方藩鎮」勢力而自專自行。對於徐樹錚的處置不經辭職而予免職是不給面子，也不顧及段的顏面，所以命令發表時，段在團河大怒大罵。
靳雲鵬辭職獲准後，依法閣員應隨總理同進退，所以代理總理薩鎮冰主張聯帶辭職，可是安福系的三位總長都出而反對，相約不提辭呈。當總統准靳氏辭職時，即打算提名周樹模為國務總理，咨請同意案送至國會，而安福系的國會議員則相約以不開會抵制，以阻止周樹模的提名。
迨徐世昌不待徐樹錚自請辭職而予以更調，段為之震怒，安福系議員更形憤激。
7月5日段祺瑞以邊防督辦名義命令邊防軍緊急動員，邊防軍下級軍官聯名上書請求說明開拔地點和作戰任務。段向他們作了一次簡短訓話，鼓勵他們奮勇作戰，如果這一戰不能打勝，不但他個人失敗，邊防軍也一定不能存在，全體官兵的命運均將不堪設想。
同一天，西北軍五個旅長都有電報挽留徐樹錚仍供原職，久病不起的段系大將倪嗣沖，也到了北京，可是他的病勢沉重，一抵京即赴北戴河養病去了。
北京城頓成謠言城、恐懼城，達官貴人紛紛出京避難，東交民巷的使館區和外國飯店都告客滿，張作霖也搬到奉天會館來加強戒備。
7月6日徐世昌又請張作霖去團河再作最後一次努力，這天段的火氣很大，咆哮著說：「罷免吳佩孚，萬事皆休！」張說：「這恐怕辦不到吧！」張作霖勸段冷靜，應該化大事為小事，退一步著想。段聽了很不耐煩地說：「你回你的奉天，不必管這兒閑事。」張聽了一聲不響就告辭而去。
這時，段派積極備戰，直軍亦布置防線，不遺餘力。7日深夜1時，張作霖並未與任何人作別，悄然乘車出京，在軍糧城下車，隨即宣言「局外中立」！
8日午前，段祺瑞由團河回到北京城，在將軍府召集全體閣員及軍政首要舉行聯席特別會議，靳雲鵬等均列席，出席人員逾800餘人。段極端憤怒，決定呈請總統將曹錕、吳佩孚、曹鍈免職。交段親自查辦。下午國務院開臨時會議，結果吳佩孚予以免職處分，曹錕則改為褫職留任，由交通總長曾毓雋、司法總長朱深送府蓋印。
段在將軍府議決懲辦曹吳後，明知曹吳一定反抗，必至兵戎相見，乃退至私宅，召集近畿各師長，討論出兵計畫，決定派出五師，以曲同豐所部邊防軍第一師為第一線，劉詢所部第十五師為第二線，陳文運邊防軍第三師為第三線，李進才第十三師為第四線，魏宗翰第九師為第五線。同時命交通部轉飭京漢路局趕備專車輸送。這一來，驚惶的北京城，更為恐慌，紙幣驟跌，要人家眷紛紛遷徙，箱籠什物遍街觸目。情形一如張勳復辟前後。
段祺瑞呈徐世昌請拿辦曹吳呈文云：
「呈為揭劾奸凶，呈明拿辦，以整綱紀而振人心事。竊維國於天地，必有與立。法制紀綱，人人所應恪守。封疆大吏，膺方面之重寄，為群眾所具瞻，宜如何正己率屬，恪供爾職，雙報國家倚畀之隆，而盡守法服官之責。若曹錕者，始以第三師長奉派入川，無功而歸，尚無大過，適直隸督軍員缺，遂以畀之，意尚不滿，尋與張勳歃血為盟，秘圖復辟。討逆軍突起馬廠，聲威甚盛，曹錕中懾，乃請附義軍，首鼠兩端，論功已屬可恥。事未幾即定，而彼驟增三旅，並要請上將頭銜，比因湘戰方亟，姑予報可，授以兩湖宣撫使之任，兼第一路總司令，俾率眾南征。詎彼徘徊漢上，擁兵不前，繼假吳佩孚轉戰之力，獲拔長岳，而曹錕不以為喜，反從而嫉妒之。政府擬任吳佩孚為湖南督軍，曹錕則再四力阻，惟恐其名位出己上，嗣授以孚威將軍，而曹錕仍怏怏，時出怨言，謂政府將奪其所部。於是委師北旋，逍遙津保，嗾使吳佩孚叛變。一則要請經略四省，再則懇求增兵四旅，挾勢邀賞，不獲不休。政府欲資勞以收統一之效，遂不惜委曲以徇所欲，盡允其請，而卒未出保定一步。今大總統當選時，吳佩孚以曹錕部將仍敢妄肆詆毀，稱曰五朝元老，至就任後，猶稱東海先生，未賞一盡敬上之禮，與入衡前行止頓異。電文具在，海內切齒。曹錕不惟不加約束，反曲代辯解，縱容指使，情節已屬顯然。吳佩孚駐守衡州，暗與敵通，受賄六十萬無，沿途使用廣東毫洋，證據確鑿，無可諱言。擅自撤防，叛不奉命。逗留鄂豫，嚇詐金錢。盤踞京漢隴海各路，檢查郵電，梗阻交通，搜檢行人，礙及商旅。又監視鞏縣兵工廠，私留部械，扣阻陸軍部採購之軍米，意令京軍絕食。截留髮給江西之槍彈，意令贛軍陷敵。目無政府鄰省，跋扈恣睢。而曹錕乃派兵橫出京奉、津浦各路，監視德縣兵工廠，遙與為應，且令所屬津保一帶隊伍，群向京師修築炮台，作長圍之勢。其膽大妄為，罪惡擢髮難數。此次湖南失事，全出曹錕奸詐所蔽，自知湖南淪陷，無顏居湘、鄂、川、贛四省經略之名，乃更覬覦直、魯、豫、晉四省巡閱之職。覬覦而不遽得，羞懼無可掩飾，則妄造黑白，攻擊西北邊使，迫挾元首，違法出令，以泄驕蹇之氣。外蒙全境，大逾內地數省，辛苦收回，未費國家一錢，較之喪失湘省損兵棄械，害民禍商，相去何啻天壤。不知為國進賢，乃獨數數勾通陸榮廷，誘惑元首，屢請起用復辟罪魁之張勳，誠不知是何肺腸矣。至其貪墨黷貨，不恤士卒，尤堪痛恨。南征時國庫奇絀，強索軍費數百萬元，……其一切貪謀秘計，均由其弟曹鍈為之布畫，亦難兄難弟也。本上將軍創建民國，至再至三，參戰一役，費盡苦心，我國國際地位，始獲超遷。此後正當整飾紀綱，益鞏國基，何能聽彼鼠輩，任意敗壞法律，牽惹外交，希圖搖動邦本。謹用揭明罪狀，上請大總統迅發明令，褫奪曹錕、吳佩孚、曹鍈等三人官職，交祺瑞拿辦。餘眾概不株連。整飭紀綱，以振人心，而定國是，去腹心之患，則統一可翹足而待。兵隊現經整備，備齊即發，伏祈當機迅斷，立渙大號，與天下更始，不勝激切屏營之至。謹呈大總統。」
段祺瑞及內閣分別呈請要求懲辦曹吳，徐世昌頗有難色，因為這命令與前令大相徑庭，所以不肯簽署。於是段派乃以重兵圍總統府，強迫徐世昌依允；並由邊防軍傳出消息，如8日午夜免曹吳令不下，則琉璃河方面當於9日上午首先開火。徐世昌在威迫情形下，不得已乃將內閣送呈懲辦曹吳之令蓋印發下，這時已是9日午前。
懲辦曹吳令如下：
「前以駐湘直軍，疲師久戍，屢次籲請換防，當經電飭撤回直省，以示體恤。乃該軍行抵豫境，逗留多日，並自行散駐各處，實屬異常荒謬。吳佩孚統轄軍隊，具有責成，似此措置乖方，殊難辭咎，著即開去第三師師長署職，並褫奪陸軍中將原官，暨所得勛位勳章，交陸軍部依法懲辦。其第三師原系中央直轄軍隊，應由部接收，切實整頓。曹錕督率無方，應褫職留任，以觀後效。軍人以服從為天職，中央所以指揮將帥者，即將帥所以控制戎行。近年綱紀不張，各軍事長官，往往遇事輒托便宜，以致軍習日漓，紀律因之頹馳。嗣後各路軍隊，務當恪遵中央命令，切實奉行，不得再有違玩，著陸軍部通令遵照。此令。」
9日，邊防軍第三師開赴廊房，邊防軍第一師與陸軍第九師、第十三師、第十五師開向長辛店、盧溝橋、高碑店一帶。10日段在團河成立定國軍總司令部，自任總司令，派徐樹錚為總參謀，段芝貴為第一路司令，曲同豐為第二路司令兼前敵司令，魏宗翰為第三路司令，傅良佐為總參議。
同一天，外交團照會北京政府，如果戰事危及外僑生命財產，中國政府應負完全責任。中國軍隊不得攜帶武器入城，飛機