北京政府除了維護曹、章、陸三個親日派而外，更進一步下令全國學校即日複課，令云：
「國家設置學校，慎定學程，固將造就人才，儲為異日之用。在校各生，惟當以殫精學業，為唯一之天職，內政外交，各有專責，越俎而代，則必治絲而益棼。譬一家然，使在塾子弟，咸操家政，未有能理者也。前者北京大學等校學生聚眾遊行，釀成縱火傷人之舉，政府以青年學子，激於意氣，多方啟導，冀其感悟，直至舉動逾軌，構成非法行為，不能不聽諸法律之裁製，而政府咎其暴行，憫其蒙昧，固猶是愛惜諸生意也。在諸生日言青島問題，多所誤會，業經另令詳切宣示，俾釋群疑。諸生為愛國計，當求其有利國家者，若徒公開演說，嫉視外人，既損鄰交，何裨國計？況值邦家多難，群情紛擾，甚有挾過激之見，為駭俗之資，雖凌蔑法紀，破壞國家而不恤，潮流所激，必至舉國騷然，無所託命，神州奧區，坐召陸沉。以愛國始，以禍國終，彼時蒿目顛危，雖追悔始謀之不臧，嗟何及矣！諸生奔走負笈，亦為求學計耳，一時血氣之偏，至以罷課為要挾之具。抑知學業良窳，為畢生事業所基，虛廢居諸，適成自誤。況在校各生，類多勤勉向學，以少數學生之憧擾，致使失時廢業，其痛心嫉首，又將何如？國家為儲才計，務在範圍曲成，用宏作育，茲以大義，正告諸生。於學校則當守規程，於國家則當循法律。學校規程之設，未嘗因人而異，國家法律之設，亦惟依罪科罰，不容枉法徇人。政府雖重愛諸生，何能偭棄法規，以相容隱？諸生劬業有年，不乏洞明律學之士，誠為權衡事宜，內返良知，其將何以自解？在京著責成教育部，在外責成省長暨教育廳，督飭各校職員，約束諸生，即日一律上課，毋得借端曠廢，致荒本業，其聯合會、義勇隊等項名目，尤應切實查禁。糾眾滋事，擾及公安者，仍依前令辦理。政府於諸生期許之重，凡茲再三申諭，固期有所鑒戒，勉為成材。其各砥礪濯磨，毋負諄諄誥誡之急！此令。」
學生們不但未被這道命令嚇倒，反而更加堅定。北京學生決定從6月3日起發動一波一波的演講隊，在通衢大街上，堂堂皇皇地舉行演講。準備讓軍警來逮捕。如果第一天的演講學生全數被捕，則第二天用加倍的學生去街頭演講，如果第二天亦全數被捕，則第三天更加一倍。
北京中等以上的學生有25000人，他們一致決定支持這個行動，大家效法田橫五百義士，眾志成城，緊緊地團結在一塊。
6月3日北京學生按照預定計畫，分作50餘組出發演講。這使軍警當局大出意外。段芝貴急忙宣布戒嚴，派馬隊協同軍警分途驅散演講學生，並捕去學生178人。警察廳的看守所收容不下，只得解往北大法科看守。被捕學生不給飲食，不許親友探視。軍警當局並且派出大批武裝軍警佔領北大，設帳宿營，並在周圍地區架設大炮，禁止行人通過。
學生按照計畫，於6月4日用加倍的人數繼續街頭演講，軍警也不示弱，繼續大規模逮捕，當天被捕的，約有700餘人，北大法科也無法容納了，臨時又借用北大理科作為臨時監獄的擴充部分。
學生們不僅不逃避被捕，其他未被捕的反而自動前往法科的臨時監獄，要求入獄。軍警們以為他們來劫獄，當然阻止他們入內，遂在門外發生打鬥，結果有三名學生被打傷。
北京基督教教友目睹學生的英勇行為，因此自動停止了宗教宣傳，參加學生行列作愛國宣傳。中國有史以來，女學生沒有在街頭遊行宣傳的，現在女學生也參加了。
6月5日，五千多位學生，背著包袱出發，沿途市民熱烈致敬，無數的市民受了感召，自動參加遊行行列。結果，學生們也不在街頭演講了，他們唱著歌，呼口號直奔北大法科。這時看守法科的軍警也不敢對他們採取行動，而關在法科內的學生們則紛紛爬到窗子上眺望，於是法科內外呼應，聲震街市，此起彼伏，軍警們相顧失色。
在這最緊張動人的時候，政府突然下令撤走北大的軍警，無條件把被拘的學生釋放，軍警們奉到命令，如臨大赦，立刻撤退。可是被關在北大的學生們不但拒絕出獄，反而自動組織門警代替撤走的軍警，自己把自己拘禁。一些學生捉到了七名行動蹣跚的警察，奪取了他們的兩具篷帳，他們把這些東西作為政府摧殘教育，蹂躪人權的證據。他們派人到警察廳索取食糧，警察只得乖乖地送去一批食物接濟他們。
6月5日這天，學生總算揚眉吐氣了，他們公然站在警察廳門前或者軍警密集的地方大聲進行演講，軍警們呆若木雞，不敢幹涉。
這一天北京政府派傅岳蔡為教育部次長，以代替辭職引退的袁希濤。傅次長奉命於危難之際，他陪著笑臉向學生保證，今後教育部將負責處理學潮問題，軍警不會再過問了。
6月6日北京政府派胡仁源代理北大校長，胡因學生反對，不敢到任。
北京學潮擴大後，蔓延到上海，上海學校最多，學生愛國也不後人，並且為了支援北京，立即召集會議，發表宣言：
「嗚呼！事變紛乘，外侮日亟，正國民同心戮力之時，而事與願違，吾人日夕之所呼籲，終於無毫髮之效，前途瞻望，實用痛心，本會同人，謹再披肝瀝膽，以危苦之詞，求國人之聽。自外交警信傳來，北京學生，適當先覺之任，士氣一振，奸佞寒心，義聲所播，咸知奮發。而政府橫加罪戾，是已失吾人之望，乃以咎及教育負責之人，致傅、蔡諸公，紛紛引去。夫段祺瑞、徐樹錚、曹汝霖、陸京輿、章宗祥等，迭與日人借債訂約，辱國喪權，憑假外援，營植私利，逆跡昭著，中外共瞻，全國國民，皆有欲得甘心之意。政府於人民之所惡，則必百計保全，於人民之所欲，則且一網打盡。更屢頒文告，嚴懲學生，並集會演說刊布文字，公民所有之自由，亦加剝削，是政府不欲國民有一分覺悟，國勢有一分進步也。愛國者科罪，而賣國者稱功，誠不知公理良心之安在？爭亂頻年，民曰勞止，政府猶不從事於根本之改革，肅清武人勢力，建設永久和平，反借口於枝葉細故，以求人之見諒。繼此紛爭，國於何有？此皆最近之事實，足以令人恐懼危疑，不知死所者。政府既受吾民之付託，當使政治與民意相符，若一意孤行，以國家為孤注，吾民何罪？當從為奴隸。嗚呼國人，幸垂聽焉。共和國家之事，人民當負其責，方今時機迫切，非獨強鄰乘機謀我，即素懷親善之邦，亦無不切齒憤恨。以吾內政之昏亂，我縱甘心，人將不忍，生死存亡，近在眉睫，豈可再蹈故習，依違容忍。慕穩健之虛名，速淪胥之實禍？夫政府之與人民，譬猶兄弟骨肉，兄弟有過，危及國家，固嘗知無不言，言無不盡，終不見聽，雖奮臂與斗，亦所不辭。何則？切膚之痛在身，有所不暇計也。吾人求學，將以致用，若使吾人之明知禍機之迫不及待，而曰姑俟吾學業既畢，徐以遠者大者，貢獻於國家，非獨失近世教育之精神，即國家亦何貴有此學子？吾人幸得讀書問道，不敢自棄責任。謹自五月二十六日始，一致罷課，期全國國民，聞而興起，以要求政府懲辦國賊為唯一鬥志。政治肅清，然後國基強固，轉危為安，庶幾在此。同人雖出重大之代價，心實甘之。所冀政府徹底覺悟，幡然改圖，全國同胞，亦各奮公誠，同匡危難，中國前途，實利賴之。同人不敏，請任前驅，戮力同心，還期繼起。」
上海商會為了配合學生，遂發動罷市，6月5日南市各商肆先行罷市，法租界商家亦照樣閉市，公共租界繼之，英租界的永安、先施兩公司亦宣布罷市。到了下午，整個上海大小商店都關門閉戶，只有學生在街頭散發傳單，巡捕在街上往來巡視。商店門外都懸掛白旗，上書：「萬眾一心，同聲呼籲，力抗漢奸，喚醒政府。」
上海是全國最大的都市，中外所矚目，自從上海商人發起罷市後，罷市的浪潮由上海波及江浙兩省，隨後又波及天津、安慶、蕪湖、廈門、九江、濟南、武漢等城市。
隨著商人罷市後，工人也發動罷工。首先是上海南市華商電車工人，隨後商務印書館、錦華紗廠、祥生鐵廠、滬寧、滬杭兩路和紡織、金屬、運輸、市政各部門的工人紛紛響應，罷工人數達六七萬之多。再後京奉路唐山、京漢路長辛店的鐵路工人以及長江輪船的碼頭工人都紛紛響應。
於是，上海成立了「商工學報各界聯合會」，由五四到六三，這個愛國運動從北京到上海，以上海為中心變成了全國性的運動。
上海的學運重心是在復旦大學和東吳大學，這兩個大學和在北京的北大一樣，是發號施令的領導團體。但有一段密聞為外間所不知道的，促成這個事件卻由上海《民國日報》，原來五四示威事件爆發後，電報當晚到達上海各報，編輯先生都是編好付印了事，可是《民國日報》的葉楚儈、朱宗良、邵力子等卻覺得這是了不起的愛國運動。立刻派人把北京原電送到復旦大學，學生們看了這則電報，莫不義奮填膺，於是天剛亮就敲鐘集合全校寄宿生，把北京電報當眾宣讀，全體立即決定要響應北京的壯舉，先