民國7年秋天，段祺瑞所領導的督辦參戰（第一次世界大戰）事務處之下，成立了一個西北邊防籌備處，由徐樹錚任處長，作為把「參戰」改為「邊防」的一個準備。邊防籌備處成立後，剛巧遇上俄國革命，共產黨奪取政權，使外蒙古有心脫離俄國控制而傾向中國。
外蒙古的獨立，是帝俄策動外蒙的哲布尊丹巴於辛亥年陰曆十二月二十八日在庫倫登基，號稱「大蒙古國」，年號「共戴」。民國成立，一切正在草創，遂予帝俄以可乘之機。民國2年11月22日，中俄聯合聲明，中國正式承認外蒙古的自治權，並允許不派軍隊進駐外蒙古及安置文武官員，且不辦殖民。民國4年6月7日中、俄、蒙三方又共同簽定了一個「恰克圖協定」，重申中俄聲明文件中的一切條款。到了民國6年，由於俄國內亂，失掉了對外蒙古的控制，逐漸引起了日本的垂涎。8年春天，日本利用布里雅特人謝米諾夫和蒙匪富升阿來策劃組成一個包括布里雅特，內、外蒙古及呼倫貝爾的大蒙古國，在日本控制之下。主持這項工作的，是日本駐庫倫武官松井中佐。松井和布里雅特人的會議及宴會照片後來被中國參謀本部得到。這時，外蒙古的許多王公鑒於獨立的失算，又怕日本乘機侵佔，所以醞釀重新歸屬中國。
外蒙的內向，給徐樹錚一個發揮野心的好機會。徐樹錚是一個極有政治野心的人。北京局勢的混亂，使他不能施展抱負，而他一舉一動又容易引起政治風波，加上段祺瑞的督辦參戰處已不見容於國人。剛好他擔任西北邊防籌備處處長，正遇上外蒙古內向問題，因此他便於8年4月17日提出了「西北籌邊辦法大綱」，6月10日經國務會議議決照辦，6月13日政府特任他為西北籌邊使，6月24日又命他兼任西北邊防軍總司令。
當時總統徐世昌非常贊成派徐樹錚籌邊，以調虎離山。因為他留在北京搞風搞雨極為不妥，倒不如請他向邊疆發展，少一個麻煩。
西北籌邊使的官制於7月18日公布，其職權如下：
（一）政府因規劃西北邊務，並振興各項地方事業，特設西北籌邊使。
（二）西北籌邊使由大總統特任，籌劃西北各地方交通、墾牧、林礦、硝鹽、商業、教育、兵衛事宜，所有派駐該地各軍隊，統歸節制指揮。關於前項事宜，都護使應商承籌邊使籌助一切，其他長官佐理員，應並受節制。
（三）西北籌邊使辦理前條事宜，其有境地毗連，關涉奉天、黑龍江、甘肅、新疆各省，及其在熱河、察哈爾、綏遠各特別行政區域內者，應與各該省軍政最高長官及各都統妥商辦理。
（四）西北籌邊使施行第二條各項事宜，應與各盟旗盟長扎薩克妥商辦理。
（五）西北籌邊使設置公署，其地址由西北籌邊使選定呈報。
（六）西北籌邊使公署之編製，由西北籌邊使擬定呈報。
當西北籌邊使新命甫下時，北京派駐庫倫的都護使陳毅，正和蒙古王公交涉撤消自治的問題。陳毅字士可，湖北人，是晚清中興名將陳湜的孫子。張勳復辟時被任為「郵傳部侍郎」，復辟失敗，逃出北京，在黃村車站被捕，當地駐軍剪去他的辮子，叫他具結，永不參加復辟才放他走。民國6年8月他被任命為都護使。
外蒙古的政制是王公管政，喇嘛管教，界限分明；迨自治後，活佛哲布尊丹巴為政教領袖，於是喇嘛專權，王公受排斥，只因喇嘛有俄人為靠山，可以為所欲為，迨俄國內亂，無力兼顧，王公乃發動撤銷自治，其目的不是在歸附中央，而是在恢複前清的舊制，藉以重掌政權。代表蒙古公王集團來和陳毅接洽的，是外蒙古自治政府中的外務總長車林多爾濟。
陳毅和車林從8年1月中旬商談撤銷自治問題，一直沒有具體的發展。到了8月4日，庫倫大會開會，王公喇嘛之爭益烈，王公們為了重掌政權，決心犧牲自治，故授權車林與陳毅具體磋商，雙方決定了兩項原則：（一）恢複前清舊制，五部直屬駐庫大員（以代替活佛）。（二）設置地方自治議會，由王公組織之（以排斥喇嘛）。以上的協商和條款，均系秘密進行，俄人及喇嘛毫不知情。
陳毅把交涉情形電告北京政府，國務院於8月21日提出閣議討論，當時對於條件內容並無任何意見，不過認為在程序上必需由外蒙王公先用全體名義呈請政府恢複原制，然後政府根據外蒙的請求再與磋商條件。國務院根據這個意見訓令給陳毅，陳卻沒有辦到，只是繼續和王公們磋商條件，同時敷衍政府說外蒙古希望先以非正式商妥協商各項條件，才能安心撤消自治。
陳和車林商妥的條件，於10月1日派秘書黃成垿把條件草案送到北京，這就是外蒙善後條件六十三條，其中重要的事項如下：
一、中央政府無論何時何事，不能更改外蒙原有之分盟分旗制度。各盟旗沙畢，盟長、將軍、扎薩克，高卓特巴等原有之管轄治理權，永遠照舊。中央政府並不得施行殖民事項，將蒙旗土地改歸他人所有。
二、設駐札庫倫辦事大員一員，烏、科、唐、恰，可設參贊人員，幫辦參贊一員。正副人員，必須一蒙一漢，並且輪流更換（如第一任漢正蒙副，則第二任蒙正漢副），而漢員必須以文職為限。即在北京之蒙藏院，其正副總裁之一，亦必須以外蒙王公任之。
三、中央在外蒙駐軍，其計畫布置及額數，由駐庫大員及幫辦大員會同商定。遇有緊急事項，增派軍隊，事定仍須撤回。
四、內地人民建築房屋，經營商工等業，以及開墾，種菜，伐木，割草，必須先取得該管扎薩克之許可。
五、開發礦產，興辦鐵道，電報，郵政，必須由駐庫大員及幫辦大員會商辦理。如必須借用外款，並必須先得外蒙地方議會通過，始得辦理。
陳毅和外蒙古王公們的交涉有個最大的阻礙，就是陳毅所選的對象根本沒有力量，外蒙古自治政府的一切，完全操縱在喇嘛手中，而外蒙古人民的偶像是哲布尊丹巴活佛，也就是自治政府的領袖，活佛只信賴喇嘛。現在陳毅和王公商量外蒙古撤消自治就是對抗喇嘛，王公們想借北京政府的力量來推翻喇嘛，喇嘛既然有勢力，當然不會輕易就範，所以成功的希望不會太大。
陳毅想透過王公去說服喇嘛，又透過喇嘛去說服活佛，可以說只是一廂情願；而王公們又不斷供給陳毅錯誤情報。8月19日陳毅給北京外交部電報說：「至喇嘛方面，王公既願，彼必無詞。且活佛亦久向中央，殊無可慮。」9月26日陳毅又有電報說：「喇嘛方面，經王公竭力疏通，亦全體通過，冊封一事……復經回稟活佛，亦奉允許。」可是這封電報發出後的第五天，10月1日，哲布尊丹巴活佛卻寫了一封致徐世昌總統的信，叫墨爾根堪布等五個喇嘛於10月9日帶到北京，信內略云：「今突由中國駐庫辦事大員陳毅，提出取消自治……並提出所擬60餘條前來……於是本外蒙大眾，咸以單獨破壞協約……徘徊猶豫，本哲布尊丹巴呼圖克圖汗，亦多憂慮，實深不安。」這封信很明顯地看出活佛是不同意六十三條的。
哲布尊丹巴接著又於10月24日給徐世昌第二封信：
「大總統鈞鑒：頃據庫倫陳都護使聲稱，給予請求取消我外蒙自治公文，並編造蒙古以後遵行條件六十餘條，與各賽持私室傳觀會議等情。本處當以如果大總統知悉此事，宜暫候如何平定謝米諾夫所招之亂黨，並招集本蒙古各王公扎薩克會議，解決內患等情，函至大總統去後，今蒙古各扎薩克大致尚未到齊，間有來者，不但不願取消自治，希望仍舊存在，即庫倫所有眾蒙古喇嘛民人所屬人等一聞知此舉，亦議論沸騰。據此以觀，非惟本外蒙各官民等，咸稱仍舊保存舊制，難於迫其遵從。即取消自治之舉，亦非出自我蒙賽特等之本意，只系陳都護使授意，借邊患未平宜取消自治等詞，迫令出此。
本呼圖克圖汗至再思維，我外蒙不惑謝黨諂言，一意恪守三方協約，保持自治。今復違反協約，請求取消自治，實多不合之處。而庫倫陳都護使對於此案，異心不息，反根據與各賽特私議事件，不體眾議，再三勒迫，近日益甚，由應在買賣城駐紮之防兵內，撥出支隊，分駐逼邇庫倫學經及喇嘛等地點，擅占外國商人房院。似此種種滋事情形，委實有拂眾議，鄙心殊抱不安。深信前此我大總統密諭親王朝克圖爾巴達爾胡之仁諭，為此列舉情形，密請鑒核。特派薩密迪巴克什諾門罕北勒崗禪呼圖克圖達木唐巴札爾，前去與我大總統獻帛請安。懇將在我邊地內人地不宜之陳都護使立予調任，自治官府仍舊存留有效。若是，則黃教益形尊重，逐漸擴張，永昭仁慈。中華大國與外蒙古之睦誼，益覺敦重無極矣。謹呈。」
哲布尊丹巴特派地位僅次於他的嘉亨尊活佛，親持這封信，送往北京，嘉亨尊於26日啟程，11月1日到京。
哲布尊丹巴既然表明了反對撤治的態度，於是陳毅和王公們只好片面進行了。王公們決定單獨具名遞送一件呈文，由陳毅於10月29日、30日電達北